根據自貿試驗區建設和發展的需要，經國務院批準擴大的自貿試驗區範圍適用本條例。第三條自貿試驗區應當圍繞立足兩岸、服務全國、面向世界的戰略要求，以制度創新為核心，堅持擴大開放和深化改革相結合，加強功能培育，加快政府職能轉變，建立與國際投資貿易規則相適應的制度和監管模式，構建國際化、市場化、法治化的營商環境。第四條自貿試驗區應當成為投資開放、貿易便利、金融創新功能突出、服務體系健全、監管高效便捷、法制環境規範的自由貿易區，在服務經濟轉型發展、對臺合作和21世紀海上絲綢之路核心區建設中發揮引領作用。第五條新區按照發展定位和目標，優勢互補，交錯發展，加強合作，相互促進。
福州片區將重點建設先進制造業基地、21世紀海上絲綢之路沿線國家和地區交流合作重要平臺、兩岸服務貿易和金融創新合作示範區；廈門片區重點建設兩岸新興產業和現代服務業合作示範區、東南國際航運中心、兩岸區域性金融服務中心和兩岸貿易中心；平潭片區重點建設兩岸家園和國際旅遊島。第六條自貿試驗區應當建立鼓勵改革創新、允許試錯、容忍失敗的機制，完善以支持改革創新為導向的評價體系，充分激發創新活力。第二章管理體制第七條按照統籌管理、分級負責、精幹高效的原則，建立權責明確、部門協調、運轉高效的自貿試驗區管理體制。第八條自貿試驗區工作領導小組負責領導、組織和協調自貿試驗區的建設和發展。
領導小組辦公室設在省人民政府商務主管部門，承擔領導小組的日常工作，履行以下職責:
(壹)組織實施《總體方案》，協調推進各項試驗任務；
(二)制定總體發展規劃，指導、督促各區及相關部門完善發展規劃，落實階段性改革任務；
(三)指導本區制定相關行政管理制度和政策措施，建立本區聯動協作機制；
(四)依法組織國家安全審查、反壟斷審查等相關工作；
(五)組織轄區開展評估工作；
(六)建立信息發布制度；
(七)領導小組交辦的其他事務。第九條設區的市和平潭綜合實驗區應當成立片區工作領導小組，研究制定推進片區改革創新的政策措施，加強片區發展重大問題的協調，統籌推進片區改革發展。第十條省人民政府在自貿試驗區各片區設立派出機構(以下簡稱片區管理機構)，負責片區具體事務，履行以下職責:
(壹)組織實施本地區的各項試驗任務；
(二)組織實施本區發展規劃，協調本區產業布局和重大項目引進建設；
(三)制定和實施本區行政管理制度，組織實施行政許可、行政處罰和公共服務等行政事務；
(四)組織實施全區綜合監管；
(五)協調本地區有關部門的行政工作；
(六)做好信息管理和發布工作，為社會提供咨詢和服務；
(七)依法履行的其他職責。第十壹條省人民政府、設區的市人民政府、有關部門和平潭綜合實驗區應當遵循簡政放權、高效便民的原則，依照法定程序將經濟社會管理權限授權或者委托給區管理機構。
海關、檢驗檢疫、邊檢、海事、稅務等部門在區內設立的工作機構應當推進自貿試驗區的改革創新。第十二條自貿試驗區應當建立咨詢制度，為自貿試驗區建設提供智力支持和決策參考。第十三條自貿試驗區應當建立完善的統計制度，及時統計相關數據，分析預測區內經濟社會運行情況。第十四條自貿試驗區工作領導小組辦公室會同相關部門建立綜合評估機制，對試點政策實施情況進行綜合和專項評估，必要時委托第三方機構進行獨立評估，及時復制推廣改革創新經驗。第十五條省人民政府有關部門、設區的市人民政府有關部門推進自由貿易試驗區改革創新，納入政府績效管理。