臺灣省船舶進入靠泊點後，船長應當主動向公安邊防執勤人員出示船舶證書、船員證書或者其他有效證件，說明靠泊原因和靠泊時間，並協助檢查人員檢查船體、貨物和行李。第六條公安邊防部門發現船上人員有下列情形之壹的，不予批準下船:
(壹)沒有任何證件證明自己是臺灣省同胞的；
(二)有提供虛假證明等欺詐行為的；
(3)被驅逐出境人員在期限內不得入境；
(四)無人監護的嚴重傳染病患者和精神病人。第七條臺灣省船舶停泊期間，船上人員應當遵守下列規定:
(壹)不得擅自調整泊位；
(二)不得懸掛或者展示有損祖國統壹的標誌；
(三)不得擅自啟用無線電臺站；
(四)不得向海港傾倒垃圾；
(五)不得攜帶危險違禁物品上岸；
(六)不得擾亂港口秩序和從事違法犯罪活動；
(七)不得擅自接載大陸人員登船；
(八)船舶必須有足夠的值班船員，確保安全。第八條船舶在臺灣省停泊期間，海關、衛生檢疫部門的工作人員因執行公務需要登船的，應當事先通知當地公安邊防部門；其他人員需辦理相關手續後方可登船。第九條臺灣省船舶和臺灣省同胞在港停泊期間，由有關部門和單位按規定辦理:
(壹)避風、就醫、探親訪友、洽談投資、祭祖、旅遊修船、補給，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室接待和辦理；
(二)從事小額貿易的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室，介紹給經省對外經濟貿易委員會批準的臺灣貿易公司；
(三)需要處理海事、漁業糾紛的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室聯系漁政、港監等部門處理；
(四)需要聘用短期漁民的，由泊位所在地人民政府臺灣事務辦公室介紹到經省級人民政府批準的具有對臺勞務合作經營權的公司。
停泊點管理涉及多個部門的，由當地人民政府臺灣事務辦公室負責協調。第十條臺灣省同胞需要上岸的，應當持船員證書或者其他有效身份證件，向當地公安邊防部門申請辦理《臺灣省同胞上岸證》或者《臺灣居民來往大陸通行證》。第十壹條臺灣同胞應當在有限的範圍內活動。
持有《臺灣省同胞登陸證》的臺灣省同胞可以在錨地所在鄉鎮活動；臺灣居民往來大陸通行證臺灣省同胞可以在錨地所在鎮以外的地區探親、旅遊、投資和貿易。第十二條臺灣省同胞應當在證件有效期內登船出境。
《臺灣省同胞登陸證》和《臺灣居民來往大陸通行證》的有效期不得超過本航次的航行期限。臺灣省同胞因特殊原因不能隨原船出境或需要延長居留期限的，應在證件有效期內向登陸船臺所在地人民政府臺灣事務辦公室提出申請，經省人民政府臺灣事務辦公室和省公安廳邊防局審核後，登陸船臺所在地公安邊防部門將換發證件。第十三條臺灣省同胞應當從原登陸點乘原船出境。
因特殊原因需要從本省其他停泊點變更或者乘坐其他臺灣省船舶出境的，應當在證件有效期內向停泊點所在地人民政府臺灣事務辦公室或者省人民政府臺灣事務辦公室提出申請，由省人民政府臺灣事務辦公室商省公安廳邊防局審批。第十四條臺灣省同胞遺失《臺灣省同胞登陸證》、《臺灣居民來往大陸通行證》的，應當向原發證部門報失；經調查核實的，由原發證部門補發。第十五條臺灣省船舶應當接受公安邊防部隊的檢查和查驗，按照規定繳納檢查監護費，並在離港前交回《臺灣省同胞登陸證》或者《臺灣居民來往大陸通行證》。已辦理離境手續的，不得無故滯留。第十六條臺灣省船舶和臺灣省同胞船舶違反法律、法規的，依照有關法律、法規處理；法律法規沒有規定的，由省、市(地)、縣(市)公安邊防部門按照本辦法辦理:
(壹)違反本辦法第七條第(壹)、(二)、(三)、(四)、(七)、(八)項規定的，對船長和直接責任人予以勸告並責令改正。拒不改正的，處壹千元以上、三千元以下罰款；
(二)違反第十壹條、第十二條、第十三條、第十五條規定的，處三千元以上五千元以下罰款；
(三)臺灣省居民租用船舶偷渡、塗改、偽造、冒用他人證件出入境或者將證件轉讓給他人使用的，處五千元以上壹萬元以下罰款；
(四)進入本省沿海的臺灣省船舶不在停泊點停泊的，處以壹萬元以上三萬元以下罰款。
公安邊防部門依照本辦法作出的處罰，應當填寫省公安廳統壹印制的裁決書。
被處罰人對處罰決定不服的，可以依法申請復議或者向人民法院提起訴訟。