後來，鄧州知府向被派到大理寺掛職鍛煉的鄧州周知徐尊報告了此事。徐尊熟悉法律。他覺得阿雲的刑期太重了。首先，阿雲是在為母親守喪期間被叔叔許配給韋阿達的。在服喪期間，這樣的訂婚不算。許尊也覺得相關的人應該被抓起來判三年有期徒刑，所以阿雲不應該被判謀殺丈夫罪。阿雲對魏阿達的謀殺只屬於對路人的謀殺。法律規定，殺人判傷害罪絞刑，殺人判砍頭。此時阿雲應該被判絞刑，但阿雲坦白了壹切，沒有受到懲罰。許尊覺得這屬於投降，於是許尊判阿雲流放。
許尊向大理寺和審判庭報案後，兩府覺得鄧州縣令說得對，阿雲未能遵守婚約，謀殺丈夫，仍覺得阿雲應判死刑，但許尊不同意這種說法。此時，宋神宗將案件移交刑部復核，刑部也同意大理寺和審判法院的判決，因此宋神宗也同意刑部復核的結果，即阿雲仍須被判處死刑。然而，宋神宗是非常人性化的。他認為阿雲年輕，而此時宋朝實行仁政，於是宋神宗特許阿雲花錢避過死刑。這時，徐尊被皇帝請回來做大理寺的總管，徐尊走馬上任新官。徐尊不同意宋神宗的做法，還把矛頭對準了審判法庭和刑部，以及壹些不支持徐尊的大理寺官員。許尊覺得阿雲屬於投降，應該判流放，但許尊軟弱。
司馬光等人認為即使阿雲謀殺了自己的丈夫，這個理由也是不成立的，但是按照法律規定，因為魏阿達是真的受傷了，阿雲按照以謀殺換傷害的理論是逃不了絞刑的，但是王安石等人認為已經在七月頒布了聖旨，就是以謀殺換傷害，想自首的人就由謀殺減為謀殺，也就是說如果謀殺導致了他的受傷，那麽兇手就要自首判刑了。實際上，這是宋神宗為了支持徐尊對阿雲投降的判斷而增補的聖旨，但這壹聖旨並未得到承認。這個時候，這個案子就不是壹個普通的案子那麽簡單了，而是涉及到皇權、諫等三股勢力的博弈。
按理說皇權應該是至高無上的，但實際上皇權和相權是相互制約的，而諫則是監督皇權和相權。但如今，宋神宗的壹道聖旨卻沒有得到以司馬光為首的士大夫等的承認，這說明宋神宗的皇權受到了制約。司馬光認為法不可改，殺人傷人判絞刑，因為不存在自首這種情況。而王安石學派認為，既然皇帝已經下令改變自首的範圍，就必須按照皇帝的詔書去做。這時司馬光學派提出，如果殺人可以用傷害來自首，那麽殺人也可以自首。
王安石還是覺得有道理，於是宋神宗在第二年二月就下了壹道聖旨，就是讓他在殺人死了之後投降。至於怎麽判，殺人者受傷後自首是可以接受的，但如果殺人者死亡後還允許他自首，那豈不是對行為人犯罪的縱容？於是幾天後，宋神宗發布了第三道聖旨，意思是收回最後壹道聖旨。皇帝的詔書可以收回嗎？宋神宗的第三封信就這樣被拒絕了。宋神宗見事情鬧大了，就把案子交給中書省和樞密院審查。就這樣，兩國政府就此案討論了半年，宋神宗終於坐不住了。最後出了第四封，效果是承認了第三封，間接承認了第壹封，也就是謀殺換傷害，提問換自首，減刑。
為什麽宋神宗最終決定單幹？這是因為宋神宗看到北宋的貧弱試圖通過改革做大，而司馬光等人在阿雲案中看似維護了法律，卻不支持宋神宗和王安石的改革，於是宋神宗為了威望決定了阿雲案。十七年後，宋神宗去世，宋哲宗登基，司馬光站在了權力的巔峰。司馬光宣布強盜要自首，於是他否定了宋神宗的法律，下令重審鄧州阿雲案。結果如何我們不得而知，史料中也沒有記載，但以司馬光的心性，他不敢去想阿雲的結局。