嚴格地說，工程預付款是舶來品，是市場經濟體制下建設活動主體借鑒工程預付款國際慣例的自發行為。事實上，如果沒有工程集資的國際慣例，在我國建設工程領域走向市場經濟的形勢下，這將是壹種必然趨勢，這不僅是由建設活動可以采用工程集資方式的性質決定的，也是由於市場優勝劣汰的競爭現實。實際上，工程預付款是合同雙方根據市場的“雙向選擇”原則，在承認現實的基礎上確定合作夥伴的壹種方式，是雙方的合意行為。
性質二:資金用於工程建設合同中指出的項目建設。
如果承包方墊付的資金沒有用於項目本身，而是被發包方挪作他用，其性質就不是項目墊付，而是企業之間的借貸關系。例如，在建築工程施工合同的履行過程中，承包商為開發商與另壹開發商之間的房地產合作開發項目向開發商出借壹筆款項。雖然這筆錢也是在施工時預留的，但並沒有用於施工本身，所以不算工程預付款。從這個意義上說，工程預付款不是壹種獨立的民事法律關系或行為，而是壹種從屬的民事行為。
性質三:預付款是壹種業務承包手段。
雖然大部分承包商對工程預付款有些無奈，但它卻是壹些承包商承接工程、展示實力、增加合同談判砝碼的有力武器。為了在競爭中擊敗對手，有實力的建築企業往往會采取各種手段，先進資本施工就是其中之壹。為了生存，中小建築企業不惜以貸款為代價參與競爭。此外，目前中國已經對外開放，所有進入中國建築市場的外國建築企業都是出資施工的專家。國內施工企業如果不把出資施工作為搞活經營的手段，勢必難以與國外施工企業競爭。
性質四:預付款是履行合同的壹種方式。
建設工程施工合同就其內容而言屬於特殊合同。與承包人按照定作方的要求完成工作並交付工作成果的合同相對應，建設工程施工合同中承包人履行的過程是將勞務和建築材料物化為建築產品的過程，承包人向發包人交付合格的建設工程。工程建設的投資，包括人工和材料，可由發包方或承包方墊付。因此，項目預付款是實現完成項目建設履約義務的方式之壹。
性質五:工程預付款不壹定導致拖欠工程款。
先期建設在國外早已是通行做法，並未出現過嚴重的工程款拖欠問題。近年來，我國民營企業出資建設的比例也在增加，有的企業甚至達到100%。但除了壹些正常的債務糾紛，很多企業並沒有給正常經營帶來尷尬。可見，超前建設本身並不是拖欠工程款嚴重，甚至是企業經營困難的實質性原因。拖欠工程款的根本原因主要是施工單位的因素。
性質六:預付款是法律、行政法規未禁止的行為。
禁止出資施工主要是根據原國家計委、建設部、財政部1996聯合發布的《關於嚴禁工程建設中出資承包的通知》，目的是防止企業之間違規貸款，減輕施工企業負擔。但是，從法律層面來說，《通知》只能算是壹部部級規章。即使是最近建設部等四部門以建施(2006)6號文件發布的《關於嚴禁政府投資項目使用帶資合同的通知》，充其量也只是壹個政府聯合規章，而且只是對政府投資項目進行調整，不能作為否定民間合同尤其是非政府投資項目合同效力的依據。除上述兩個通知外，沒有法律、行政法規禁止建設集資行為，因此可以斷言，建設集資行為不屬於法律、行政法規禁止的範圍。
法律依據:《關於嚴禁工程建設帶資承包的通知》。任何建設單位不得要求施工企業以資金承包作為投標條件，更不用說強行要求施工單位將這壹內容寫入工程承包合同。對於工程建設過程中出現的資金短缺，建設單位應當自行籌措資金解決，不得要求施工單位先行施工。