投資項目所在地海關與減免稅申請人所在地海關不同的，減免稅申請人應當向投資項目所在地海關申請辦理減免稅備案和審批手續。
投資項目所在地涉及多個海關的，減免稅申請人可以向所在地海關或者上級海關申請辦理減免稅備案和審批手續。有關海關關員和上級海關可以指定有關海關辦理減免稅備案和審批手續。
投資項目由投資項目單位的非法人分支機構具體實施的，在取得投資項目單位的授權並經投資項目所在地海關批準後，非法人分支機構可以向投資項目所在地海關申請辦理減免稅備案和審批手續。第四條減免稅申請人可以向海關申請辦理減免稅備案、審批、納稅擔保和後續管理，也可以委托他人辦理上述手續。
委托人委托他人辦理的，應當持減免稅申請人出具的《辦理減免稅手續委托書》及其他相關材料向海關提出申請，經海關審核同意後，可以允許委托人辦理相關手續。第五條在海關註冊登記並取得《報關註冊登記證》的報關企業或者進出口貨物收發貨人，可以接受減免稅申請人的委托，代為辦理減免稅事宜。第二章減免稅備案第六條減免稅申請人按照進出口相關優惠政策申請減免稅相關貨物進出口，海關需要事先確認申請人資質或者投資項目的， 減免稅申請人在辦理減免稅審批手續前，應向主管海關提出減免稅備案申請，並同時提交以下材料:
(壹)進出口貨物減免稅備案申請表；
(2)事業單位法人證書、國家機關成立文件、社團登記證書、民辦非企業單位登記證書、基金會登記證書等證明材料；
(三)享受相關政策規定的進出口稅收優惠政策的資格證明材料。第七條海關收到申請人的減免稅備案申請後，應當審核確認申請人提交的申請材料是否齊全有效，申報是否規範。
減免稅申請人的申請材料符合要求的，海關應當予以受理，海關收到申請材料的日期為受理日期；減免稅申請人的申請材料不齊全或者不符合規定的，海關應當壹次性告知減免稅申請人需要補正的相關材料，海關收到全部補正申請材料的日期為受理日期。
不能按要求向海關提交完整有效材料的，海關不予受理。第八條海關受理減免稅申請人的備案申請後，應當對其資質和投資項目進行審查。
經審核符合相關進出口稅收優惠政策規定的，準予備案；經審查不予備案的，應當書面通知減免稅申請人。第九條海關應當自受理之日起10個工作日內作出是否準予備案的決定。
因政策或其他部門管理職責不清等原因，無法在10個工作日內作出決定的，如進壹步與相關部門協商、核實相關信息等，海關應向減免稅申請人書面說明理由。
有本條第二款規定情形的，海關應當自情形消除之日起15個工作日內作出是否準予備案的決定。第十條減免稅申請人要求變更或者註銷減免稅記錄的，應當向主管海關提出申請。經審核符合有關規定的，海關予以辦理。
減免稅備案變更或註銷需由項目審批部門出具的，減免稅申請人應在申請變更或註銷時壹並提供。第三章減免稅審批第十壹條減免稅申請人應當在貨物進出口申報前向主管海關申請辦理進出口貨物減免稅審批，並同時提交下列材料:
(壹)進出口貨物進出口申請表；
(2)事業單位法人證書、國家機關成立文件、社團登記證書、民辦非企業單位登記證書、基金會登記證書等證明材料；
(三)相關貨物的進出口合同、發票和產品資料；
(四)享受進出口稅收優惠政策資格的相關政策規定。