根據工作職責，縣(區)局相應設置內設機構、直屬機構、派出機構和內設機構。
(1)內部機構
除勝利工業開發區國稅局外，其他縣(區)局內設機構10。區局內設機構為正廳級，縣局內設機構為正廳級。具體名稱如下:辦公室、政策法規科、收入核算科、納稅服務科(辦稅服務廳)、稅收征收管理科、稅源管理壹科、稅源管理二科、稅源管理三科、人員教育科、監察室，機關黨委辦公室單獨設立。
勝利工業開發區國家稅務局有7個內設機構，級別為科級。具體名稱如下:辦公室、政策法規處、收入核算處、納稅服務處(納稅服務處)、稅收征收管理處、人事教育處、監察室。其稅源管理職責並入征收管理科，機關黨委辦公室職責並入人事教育科。
1辦公室
制定本單位年度工作計劃和相關工作制度；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、文件、督查、信息、調研、信訪、保密、密碼等工作。；承辦面向社會的稅收宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科學研究和學術交流；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事項；管理本單位財務、政府采購、後勤等機關的行政事務；組織實施綜合行政管理信息系統；協助領導綜合協調相關工作；承辦領導交辦的其他工作。
2政策和法規科
負責貨物勞務稅、所得稅等稅種的稅收管理；管理增值稅專用發票；負責金稅工程相關稅務業務的管理、推廣應用、認證和稅務備案、數據采集和審計管理；負責相關稅種的納稅評估方法、日常審核和日常管理檢查；負責稅收協定執行、反避稅、外國居民稅收監管、信息交流、國際稅收管理合作等工作。；負責涉稅法律事務；負責組織稅收法律法規實施的日常管理監督檢查；承辦重大稅收案件的審理、行政處罰和聽證；負責稅務行政訴訟和行政復議；負責出口貨物退(免)稅相關業務申報的初審和審核，組織實施本地出口來源地稅收並負責對外回復；牽頭開展稅收征管和依法行政工作，擬定稅收征管和依法行政工作計劃，並組織實施；開展稅收政策研究，反饋稅收政策執行情況；開展WTO稅收調查和應訴工作；承辦領導交辦的其他工作。
3收入會計科
牽頭編制年度稅收計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用；承辦領導交辦的其他工作。
4 .辦稅服務區(辦稅服務廳)
負責組織、協調和指導本單位各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；負責組織實施納稅服務工作規範和操作規程；負責組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；負責組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；負責指導稅務糾紛調解工作；承擔安全管理體系的運行和管理；組織實施面向納稅人的稅法宣傳；組織實施納稅信用體系建設。
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購銷、金稅發售、納稅申報審核、咨詢輔導、受理減免稅申請及相關優惠政策；承辦領導交辦的其他工作。
5收藏管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；承擔稅收征管質量評估、風險管理和因素分析；承擔稅務登記、納稅申報、稅收征收、稅收資料管理、普通發票管理、稅控工具和稅收征管軟件的推廣應用；組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度；組織實施綜合納稅評估方法；承辦領導交辦的其他工作。
6稅源管理科
負責所轄稅源的監督管理，對所轄納稅人實施分類管理和納稅服務；負責所轄納稅人稅務登記和納稅申報的調查核實、稅源預測分析、重點稅源管理的跟蹤監控、稅務調查、日常檢查、戶籍管理、政策送達、定額核定、催辦、數據收集分析、納稅評估的組織實施、壹般違法行為的處理；承辦領導交辦的其他工作。
7人事教育科
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；組織實施稅務人才隊伍建設規劃並制定具體實施方案；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估；負責離退休幹部的服務和管理工作；負責機關和系統目標管理的考核；承辦領導交辦的其他工作。
8監督室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；組織協調本單位的黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對本單位工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和相關申訴；查處本單位工作人員的違法違紀案件和其他重要案件；開展執法監督和整改工作；承辦領導交辦的其他工作。
機關黨委辦公室
負責思想政治工作、精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；負責黨建、工會、* *團委、婦委會工作；承辦領導交辦的其他工作。級別與內設機構相同。
(2)縣局直屬事業單位
遼寧省新賓滿族自治縣國家稅務局、遼寧省清原滿族自治縣國家稅務局設立副廳級稽查局。
稽查局下設五個機構，分別是:辦公室、綜合選案股、稽查股、案件審理股、案件執行股，級別為副股級。舉報中心工作職責劃入綜合選案股，掛舉報中心牌子。
稽查局職責:組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查和稅收專項整治；辦理稅收違法案件的立案和查處事宜，提出審理意見。
內設機構職責參照市局下設稽查局的設置。
(3).代理
縣(區)局下設若幹稅務分局和稅務所。地區局設立的稅務分局、稅務所為正廳級；縣局設立的稅務分局是副科級，稅務所是股級。
(4).機構
縣(區)局應設立與內設機構同級的信息中心。
信息中心職責:承擔本單位信息化建設的技術支持和保障；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織本單位的信息安全管理和實施。