教育部重點實驗室:傳染病分子生物學重點實驗室、臨床實驗室診斷學重點實驗室、兒童發育性疾病研究教育部重點實驗室。
國家生物產業基地實驗動物中心:重慶醫科大學重慶國家生物產業基地實驗動物中心
省級人文社會科學基地:醫學與社會發展研究中心
國家工程研究中心:超聲醫學國家工程研究中心。
省級工程研究中心:重慶刑事偵查工程技術研究中心，重慶幹細胞治療工程技術研究中心，重慶制藥工程研究中心，重慶藥理評價工程技術研究中心， 重慶市嚙齒類實驗動物工程技術研究中心省級重點實驗室(名單不完整) 脂糖代謝疾病重慶市傳染病分子生物學重點實驗室重慶市臨床實驗室診斷重點實驗室重慶市兒童發育性疾病研究重點實驗室重慶市眼科重點實驗室重慶市認知發育與學習記憶障礙轉化醫學重點實驗室重慶市超聲醫學工程重點實驗室重慶市生物化學與分子藥理學重點實驗室重慶市神經病學重點實驗室重慶市超聲分子影像重點實驗室重慶市醫學重點實驗室婦產科重慶市醫 重點實驗室肝膽外科重慶市醫學重點實驗室傳染病寄生蟲病重慶市醫學重點實驗室“十二五”期間，學校牽頭承擔國家重大科技專項、國家重大科研計劃、國家重點基礎研究發展計劃(973計劃)、國家高技術發展研究計劃(863計劃)、國家科技計劃支持計劃、教育部新世紀人才計劃、國家自然科學基金項目等540余項。 獲得各類科技成果獎勵110余項，其中重慶市科學技術獎、賀亮合力獎等省部級獎勵40余項。
我校自主研發的高強度聚焦超聲腫瘤治療系統(海扶刀)為世界首創，是我國第壹臺具有完全自主知識產權的大型醫療設備。自產業化以來，海復系列設備已在全國1000多家醫院投入使用，並出口歐盟、俄羅斯、日本、韓國、新加坡等幾十個國家和地區。2011年底，我校申請的國家重大科研儀器研制項目“球形聚焦聲采集系統”項目獲得國家自然科學基金6000萬元資助。2012重慶醫科大學新科研項目清單No項目名稱起止時間項目來源經費(萬元)負責人1超聲腫瘤治療技術培訓班2012科技部41.187王誌標2乙肝治療及預後相關新指標、新試劑的臨床意義評價2012-20655。05重大專項任務189.45糖脂分布異常在NAFLD及高脂血癥發病中的作用2012-2016“973”子項目275.0阮雄忠4膽固醇代謝紊亂促進慢性腎臟病及腎纖維化進展的分子機制2012-2010。+05.20阮雄中學代謝性炎癥在NAFLD和高脂血癥中的作用2012-2015“973”子項目50.00陳亞希6“十二五”國家科技支撐項目“中國重要心血管病人調查”2012國家“十二五”科技支撐子項目69.64。感染研究2012-2015國家“十二五”科技重大專項319.56黃愛龍8雲南及周邊省市傳染病病原體譜流行規律研究2012-2015國家“十二五”科技重大專項36548+0黃愛龍66686間充質幹細胞對骨折的協同成骨研究2012教育部博士基金會聯合6.0肖曉秋162BKCa通道表達及其在偏頭痛動物模型中的作用機制研究2012教育部博士基金會聯合2.0葛覃163 t17/Treg失衡在腎移植慢性排斥反應中的作用及其幹預研究2012教育部博士基金會聯合E-鈣粘蛋白對前體心外膜祖細胞定向分化為起搏細胞的調控2012-2014教育部博士基金會12.00社強166納秒高強度電脈沖對卵巢癌侵襲轉移影響的實驗研究2012-2014教育部博士基金會。Na 167HBV X蛋白下調線粒體蛋白SIRT3在HBV感染誘導氧化應激中的作用及機制研究2012-2014教育部博士基金4.00陳娟168孕期MVAD對大鼠生後突觸可塑性翻譯調控機制的影響2012-2014教育部博士4.00張軒169Wasp基因突變對臨床表型及Treg/th 17對細胞免疫功能的影響2012教育部博士點基金會結合2.0張誌勇170高通乳腺癌篩查Bmi-1靶基因2012教育部博士點基金會結合2.0吳香梅1765433302教育部博士點基金結合2.0 172差異miRNA在乳腺癌發生中的作用及分子機制研究2012-2014教育部博士點基金12.00宋173細胞原協議轉運蛋白80(IFT80)是通過Hedgehog信號通路調控的。分化增殖2012-2014教育部博士點基金4.00王長東174延緩神經幹細胞衰老及調控端粒長度和端粒酶活性的機制研究2012-2014教育部博士點基金12.00王亞平65438。13-2015教育部新世紀優秀人才25.00郭176KLF14改善糖脂代謝紊亂及其分子機制研究2012-2014教育部博士點基金12.00李玲14。以及逆轉CML細胞惡性表型的降解策略2012-2014教育部博士點基金12.00馮178促進乳腺癌幹細胞聚集的關鍵miRNAs及細胞信號通路的扭轉研究2012-2014教育部博士點基金結合65438+38+079 酸代謝譜分析用於妊娠期肝內膽汁淤積癥的診斷和分級2012教育部醫師基金會聯合6.00丁旻181低強度聚焦超聲。 黏附、侵襲、影響血管生成2012教育部博士基金結合6.00王誌標182受體介導和超聲定位雙重靶向——甘草次酸表面修飾納米粒和超聲微泡與姜黃素復合給藥系統的研究2012-2014教育部博士基金結合4.00張良科183具有類骨質孔隙。支架修復兔橈骨缺損的成骨機制研究2012-2014教育部博士點基金4.00陸184行為經濟學視角下的控煙政策優化研究2012-1015教育部人文青年基金7.00《中國肝病》科技學術期刊是中華醫學主辦的全國性學術期刊創刊於1993年6月，原名《肝病雜誌》，6月正式更名為《中國肝病雜誌》，1996。其主要內容包括肝臟生理學、病因學、流行病學、病理學、病理生理學、免疫學、發病機理、臨床診斷、治療和預防的實踐經驗和研究成果，以及新技術和新方法。
《臨床超聲醫學雜誌》1988年8月創刊。1998 11月經被國家科委批準為官方出版物，在中國境內外公開發行。2004年被中國科技部列為“中國科技論文統計源期刊”、“中國科技核心期刊”，並先後加入“中國學術期刊光盤網”、“萬芳數據數字期刊網”，被列入“中國生物醫學期刊文獻數據庫”、“中國科技期刊數據庫”、“國家醫藥衛生優秀成果數據庫”、“中國核心期刊數據庫(精選)”。
《重慶醫科大學學報》由重慶醫科大學主辦，是《中文核心》、《中國科技核心》、《CSCD評選》、《中國高校優秀科技期刊》。被美國化學文摘(CA)、波蘭哥白尼索引(IC)、美國ulich期刊指南、世界衛生組織西太平洋醫學索引、美國劍橋科學文摘(自然科學)、中國知網、維普科技、萬芳數據等重要數據庫全文收錄。
《兒科藥學雜誌》由中國藥學會醫院藥學專業委員會兒科藥學專業組和重慶醫科大學附屬兒童醫院聯合主辦。成立於1995，2000年8月經國家新聞出版總署和科技部批準，正式向國內外公開發行。成為兒科學核心期刊、中國學術期刊綜合評價數據庫來源期刊、中國核心期刊(精選)數據庫、中國學術期刊(光盤版)、中國期刊網、首席醫學網、萬芳數據-數字期刊群、中國科技期刊數據庫、中國生物醫學文摘數據庫(CMCC)收錄期刊。
《醫學教育探索》創刊於2002年，2011正式更名為《中國醫學教育研究雜誌》。是由中國科協主管、中華醫學會主辦的醫學教育月刊，主要反映國內外最新醫學教育動態、教育教學改革成果以及醫學領域的社會、心理、醫學等方面的內容。該刊已被收錄於《中國科技論文統計源》(中國科技核心期刊)、波蘭哥白尼索引(ic)、世衛組織西太平洋醫學索引(WPRIM)、美國尤利希期刊指南(UPD)等重要數據庫。館藏資源截止2013年底，學校擁有藏書1496400冊，其中各類全文電子期刊27715種，電子圖書234929種，其他電子資源70469種。有30多個中外數據庫資源，每個學生有46本紙質書。2013年，紙質圖書增加135600冊，年均進書量超過4冊，電子圖書增加40600冊，電子期刊續借27700冊，其他電子資源增加31200冊；紙質圖書借閱歸還38.87萬次，數據庫訪問654.38+0.8789萬次，電子期刊全文下載654.38+0.8206萬次，電子圖書閱讀使用654.38+0.1.94萬次，多媒體光盤和多媒體資源使用654.38+0.553萬次。同時建立了Medline光盤數據庫(含SERFILE期刊信息數據庫)、維普中文科技期刊數據庫、中國生物醫學文獻數據庫(CBMdisc)、中國生物醫學期刊/會議文獻數據庫-CMCC/CMAC、醫學學位論文數據庫、萬方中國學位論文數據庫(醫學)等數據庫。