(1)辦公室。負責文電、會議、黨建、組織人事、檔案、保密、政務信息、政務公開、督查、接待、資產管理、綜合協調和後勤服務保障等工作。負責起草重要報告和綜合性文件。負責新聞宣傳。組織辦理NPC代表建議和CPPCC提案。負責離退休人員的管理。負責組織交通行業扶貧、國防動員和交通戰備工作。協助郵政管理。
(2)政策法規科。負責研究綜合交通發展的重大問題，承擔綜合交通體制改革，指導和協調行業相關改革工作。執行地方法規和政府關於綜合運輸的規定。負責規範性文件的合法性審查。負責法律顧問、行政復議和行政訴訟等相關法律事務。指導交通運輸綜合行政執法和隊伍建設，負責行業執法監督。負責行政審批。負責普法和培訓執法人員。指導超限運輸管理。執行交通規費和公路通行費的有關政策。
(3)綜合規劃科。組織編制綜合交通發展體系專項規劃，承擔相關協調工作。協調公路、鐵路、水路、民航、城市軌道交通、郵政等專項規劃並提出草案，負責上報或出具規劃建設項目意見。指導綜合交通樞紐規劃。參與制定物流發展戰略和規劃，提出相關政策和標準。負責提出固定資產投資的規模、方向和財政資金安排並監督實施，按照規定權限提出公路、鐵路、水路、民航和城市軌道交通的固定資產投資項目。負責行業環境保護、節能減排、利用外資等工作。編制鐵路專項規劃，提出年度計劃建議，負責協調上級鐵路項目審批等前期工作。配合國家鐵路建設工作和地方鐵路工程建設的監督管理。指導地方鐵路運輸市場監管工作。落實民航發展的政策措施和管理辦法。負責協調民航項目前期工作。負責協調推進機場建設，參與機場建設管理的監督檢查。協調空域資源的開發利用。依法監管民用機場的機場凈空。配合機場行政和機場運營管理。協調與地方工作相關的省市垂直管理的鐵路、民航。
(4)綜合施工段。負責全區公路、鐵路、水路、民航、城市軌道交通等基礎設施建設管理和質量監督的行業管理，貫徹執行政策、制度、技術標準和實施辦法。負責公路、鐵路、水路、民航建設的市場監管。負責對公路建設項目的設計審批、施工許可、造價管理、招投標管理、實施監督和竣工驗收提出建議。指導和監督環境保護設計、施工和驗收。負責公路管理和養護行業管理。制定地方公路發展政策、措施和管理辦法並監督實施。編制公路專項規劃，提出年度計劃和立項建議。負責公路養護市場的監管。負責公路基礎設施運營和養護的監督管理。承擔道路區域環境改善工作。負責公路標誌標線的管理。負責組織災損搶修，監督公路防災恢復工程的實施。指導農村公路工作，帶頭做好“四好農村公路”工作。
(5)綜合運輸科。實施綜合交通發展戰略、體系和基本公共服務標準，銜接各種交通方式。編制綜合運輸系統規劃。擬定綜合運輸計劃並組織實施，協調綜合運輸計劃。引導和規範運輸市場秩序。指導運輸線路和營運車輛的管理。指導客運站項目建設，協助物價部門實施運輸價格管理。指導物流市場相關工作。負責綜合運輸統計，監測分析運輸運行情況，發布相關信息。
(6)安全監督科。負責本行業安全生產的監督管理。貫徹交通行業安全生產綜合方針，制定應急預案並監督實施。負責指導行業安全生產體系建設，監督有關安全生產法律、法規、政策和標準的實施，負責交通工程項目安全生產的監督管理。依法組織或者參與相關事故的調查處理。指導公路水路運輸企業安全生產監督管理工作。負責防災減災、自然災害和重大突發事件的組織、協調和指導。負責綜治和維穩、信訪工作。
(7)財務部。貫徹綜合交通行業財務管理規章制度並監督實施。落實交通行業投融資政策。負責交通發展基金的管理、使用和監督。負責交通基礎設施建設融資、信貸和外匯的財務管理。負責預決算、政府采購和資產管理。負責本機構的財務工作。監察局屬於事業單位財務工作。負責局機關和事業單位預算、決算的匯總、審核、上報或審批。
(8)地方海事管理處。負責水運行業管理。貫徹實施並監督執行水路交通、工程維護和通航相關政策和制度。編制航道專項規劃，提出年度計劃和項目審批審核建議。指導水路運輸工作。負責航道養護市場監管。負責水運工程建設項目的監督管理。負責航道養護管理。負責水上交通管制、船舶及相關水上設施的檢查、登記和防汙染，水上消防、通信導航，以及船舶和港口設施保安的監督管理。負責船員管理。負責航道相關事項的行政審批。負責水上應急救援工作。負責漁船的檢查、監督和管理。貫徹航道收費政策並監督執行。