錢塘江通航河段還受航道管理相關法律法規的約束。第三條本條例所管轄的錢塘江包括平湖金絲娘橋至慈溪庵東連接處以上的錢塘江幹流和支流。第四條錢塘江的管理應當遵循防洪統籌、全面規劃、統籌兼顧、保護優先、綜合治理、合理利用的原則。
錢塘江實行流域統壹管理和區域分級管理的體制。第五條各級人民政府應當認真實施錢塘江規劃，采取切實措施，加大投入，支持和督促有關部門和單位做好本行政區域內水資源的開發、利用、保護、管理和水害防治工作。第六條省水行政主管部門是錢塘江的主管機關。
設區的市、縣(市、區)人民政府水行政主管部門按照規定的職責負責本行政區域內的錢塘江管理工作。
縣級以上人民政府其他有關部門應當按照各自的職責，做好錢塘江的管理工作。第七條省水行政主管部門負責錢塘江的統壹管理，其所屬的錢塘江管理機構承擔下列職責:
(a)建造、維修和管理直接管理的堤防和海堤；
(2)富春江水電站大壩以下幹流及浦陽江臨浦陳辰以下支流河道管理範圍內涉河堤防建設項目工程施工方案審查的具體工作；
(三)流域規劃監督管理和河道水行政執法監督指導的具體工作；
(四)流域防洪調度的基礎工作；
(五)河口整治的基礎工作。
直管堤防和海堤的範圍由省水行政主管部門提出，報省人民政府批準。第八條錢塘江水資源的開發、利用、保護和水害防治，應當按照防洪總體安排和興利除害相結合的原則，統壹規劃。
經批準的規劃是錢塘江開發、利用、保護和水害防治活動的基本依據。有關部門和相關設區的市、縣(市、區)必須遵守。第九條省水行政主管部門、省發展改革部門應當會同有關部門和相關設區的市、縣(市、區)人民政府組織編制錢塘江流域開發利用、保護和水害防治綜合規劃(以下簡稱綜合規劃)，經省人民政府批準後實施；省水行政主管部門應當組織編制河道建設規劃和河口整治規劃，征求省水行政主管部門意見，報省人民政府批準後實施。
在錢塘江上從事防洪、除澇、灌溉、航運、供水、漁業生產、圍墾以及水電設施、水汙染防治設施建設、旅遊開發、港口建設、地下水開發利用等活動，應當符合綜合規劃、河道建設規劃、河口整治規劃等專業規劃。
在錢塘江從事前款活動的，應當兼顧上下遊、左右岸的利益，維護河道合理流量，保證供水、養殖和航運的正常需要，保護生態環境。第十條縣級以上人民政府應當加強錢塘江河口湧潮資源保護，河口兩岸跨河及臨近河流的重大建設項目洪水影響評估報告應當包括湧潮影響內容，並提出減輕湧潮影響的有效措施。第十壹條錢塘江河道建設、河口整治應當嚴格按照綜合規劃和河道建設規劃、河口整治規劃等專業規劃實施。第十二條各級人民政府應當根據防洪保護區的重要性和國家有關防洪規範，制定堤防和海堤的設計標準，組織堤防和海堤的建設。
各級人民政府應當組織有關部門加強對堤防和海堤的定期檢查和監督管理。對不符合設計標準或者存在嚴重缺陷的堤防、海堤，各級人民政府及其水行政主管部門應當組織有關單位采取加固措施，限期消除隱患，確保安全。
堤防、海堤作為堤塘，應當保持原有的防洪能力，不得隨意廢棄。確需廢棄的，應當按照管理權限由水行政主管部門提出，經同級人民政府批準，並報上壹級水行政主管部門備案。第十三條錢塘江防洪工程、水電站等水工程，實行規劃同意制度。
在錢塘江省級航道上建設前款規定的項目，應當取得省水行政主管部門簽署的符合綜合規劃和防洪規劃要求的規劃同意書；在市政河道上施工的，應當取得設區的市水行政主管部門簽署的規劃同意書；在縣鄉河道建設的，應當取得縣(市、區)人民政府水行政主管部門簽署的規劃同意書。