縣級以上人民政府交通運輸行政主管部門設立的港口管理機構具體負責本轄區內的港口管理工作。第四條各級港口管理機構負責貫徹執行國家有關港口管理的法律、法規和政策，審批港區水域、土地使用權，管理公共碼頭、貨主碼頭和港口企業的行業，按照國家規定收取有關港口規費，監督管理港口工程建設，審查港口經營人的條件，維護港區的安全生產、經營秩序和環境衛生。第五條港口規劃應當納入城市(鎮)總體規劃。港口管理機構應當根據統籌安排、合理布局的原則，編制近期和遠期港口規劃。港口規劃應按下列規定報批:
(壹)年吞吐量20萬噸以下(含20萬噸)的港口規劃，由當地交通行政管理部門會同有關部門審查，報本級人民政府批準，並報市交通委備案。
(二)年吞吐量20萬噸以上的港口規劃，由當地交通行政管理部門會同有關部門審查，報本級人民政府審批，報市交通和規劃部門批準。第六條根據城市(鎮)總體規劃和港口規劃，劃定港口區域。港區劃定方案由港口管理機構編制，經交通等有關部門審核，報縣級以上人民政府批準。經批準的指定港區是用於港口生產和建設的特殊區域。
港區海岸線壹般以常年洪水位以上三至五米為界。岸坡、海灘、水面和水下、架空水等。海岸線以下是港區水域。海岸線以上現有港口設施依法占用的土地和根據規劃征用的土地(包括碼頭、堆場、道路、鐵路專用線、客貨站及港口運輸、生產、生活設施等設施占用的土地)為港口用地。第七條港口建設應當按照依法批準的港口規劃進行。在港口管理機構的統壹規劃指導下，航運企業、工礦企業、物資部門和個人都可以投資建設貨運碼頭，誰建設誰受益。
港口和貨主碼頭的建設應當按照國家基本建設程序和環境保護的有關規定進行。第八條港口企業由國家、集體和個人三部分組成。設立港口企業或從事港口業務的單位和個人，應向港口管理機構提出申請，經審查簽署意見，按規定向當地工商行政管理部門申請登記，領取《企業法人營業執照》或《營業執照》後，方可經營。所有港口企業和從事港口業務的單位和個人，都應嚴格遵守國家法律、法規、政策和港口規章制度，合法經營，接受港口管理機構的管理和監督。
前款所稱港口企業，是指在港區內從事貨物裝卸、搬運、儲存、駁運及維修、船舶、貨物和旅客代理等服務的企業。第九條港口企業和從事港口業務的單位和個人，應當優先保證完成國家計劃和從事裝卸業務，也應當先裝卸，後裝卸。
企業專用碼頭生產能力有余的，應當向社會開放，並接受當地港口管理機構驗收。
各港口企業和企業專用碼頭必須按要求向港口管理機構報送統計資料。第十條港口企業、從事港口業務的單位和個人以及企業專用碼頭向社會提供的服務，應當按照規定價格收取費用，使用統壹票據，並按照國家有關規定繳納稅費。第十壹條所有進出港口的人員、車輛和船舶必須服從港口管理人員的統壹指揮，嚴格遵守公安部和交通部聯合發布的《港口治安管理規定》。
未經港口管理機構批準，不得在港區內進行建築、采石、挖沙和種植農作物。第十二條對認真執行本辦法，在港口生產、建設、環境保護和維護港口秩序方面做出顯著成績的單位和個人，由港口管理機構給予獎勵和表揚。第十三條有下列行為之壹的，由港口管理機構予以處罰:
(壹)擅自在港區內施工，妨礙港區正常管理活動的，責令停止、清除障礙、限期恢復，並可處1000元罰款；情節嚴重的，可處以1000元至10000元的罰款。
(二)損壞港口設施的，責令限期修復；無法修復的，賠償直接經濟損失。
(三)未按規定繳納港口費的，責令限期繳納，並按日加收滯納金0.5%。
(四)人員、車輛、船舶、排筏在港區內，不服從港口管理機構管理的，給予批評教育或處以1000元罰款。
(五)未經港口管理機構同意，占用港區岸線、水域、陸域的，責令限期恢復原狀；情節嚴重的，可處以1000元至10000元的罰款。