農業農村部黃渤海漁政漁港監督管理局在東海區漁政漁港監督管理局的協助下，負責組織實施、現場指導、監督檢查臨時措施水域和過渡水域的管理，匯總、統計、分析我國漁船生產情況。
渤海、黃海、東海沿岸省(直轄市)、地(市)、縣漁業主管部門負責對在臨時措施水域和過渡水域作業的漁船進行必要的指導和管理。第四條中華人民共和國和國家漁政漁港監督管理局每年根據作業規模(作業類型、船舶數量、漁獲量等。)經中韓漁業聯委會同意，確定下壹年度進入臨時措施水域和過渡水域的中國漁船作業規模，並下達給黃渤海和東海漁政漁港管理局，由其分配到本海域相關省(市)。第五條申請在《中韓漁業協定》臨時措施水域和過渡水域作業的捕撈許可證，應當於每年4月10前向所在地省、自治區、直轄市人民政府漁業行政主管部門提出。省、自治區、直轄市人民政府漁業主管部門應當自受理申請之日起20日內完成審批，並報農業農村部審批。
農業農村部應當自收到省、自治區、直轄市人民政府漁業主管部門報送的材料之日起20日內作出是否發放捕撈許可證的決定。第六條申請進入臨時措施水域和過渡水域從事漁業活動的漁船，必須具備下列條件:
1.持有有效的捕撈許可證證書、船舶檢驗證書、船舶登記證書(或船舶國籍證書)和其他必要的證書。
2.適航航區為ⅱ類以上，處於適航狀態，並裝有全球定位系統(GPS)。
3、按規定配備船員，值班船員應持有有效的值班船員證書。第七條經審核符合條件的漁船，由黃渤海區、東海區漁政漁港監督管理機構發放有效期為1年的特種(特許)捕撈許可證(以下簡稱特種許可證)。《特別證書》由受理申請的縣級漁業行政主管部門移交給申請人。移交專用證書時，應向申請人發放空白的《中華人民共和國捕撈日誌》(以下簡稱《捕撈日誌》，格式見附件二)，並對申請人進行必要的捕撈日誌填寫、收集和管理方面的培訓和指導。第八條黃、渤海、東海漁政漁港監督管理局應當每年編制壹份臨時措施水域和過渡水域持證漁船名單，並報中華人民共和國和國家漁政漁港監督管理局備案。第九條經批準在臨時措施水域和過渡水域從事捕撈活動的漁船，必須認真、如實填寫《捕撈日誌》。申請下壹年度作業資格時，申請人應當向受理申請的縣級漁業行政主管部門提交《申請表》和上壹年度的《捕撈日誌》。第十條受理申請的縣級漁業行政主管部門負責收集、統計申請漁船的捕撈日誌，並逐級上報地(市)、省(直轄市)漁業行政主管部門，由省(直轄市)漁業行政主管部門上報所在地海域漁政漁港監督管理局。東海漁船的捕撈日誌和生產情況由東海漁政漁港監督管理局匯總到黃渤海漁政漁港監督管理局。
捕撈日誌的數據處理方法由中華人民共和國漁政漁港監督管理局另行規定。第十壹條經批準在臨時措施水域和過渡水域從事捕撈活動的漁船必須按規定設置標誌。具體標誌方法由中華人民共和國漁政漁港監督管理局另行規定。第十二條經批準在臨時措施水域和過渡水域從事捕撈活動的漁船，必須遵守我國漁業法律法規，遵守中韓雙方商定的臨時措施水域和過渡水域資源養護和管理的規定。第十三條中國漁船與在臨時措施水域和過渡水域從事捕撈活動的韓國漁船發生漁業糾紛，或者需要在韓國港口緊急避難的，按照《中韓漁業協定》和兩國有關規定辦理。第十四條《申請表》和《捕撈日誌》由黃渤海區漁政漁港監督管理局按照本辦法規定的格式統壹印制。第十五條本辦法自《中韓漁業協定》生效之日起施行。關於過渡水域的規定應自協定生效之日起至四年之日止有效。