1.基於協議回購公司股份的法律風險。值得註意的是，在實踐中，有限責任公司的股東或公司與股東在壹定條件下經常約定由公司收回股權的問題，實際上是股權的內部轉讓。因為法律禁止股東抽逃出資，而部分投資人的出資是投機性的，其他股東只是因為資金不足才與之合作，有限責任公司的股東尤其需要信托的支持。因此，往往通過股東協議約定公司在壹定條件下退出部分股權，股東出資並未退出，而是在股東之間發生了變更，並不違反法律規定。針對上述問題，可以在公司章程中體現對股權內部轉讓的特別約定。壹方面，法律允許公司章程充分體現股東的意誌或利益，只要不違反法律的規定，就具有法律效力。另壹方面，公司章程的修改需要嚴格的程序，對股東權益的確認和保護起到了積極的作用。
2.依法回購公司股份的法律風險。值得註意的是，這僅指公司回購異議股東的股權，而這種回購是異議股東行使回購權的結果，是法律對少數股東權益的特殊保護。在法定條件下，公司必須收購相關股東的股權。所謂異議股東回購請求權，是指對股東大會決議投反對票的股東有權請求購買其股份，即撤回其股份，是對股份轉讓的特別救濟。對於高科技企業來說，如果異議股東回購了自己的股份，就意味著企業對中小股東的利益造成了損害。根本原因是股東權益得不到保障，不退出會造成更嚴重的損害。
根據法律規定，異議股東股份回購權的發生需要滿足以下條件:
(1)特別主體:在股東大會上對上述事項的決議投反對票的必須是股東，其他股東無權行使該權利，包括沒有參加股東大會，後來又表示要投反對票的。反對票必須以書面形式記錄，如股東大會紀要。
(2)回購的特殊前提可以概括為三種情況:利潤應分配而不分配、公司應解散而不解散、公司合並、分立或其主要財產轉移。可見，股份回購有嚴格的前置條件，不具備法人實體條件，不能主張回購權。
(3)程序性特征:持異議的股東應當在股東大會決議通過之日起60日內與公司達成收購協議，否則可以在股東大會決議通過之日起90日內提起訴訟。可見，異議股東可以提起股份回購訴訟，增加了股份回購的可能性。
股份有限公司股份回購中的法律風險
在實踐中，股份有限公司回購股份具有積極的經濟和法律意義。在股份回購中，公司以現金或以債務換股權或以優先股換普通股的方式回購其已發行的股份，這將導致公司股權結構的變化。因為公司股本縮水，原來大股東的控股地位得到了加強，其更重要的意義在於通過股本的減少來減少流通股數量，從而增加每股收益，降低其市盈率，導致股價上漲。即便如此，由於股份有限公司的股份是以股份的形式存在，具有很強的流動性，如果法律不限制股份有限公司購買股份，就可能導致公司違反資本充實原則的公司運行機制，侵害股東和債權人的利益，影響股票市場的交易。因此，《公司法》對股份有限公司收購本公司股份進行了限制。
該法主要對收購公司股份的特殊條件、回購數量、回購程序等作出具體規定，具體分析如下:
1.回購條件不具備的法律風險。根據法律規定，公司只有符合“為減少公司資本而註銷其股份或與持有其股份的其他公司合並，以其股份獎勵其員工，並對股東會作出的合並或分立決議提出異議”的條件，才能回購其股份。不具備條件的，要承擔相應的法律責任。
2.回購程序缺陷的法律風險。除股東對公司股東會的合並、分立決議有異議外，股份有限公司的股份回購必須通過股東會決議，否則，股份回購無效。同時必須明確，除作出相關決議外，以減資為目的或者應股東要求購買股份的，應當在法定期限內註銷股份，否則將承擔相應的法律責任。
3.回購數量限制的法律風險。法律並未對回購的金額做出強制性規定，但公司股東會應根據實際情況做出決議，必須考慮現金流和債務承受能力。但是，必須指出的是，法律中有壹項特殊的限制。如果是以給予員工股份獎勵為理由的回購，回購金額不得超過公司已發行股份總數的5%，且所購股份必須在壹年內轉讓給員工。
4.回購涉及內幕交易的法律風險。上市公司回購自己的股份，如果沒有相應的信息披露標準，很容易導致少數知情人利用內幕信息炒作股票，獲取非法利益，損害投資者利益。