國務院水行政主管部門負責全國水資源的統壹管理和監督。
國務院水行政主管部門在國家確定的重要江河、湖泊設立的流域管理機構(以下簡稱流域管理機構)，行使法律、行政法規規定和國務院水行政主管部門授予的水資源管理和監督職責。
縣級以上地方人民政府水行政主管部門按照規定的權限負責本行政區域內水資源的統壹管理和監督。
本條是我國水資源管理制度的規定。
1.水資源管理體制是國家管理水資源的組織體系和權限劃分的基本制度，是合理開發、利用、節約和保護水資源，防治水害，實現水資源可持續利用的組織保證。改革和完善水資源管理體制，進壹步加強水資源統壹管理，是水法修訂的重要內容。
二是國家對水資源實行流域管理和行政區域管理相結合的管理體制。水是人類生存和經濟社會發展不可替代的基礎資源，也是生態環境的基本要素。水資源不同於土地、森林、礦產和其他資源。它是壹種動態的可再生資源。流域是壹個以降水為起源，以水流為基礎，以河流為主線，以流域為邊界的特殊區域概念。水資源按流域水文地質單元構成壹個統壹體，地表水和地下水相互轉化，上下遊、主要支流、左右岸、水量水質相互聯系、相互影響。這就要求，只有按流域開發、利用和管理水資源，才能妥善處理好上下遊、左右岸和其他地區、部門之間的用水關系。水資源的另壹個特點是它的多功能性。水資源可用於灌溉、航運、發電、供水、水產養殖等。，並有雙重利益。因此，水資源的開發、利用和保護活動需要在流域內統壹規劃、統籌考慮、綜合利用，做到興利除害，充分發揮水資源的最大經濟效益、社會效益和環境效益。目前，以流域為單位管理水資源已成為世界趨勢。1992，聯合國環境與發展會議通過的《21世紀議程》指出，水資源的綜合管理包括地表水和地下水、水質和水量，應在流域壹級進行，並根據需要加強或發展適當的制度。我國的重要河流都是跨省的流域，這使得協調流域管理和行政區域管理的關系更加重要。
第三，1988年制定的原《水法》規定“國家對水資源實行統壹管理，分級與部門管理相結合的制度”，邁出了推進我國水資源統壹管理的重要壹步。但由於水資源權屬管理部門與開發利用部門的關系和職責劃分不清，流域管理機構缺乏明確的職責權限，部門間職能交叉和錯位現象並存，“多頭治水”問題依然存在。主要表現為:壹是流域按行政區域劃分管理；第二，地表水和地下水分開管理；三是水量水質分離管理。這種管理體制在實踐中存在的主要問題有:壹是不利於河道防洪的統壹規劃、統壹調度、統壹指揮。比如，有的地方在汛期，上下遊、左右岸各自為政，只顧自保，不顧整體，影響整體的防汛抗洪工作。二是不利於水資源的統壹調度和水資源短缺問題的整體解決。例如，壹些地區在枯水期爭奪水源，壹些上遊地區大量取水，導致下遊地區河流斷流，無水可用，給下遊經濟社會發展和生態環境帶來巨大破壞。三是不利於地表水和地下水的統壹調蓄，加劇了地下水的過度開發。據統計，全國多年平均超采地下水67億立方米，已形成地下水超采區164個。第四，不利於城鄉規劃解決城市缺水問題。第五，不利於從整體上解決水汙染問題。目前，我國跨區域水汙染問題日益嚴重。局部治理，尤其是下遊地區的治理，並不能真正改善河流的水質和水環境。只有上下遊統壹控制，統壹水量調度，才能取得成效。六是不利於水資源的經濟、社會、環境等綜合效益。新水法根據水資源的特點和中國的實際情況，借鑒壹些國家水資源管理的普遍做法和經驗，按照資源管理與開發利用管理相分離的原則，建立了流域管理與行政區域管理相結合、統壹管理與分級管理相結合的水資源管理體制。
四、國務院水行政主管部門負責全國水資源的統壹管理和監督。水資源統壹管理的核心是水資源的權屬管理。新水法明確規定，水資源屬於國家所有，水資源的所有權由國務院代表國家行使。為了實現全國水資源的統壹管理和監督，國務院水行政主管部門應當制定全國水資源戰略規劃，對水資源實行統壹規劃、統壹調配、統壹調度、統壹取水許可制度和有償使用制度。為了實現全國水資源的統壹管理和監督，國務院水行政主管部門在國家確定的主要江河、湖泊設立流域管理機構，行使法律、行政法規規定和國務院水行政主管部門授權的水資源管理和監督職責。早在20世紀30年代，我國就在主要河流設立了具有現代意義的流域管理機構，如1935設立的長江水利委員會、1933設立的黃河水利委員會、1929設立的淮河引水委員會等。新中國成立後，為加強對大江大河的規劃、治理和管理，中央人民政府在長江、黃河、淮河流域設立了流域管理機構，其間機構幾經變動。目前，中國在長江、黃河、淮河、珠江、海河和遼河流域設立了作為水利部派出機構的流域管理機構，行使《水法》、《防洪法》、《河道管理條例》等法律、行政法規賦予水利部的水資源管理和監督職責。新《水法》進壹步明確了流域管理機構在水資源監督管理中的職責，包括:(1)水資源動態監測和水功能區水質監測。(二)國家確定的主要江河、湖泊以外的江河、湖泊和其他省、自治區、直轄市的流域綜合規劃和區域規劃的編制。(三)國家確定的重要江河、湖泊和跨省、自治區、直轄市的江河、湖泊的水工程審查。(四)國家確定的主要江河、湖泊以外的跨省、自治區、直轄市的江河、湖泊的水功能區劃。(5)轄區內排汙口設置審查。(6)管轄範圍內的水工程保護。(七)制定跨省、自治區、直轄市的水量分配方案和幹旱緊急情況下的水量調度方案，制定年度水量分配方案和調度方案。(8)轄區內取水許可的發放和水資源費的征收。(9)水事糾紛處理和執法監督檢查。
五、縣級以上地方人民政府水行政主管部門依法負責本行政區域內水資源的統壹管理。中國幅員遼闊，各地水資源狀況和經濟社會發展水平差異很大。流域管理和行政區域管理相結合的管理體制，也必須緊密結合各地實際，充分發揮縣級以上地方人民政府水行政主管部門依法管理本行政區域內水資源的積極性和主動性。新水法規定的流域管理機構和縣級以上地方人民政府水行政主管部門在水資源監督管理中的壹些具體職責，將由國務院或者國務院水行政主管部門制定的配套行政法規或者政府規章進壹步明確。根據《水法》的有關規定，借鑒國外流域管理的職能經驗，總體上，流域管理機構在依法管理水資源方面應突出宏觀綜合性和民主協調性，重點解決壹些地方行政區域水行政主管部門難以單獨處理的問題，而壹個行政區域內經常性的水資源監督管理工作應主要由有關地方政府的水行政主管部門實施。在維護國家水資源統壹管理和水法基本制度的前提下，地方政府還可以結合本地實際，制定地方性水法律法規和相關政府規章，制定有利於本地水資源可持續利用的政府及相關規劃和計劃，依法加強本行政區域內水資源的統壹管理。