上級海關審批人事、財務、外事等事項，以及其他直接管理的機關或者機構審批人事、財務、外事等事項，不適用本辦法。第四條海關總署統壹管理全國海關行政許可工作。
各級海關應當在法定權限內，以本海關的名義統壹實施海關行政許可。
海關內設機構和海關派出機構不得以自己的名義實施海關行政許可。第五條海關實施行政許可應當遵循公開、公平、公正和非歧視的原則。
行政許可的規定應當公開。海關行政許可的實施和結果應當公開，但涉及國家秘密、商業秘密或者個人隱私的除外。
符合法定條件和標準的申請人依法享有取得海關行政許可的平等權利。第六條海關實施行政許可，應當遵循高效便捷的原則，提高審批效率，推進審批服務便利化。第七條海關應當按照國家行政許可標準化的有關規定，運用標準化的原則、方法和技術，在法律、行政法規、國務院決定和海關規章規定的範圍內實施行政許可，規範行政許可管理。第八條公民、法人或者其他組織在向海關實施行政許可時，有權進行陳述和申辯；有權依法申請行政復議或者提起行政訴訟；其合法權益因海關違法實施行政許可受到損害的，有權依法要求賠償。第二章行政許可項目的管理第九條海關行政許可項目由法律、行政法規和國務院設定。
海關規章和規範性文件不得設定海關行政許可。第十條法律、行政法規和國務院決定設定的實施行政許可的程序、條件和期限，海關總署應當依法制定海關規章。
海關總署可以根據法律、行政法規、國務院決定和海關規章的規定，以規範性文件的形式明確海關行政許可實施中的具體問題。
上位法設定的實施行政許可的具體規定，不得增設行政許可；行政許可條件的具體規定不得增設其他違反上位法的條件；實施行政許可的具體事項不得增加海關權力、損害申請人合法權益或者增加申請人義務。第十壹條公民、法人或者其他組織發現海關規章和規範性文件違反行政許可法規定的，可以向海關總署或者各級海關舉報；對規章以外的與海關行政許可有關的規範性文件有異議的，對不服海關行政許可的具體行政行為申請復議時，可以壹並申請復議。第十二條按照國務院行政審批制度改革的有關要求，海關行政許可實行清單管理。未列入《海關系統行政許可項目清單》(以下簡稱《清單》)的事項，不得實施行政許可。
法律、行政法規或者國務院決定設定、取消或者下放海關行政許可的，海關總署應當及時調整清單。第十三條直屬海關根據海關總署發布的清單，編制並公布本關區負責實施的行政許可清單，實行動態管理。第三章行政許可實施程序第壹節申請和受理第十四條公民、法人或者其他組織從事與海關監督管理有關的特定活動，依法需要取得海關行政許可的，應當向海關提出書面申請。
海關應當向申請人提供海關行政許可申請書格式文本，並將法律、行政法規和海關規章規定的行政許可事項、依據、條件、數量、程序、期限以及需要提交的全部材料目錄、申請書示範文本和填寫說明在海關網上辦理平臺和辦公場所公示。申請書格式文本不得包含與海關行政許可申請無直接關系的內容。
申請人可以委托代理人提出海關行政許可申請。依照法律、行政法規的規定，申請人應當向海關提出行政許可申請的除外。第十五條申請人可以在海關行政許可受理窗口提出申請，也可以通過網上辦理平臺、信函、傳真、電子郵件等方式提出申請，並對提交材料的真實性、合法性、有效性負責。海關不得要求申請人提交與其申請的行政許可事項無關的技術資料和其他材料。
申請材料涉及商業秘密、未公開信息或者商業秘密的，申請人應當以書面形式向海關提出保密要求，並明確需要保密的內容。海關應當按照國家有關規定承擔保密義務。