管委會主任由市政府任命。第七條管委會行使下列職權:
(壹)負責法律、法規和本條例在保稅區的實施，制定和發布保稅區行政事務管理規定；
(二)制定保稅區發展規劃和產業規劃，經市政府批準後組織實施；
(三)負責保稅區的規劃、國有資產、投資、對外經濟貿易、金融、統計、公安、勞動人事、交通、基礎設施、環境衛生和公用事業等方面的管理；
(四)市政府授予的其他職權。第八條保稅區的建設、規劃、土地房產、環境保護等管理事項，由市政府相關行政主管部門依法協調管理；有關部門應當根據保稅區的特殊政策，對保稅區管委會的工作給予特殊支持，並可以委托或授權申請建設審批和頒發證書，具體辦法由市政府制定。
與工商行政管理有關的事項，由市工商行政管理部門管理。
稅務機關應當按照法律、法規的規定，做好保稅區的稅收工作。第九條海關按照國務院批準的《保稅區海關監管辦法》對保稅區實施特殊監管。第十條保稅區可以依法設立勞務、公證、審計、會計、律師等服務機構，為保稅區內的企業、事業單位提供服務。第十壹條管委會向市政府負責並報告工作。管委會在行使本條例規定的職權時作出的重要決定，應當報市政府和相關行政管理部門備案。
管委會的工作機構對管委會負責，並接受市政府有關行政部門的指導。第三章企業設立和管理第十二條市政府鼓勵投資者在保稅區設立國家需要重點扶持的高新技術企業，並給予優惠待遇。第十三條投資者經批準可以在保稅區設立貿易企業，從事與境外企業的貿易活動。第十四條投資者可以在保稅區設立倉儲企業，開展保稅倉庫業務。第十五條國內外信息機構可以在保稅區設立分支機構或辦事處，開展咨詢業務。第十六條經財政主管部門批準，國內外金融、保險機構可以在保稅區設立營業性機構或辦事處，開展金融、保險業務及聯絡、咨詢服務。第十七條投資者可以申辦保稅區內交通、通訊等國家法律法規允許的企業。第十八條投資者在保稅區設立企業或代表處，應辦理下列手續:
(壹)投資者的申請，由工商行政管理部門根據管委會發布的投資導向目錄核準登記；
(二)設立特定商業企業，經管委會批準，依法向工商行政管理部門登記註冊；
(三)企業應當自領取營業執照之日起30日內，向海關、稅務、外匯管理等部門辦理註冊、備案、登記和開戶手續；
(4)投資者按期出資並辦理驗資手續，驗資報告報有關部門備案。第十九條保稅區企業應當按照國家有關法律、行政法規的規定，設置賬簿、編制報表，憑合法有效的憑證記賬、核算，記錄進出保稅區貨物、物品的庫存、調撥、轉讓、銷售、加工、使用和損耗情況。
保稅區企業應當與海關實行計算機聯網，進行電子數據交換。第二十條保稅區企業應當按照批準的經營範圍依法經營。企業在建設和生產經營中應遵守環境保護法律法規的規定，並向管委會辦理相關手續。第四章操作規程第二十壹條保稅區與境外之間進出口的貨物，除實行被動出口配額管理的貨物外，不實行進出口配額、許可證管理。
保稅區企業可以按照國家有關規定從事保稅區與非保稅區之間、保稅區與中國其他保稅區之間的貿易。
國家禁止進出口的貨物、物品不得進出保稅區。