漁業行政主管部門下設的漁政漁港監督管理機構負責漁港和漁船監督管理的具體工作。
交通主管部門依照法律、法規和本條例的規定，承擔漁業船舶檢驗的監督管理工作。
經濟和信息化、公安、交通運輸、市場監督管理、海事等部門應當依照法律、法規和本條例的規定，做好漁港和漁船的監督管理工作。第四條縣級以上有關人民政府應當將漁港建設納入國民經濟和社會發展規劃，安排相應的財政資金，加強漁港建設，充分發揮其功能，按照國家和省的有關規定控制和調整漁船數量，加強漁港和漁船的安全監督管理，維護漁業生產秩序，促進漁業經濟發展。
有關縣級以上人民政府應當組織有關部門編制漁民轉產轉業計劃，加大轉產轉業政策支持力度，支持漁民減船轉業，鼓勵用人單位吸納漁民就業。第二章漁港規劃和建設第五條省漁業行政主管部門應當根據經濟社會發展需要，會同生態環境、自然資源、交通運輸、水利、海事等部門和有關市縣人民政府編制全省漁港布局規劃，經省發展改革部門平衡銜接後，報省人民政府批準。第六條市、縣人民政府應當組織漁業、發展改革等行政主管部門和漁港所在地鄉鎮人民政府根據漁港布局規劃編制漁港建設規劃，並按照規定程序報上壹級漁業行政主管部門備案。
漁港建設規劃，國家規定需要批準的，從其規定。第七條全省漁港布局規劃和漁港建設規劃的編制，應當有利於漁業產業結構調整和漁港經濟發展，符合海洋功能區劃、城市總體規劃、土地利用總體規劃、防洪規劃等相關規劃，並與港口總體規劃相銜接。第八條全省漁港布局規劃和漁港建設規劃的調整，按照本條例第五條、第六條規定的程序辦理。第九條縣級以上人民政府漁業行政主管部門應當根據漁港建設規劃劃定漁港的陸域和水域，並根據需要設置界樁(標誌物)。
漁港的陸域和水域壹經確定，不得擅自改變。第十條漁港建設實行誰投資誰受益的原則。漁港建設的投資者可以享有漁港的使用權和經營權。
漁港建設新增用地可由縣級以上人民政府登記發證，投資者享有開發經營使用權。第十壹條因建設需要占用漁港土地、水域和漁港設施的，應當征得縣級以上人民政府漁業行政主管部門的同意。影響漁港功能的，應當給予相應補償或者異地重建。第十二條漁港使用權發生爭議，當事人協商解決不成的，由縣級以上人民政府依法處理。當事人對人民政府的決定不服的，可以依法向人民法院提起訴訟。
在權屬爭議解決前，任何壹方不得改變漁港使用現狀或損壞漁港設施。第三章漁港管理第十三條漁港所在地漁業行政主管部門應當會同有關部門制定漁港印章，報本級人民政府批準後公布實施。第十四條在漁港水域裝卸易燃、易爆、有毒等危險品，應當遵守國家有關危險品管理的規定，並事先向漁政漁港監督管理機構提出申請，經批準後在指定的安全地點裝卸。第十五條禁止在漁港區內拋棄或傾倒淤泥、垃圾、廢棄物和排放油類、油性混合物及其他有毒有害物質。第十六條任何單位和個人不得侵占、損壞助航標誌等漁港設施。發現漁港設施被占用或者損壞的，應當及時向漁政漁港監督管理機構報告。第十七條在漁港區內新建、改建、擴建設施或者進行其他水上、水下施工作業的，應當按照國家規定辦理審批手續，漁政漁港監督管理機構應當在施工前發布航行通告。第十八條進出漁港的船舶應當按照有關規定向漁政漁港監督管理機構申報，並接受安全檢查。
漁政漁港監督管理機構應當加強漁港現場管理，在重點漁港設立機構或者派出專人，及時處理相關事故，維護漁港秩序。
漁港所在地人民政府應當及時組織漁港港池疏浚，防止淤積。