(壹)來往香港、澳門的小型船舶，是指經交通部或其授權部門批準，專門來往於內地與香港、澳門之間，並在中國註冊從事貨物運輸的機動或非機動船舶。
(二)海關小型船舶中途監管站(以下簡稱中途監管站)，是指海關在珠江口大鏟島、珠海灣仔、珠江口外桂山島、香港以東三門島設立的負責監管小型船舶及其所載貨物、物品，辦理進出境小型船舶海關艙單確認和海關印章制作手續的海關監管機構。
(三)航行指令是指中途監管站向小型船舶發出的通過中途監管站進行直航和停航手續的電子指令。
(四)海關指定區域是指以中途監管站為中心的壹定範圍內的航行區域。具體區域範圍由相關直轄市海關公布。第三條小型船舶應當在設有海關或者經海關批準的監管點的口岸進出、停泊、裝卸貨物、物品或者上下人員，並辦理相關手續。第四條下列小型船舶進出境時，應當在指定的小型船舶中途監管站辦理艙單確認和印章制作手續:
(壹)往來香港與珠江水域的小型船舶，在大鏟島中途監管站辦理；
(二)往來港澳與磨刀門水道的小型船舶，在灣仔中途監管站辦理；
(三)往來港澳與珠江口、磨刀門水道以西以及廣東、廣西、海南沿海港口的小型船舶，在桂山島中途監管站辦理；
(四)往來於香港、澳門與珠江口以東港口、廣東、福建及北部沿海地區的小型船舶，在三門島中途監管站辦理。
往來香港與深圳赤灣、蛇口、媽灣、鹽田港的小型船舶，直接在口岸海關辦理進出境申報手續。第五條小型船舶經海關備案後，可以從事進出境貨物運輸。
小型船舶應當向工商註冊地運輸企業直屬海關或者其授權的下屬海關辦理備案手續；海關對小型船舶實行網上備案管理，享受數據。第六條小型船舶應當配備海關認可的船載收發裝置。特殊情況下不安裝的，須經海關批準。
小型船舶不得設置暗艙、夾層等可以隱藏貨物、物品的地方，經國家船檢部門審查批準後，不得擅自改變船體結構。第二章備案管理第七條小型船舶申請備案時，運輸企業應當向海關提交下列文件:
(壹)往來港澳小型船舶登記表；
(二)交通主管部門的批準文件復印件；
(三)船舶國籍證書副本；
(四)船舶正面和能顯示船舶名稱的側面彩色照片。第八條海關予以備案的，應當自收到備案文件之日起5個工作日內簽發《往來港澳小型船舶登記證書》(以下簡稱《備案證書》)和《往來港澳小型船舶進出境海關監管簿》(以下簡稱《海關監管簿》)。
海關經審查決定不予備案的，應當自收到運輸企業提交的備案文件之日起3個工作日內簽發《往來港澳小型船舶不予備案通知書》。第九條運輸企業需要繼續備案的，應當在有效期屆滿30日前向備案海關提交下列文件，辦理小型船舶換證手續:
(壹)來往港澳小型船舶延續申請表；
(2)備案證明。
有效期屆滿未延期的，海關應當按照有關規定辦理註銷手續。第十條在海關備案的小型船舶的名稱、船體結構、營運航線、法定代表人、地址、企業性質發生變更的，運輸企業應當憑書面申請和相關批準文件向備案海關辦理變更手續。第三章海關監管第十壹條小型船舶進境前，船舶負責人或者其代理人可以通過與海關聯網的公共數據信息平臺，自行或者委托艙單錄入單位向海關發送艙單電子數據。
小型船舶出境前，船舶負責人或者其代理人應當向啟運地海關提交《海關監管簿》等相關單證和賬冊，同時通過與海關聯網的公共數據信息平臺向海關發送艙單電子數據。第十二條艙單電子數據應當包括以下內容:運輸工具名稱、運輸工具編號、航次、國籍、裝貨港、目的港、提單號、收貨人或者發貨人、貨物名稱、貨物數量和重量、集裝箱號、集裝箱尺寸等。第十三條小型船舶進出境起航時，船舶負責人應當通過船載收發器對艙單電子數據進行確認和申報。
進境小型船舶在中途監管站辦理艙單確認和海關制封手續後，進口貨物的所有人或者其代理人可以提前向海關申報。