進出境水產種苗的檢驗檢疫管理，按照進出境動植物檢驗檢疫法律、行政法規的規定執行。第四條縣級以上人民政府漁業行政主管部門主管本行政區域內的水產種苗工作。
工商、動物檢疫、公安、技術監督、環境保護、水利、物價、海關、交通等部門應當按照各自職責，做好水產種苗管理工作。第五條縣級以上人民政府應當鼓勵水產種苗的科學技術研究，支持種質資源保護和優良品種的選育和推廣。第二章種質資源保護第六條省人民政府應當在具有較高經濟價值和遺傳育種價值的水產種質資源的主要生長繁殖區建立水產種質資源保護區。
未經省人民政府漁業行政主管部門批準，任何單位和個人不得在水產種質資源保護區內從事捕撈活動。第七條各級人民政府應當加強水產種質資源及其生活、繁殖水域生態環境的保護和管理。
禁止向水產苗種養殖水域排放汙染物或者傾倒廢棄物，保持水質符合國家規定的漁業水質標準。第八條水產新品種，必須經省人民政府漁業行政主管部門同意，按照有關程序，報國務院漁業行政主管部門批準，未經批準，不得推廣。第九條任何單位和個人不得將可育雜交個體、通過生物工程改變遺傳性狀的個體及其後代拋入江河、湖泊、水庫、海域及其相連水域。
繁殖可育雜交個體的場所，通過生物工程改變遺傳性狀的個體及其後代，必須采取隔離措施，防止逃逸。第十條禁止捕撈重點保護漁業品種的幼體、親體和苗種。因科學研究、人工養殖等特殊情況確需捕撈的，必須向縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門提出申請，經省級人民政府漁業行政主管部門批準並取得專項捕撈許可證後，方可進行捕撈。
漁業重點保護品種及其幼體、親體、苗種的規格由省人民政府漁業行政主管部門根據漁業資源和生產情況定期公布。第十壹條珍稀瀕危水生野生動物種苗的保護管理，依照《中華人民共和國野生動物保護法》及相關法律法規執行。第三章生產經營管理第十二條省人民政府漁業行政主管部門應當根據生產發展需要、當地自然條件和種質資源，組織制定全省水產原、良種體系建設規劃。第十三條水產種苗生產實行許可制度，但自產自用的除外。
國營種子場、良種場生產許可證的申請，按照國家有關規定執行；省級良種場、苗種場的生產許可證由省人民政府漁業行政主管部門審批發放，市(地級市)良種場、苗種場的生產許可證由市人民政府漁業行政主管部門審批發放，並報省人民政府漁業行政主管部門備案。
良種場的生產許可證由縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門審批發放，並報上壹級人民政府漁業行政主管部門備案。
生產許可證由發證機關每兩年驗證壹次。
生產許可證發放和驗證辦法由省人民政府漁業行政主管部門制定，並報省人民政府備案。第十四條申請良種場、良種場生產許可證，應當向縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門提出申請，由有批準發證權的人民政府漁業行政主管部門批準發證。
申請良種場生產許可證的，由縣級以上地方人民政府漁業行政主管部門直接審批發放。
審計機關應當自受理申請之日起15日內完成審計；發證機關應當自收到申請材料之日起30日內批準發證；不予批準的，應當說明理由。第十五條申請生產許可證必須具備下列條件:
(壹)有固定的生產場地，水源充足，水質符合國家漁業水質標準；
(二)有環境保護部門出具的環境影響評價報告，汙染防治措施符合國家環境保護要求；
(三)具有符合水產種苗生產要求的儀器、設備、設施、實驗室等生產條件；
(四)有符合種質標準的親本；
(五)有與水產種苗生產相適應的專業技術隊伍，有合格的專職水產種苗檢驗人員。
建立良種場和苗種場還必須符合省人民政府漁業行政主管部門制定的原種和良種體系建設規劃的要求。