(1)辦公室
組織、協調和參與本局的政務工作。承擔局機關重要文件的起草工作，負責文電、機要、保密、外事、文件檔案管理和會議組織工作；制定總體研究計劃，承擔綜合性研究工作；制定工商行政管理宣傳計劃並組織實施；負責本局的行政後勤支援及保安工作。
(2)法律事務部
研究制定全市工商行政管理立法計劃；組織、協調或參與起草和審查與工商行政管理相關的地方性法規、規章和規範性文件；組織工商行政管理執法的監督檢查；承辦本局行政案件的審核工作；承辦或者參與行政案件的復議、聽證和應訴；依法審理行政賠償案件；組織工商行政管理法制宣傳；檢查和指導本系統的法制工作。
(3)公平交易辦公室(消費者保護辦公室)
參與制定制止壟斷和不正當競爭、保護消費者權益的地方性法規和規範性文件；組織查處轄區內市場交易壟斷、不正當競爭、走私販私、損害消費者合法權益、傳銷和變相傳銷等經濟違法案件；組織監督流通領域商品質量；組織查處市場管理中發現的經銷摻假、假冒產品等違法行為；檢查和指導全市公平交易和消費者權益保護工作；指導稽查支隊和稽查大隊的工作；指導工商行政管理局“12315”消費者投訴舉報指揮中心和各12315消費者投訴服務臺。
(4)企業註冊辦公室
組織或參與起草本市各類企業(不含外商投資企業，下同)和個體工商戶登記的地方性法規、規章和規範性文件；依法承擔在市工商局登記註冊的各類企業的登記註冊工作，協調、指導、監督、檢查本系統各類企業和個體工商戶的登記註冊工作；負責辦理在市工商局登記的各類企業的年檢，協調、指導、監督、檢查本系統各類企業的年檢和個體工商戶的檢查；負責全市各類企業和個體工商戶登記的信息統計和匯總。
(5)企業監督管理辦公室
組織或參與起草本市各類企業(不含外商投資企業，下同)和個體工商戶監督管理的地方性法規、規章和規範性文件；組織查處企業違反登記法律、法規和規章的行為，復議下級工商局查處的違反企業管理法規的案件；負責全市企業信用體系建設，組織協調查處無照經營行為；指導全市個體私營企業協會的工作；協調、指導、檢查本系統各類企業和個體工商戶的監督管理工作；負責全市各類企業和個體工商戶監督管理的信息統計和匯總。
(6)市場監督管理辦公室(合同監督管理辦公室)
參與制定市場監督管理和規範市場秩序的地方性法規和規範性文件；組織、監督和規範各類市場的交易行為和經營秩序；負責市場登記和年檢；負責各類展銷會、交易會、訂貨會、櫃臺租賃的登記和監督管理，根據授權組織經紀人職業資格認定，監督和規範經紀人和經紀機構的經營活動；負責糧食市場的監督管理；組織查處各類市場的違法違規行為；組織對全市市場的專項管理；檢查和指導全市市場監督管理工作；指導市場協會和經紀人協會的工作。
參與制定合同監督管理的規範性文件；組織實施合同行政監督；組織查處利用合同的違法行為；組織和管理動產抵押登記；組織和監督拍賣和招標；辦理經紀合同鑒證和合同糾紛行政調解，檢查指導合同監督管理；指導合同協會的工作。
(七)商標廣告監督管理辦公室
參與制定商標和廣告監督管理的地方性法規和規範性文件；組織查處商標侵權假冒和虛假違法廣告案件；負責商標和特殊標誌使用虛假合同、商標質押、商標驗證和商標印刷的監督管理；認定市知名商標，組織推薦福建省著名商標；負責市級廣告業務的審批；監督管理廣告及其他廣告活動；檢查和指導全市商標廣告監督管理工作；指導商標代理機構、商標協會和廣告協會的工作。
(8)金融設備部
貫徹工商行政管理系統的財務指導，組織實施本系統的財務設備管理；編制系統預算，審核決算；組織實施各項工商行政管理收費；負責編制本系統的會計報表和財務統計數據；負責本系統的票據管理和內部審計、資金收支管理及監督檢查；組織管理本系統的國有資產；負責局機關及所屬單位的基本建設和物資設備計劃；檢查和指導本系統的財務和設備管理。
(9)人事教育司
協助局黨組管理所轄縣(市、區)工商局領導班子；負責管理本系統的幹部、人事、機構和人員編制；負責本系統的基層建設和隊伍建設；負責本系統退休人員的管理和服務；組織實施幹部教育培訓；組織實施評選表彰工作；組織、指導和協調本系統的政治思想、黨的建設和精神文明建設工作；檢查和指導本系統的人事教育管理工作；指導市工商局幹部培訓班的工作。
根據有關規定，紀檢組與監察室合署辦公，依照黨章和行政監察法履行職責。
按照《黨章》規定，設立黨委，負責局機關及直屬單位的黨群工作。
(10)檢查組
依法或者根據授權，查處本市行政區域內市場交易中的壟斷、不正當競爭、生產和銷售假冒偽劣產品、商業欺詐和侵害消費者合法權益的案件；查處所轄內陸地區的走私販私違法行為，配合有關部門開展反走私鬥爭；參與綜合治理，維護市場經濟秩序，受理上級機關和其他執法機關移送的違反工商行政管理法律法規的經濟違法案件。
(十壹)信息技術管理科
組織電子商務和網絡經濟的監督管理；負責工商行政管理信息和統計匯總，分析決策信息；建立工商行政管理系統信息和法律法規數據庫，指導系統信息網絡建設。
(12)外商投資企業登記管理部門
辦理授權登記管轄範圍內的外商投資企業、港澳臺商投資企業、從事經營活動的外國(地區)企業和外國(地區)企業常駐代表機構的登記，確認其企業法人資格和法律地位，並進行監督管理；負責查處轄區內外商投資企業的違法行為。
(13)幹部教育培訓班。
落實國家、省、市工商局幹部教育培訓發展規劃；參與制定本系統幹部教育培訓規劃，開展加強和改進幹部教育培訓的研究或活動；承擔或協調配合有關部門開展本系統幹部政治、文化和各項業務的在職培訓。
(14)商品檢驗中心
根據法律法規的規定，承擔各級工商機關委托的檢驗任務；接受消費者和社會的委托，提供有償檢測服務，按照標準正確出具檢測報告；開展商品質量知識咨詢和相關法律法規宣傳。
(十五)12315消費者投訴舉報指揮中心
1.受理屬於工商行政管理部門管轄的在購買、使用商品或者接受服務過程中侵犯消費者合法權益的投訴；2.受理對侵害消費者權益、制售假冒偽劣商品、不正當競爭、商業欺詐、虛假廣告、商標侵權和假冒偽劣等經濟違法行為的舉報；3、根據投訴信息的性質，及時向12315管轄的各級機構和內部相關職能部門傳達，並收集反饋意見；4.組織消費者投訴和舉報的現場調解，在處理突發緊急重大事件時提供指揮調度平臺；5.公布消費投訴熱點，發布消費警示，正確引導消費；6.負責投訴舉報信息的整理、分析、統計上報和儲備管理；7、有關社團組織、行業組織、市場主體對消費者權益保護工作的指導；8.提供工商行政管理法律、法規和規章的咨詢服務。(壹)貫徹執行國家有關方針、政策、法律、法規和規章，研究制定和參與制定與工商行政管理有關的地方性法規、規章和規範性文件，並組織實施。
(二)主管各類工商企業和申請公司經營活動的單位和個人。依法核準登記註冊單位的名稱，審批和發放相關許可證；監督檢查其登記行為。
(三)組織市場監管，監督檢查市場競爭，依法查處壟斷和不正當競爭案件，打擊流通領域走私和經濟違法行為。
(四)組織開展保護消費者合法權益工作，組織開展流通領域商品質量監督，組織查處市場管理和商標管理中侵害消費者合法權益、經銷摻假假冒產品的案件。
(五)組織各類市場的登記和監管，管理和規範市場經營秩序。組織和管理經紀人和經紀機構。
(六)組織管理商標工作，推薦參評省著名商標，查處商標侵權和假冒行為，保護註冊商標專用權。
(七)依法監督管理廣告經營活動，審查企事業單位廣告經營資格，查處廣告經營和廣告違法行為。
(八)組織合同管理，查處合同違法行為，組織管理動產抵押登記，組織監督拍賣和招標。
(九)指導個體勞動者協會、私營企業協會、廣告協會、商標協會、市場協會、合同協會、經紀人協會和消費者委員會的工作。
(十)組織實施本系統的信息網絡建設和辦公自動化，建立各類經濟實體和法律法規的電子數據庫，對網絡經濟和電子商務進行監督管理。
(十壹)負責系統機構、編制、人事、財務的統壹管理，按幹部管理權限管理工商行政管理系統領導班子。
(十二)組織開展本系統的思想政治工作、幹部崗位培訓、專業教育、職業道德教育和工商行政管理宣傳活動。
(十三)對本系統各級機關及其工作人員執行國家法律、行政法規和規章的情況進行監督檢查。
(十四)承辦上級工商局和當地政府交辦的其他工作。