直屬海關負責轄區內供港澳活禽養殖場的註冊登記、疫情監測、啟運地檢驗檢疫、發證和監督管理工作。
出境口岸海關負責供港澳活禽出境前的臨床檢查或復檢，以及對返航車輛、籠子衛生狀況的監管。第四條海關對供港澳活禽實行註冊登記和監管制度。第五條在中國大陸從事供港澳活禽生產、運輸、儲存的企業應當遵守本辦法。第二章註冊第六條供港澳活禽養殖場應當向所在地直屬海關申請檢驗檢疫註冊。以養殖場為單位進行登記，實行壹證制。每個註冊的農場使用壹個註冊號。
未經註冊的養殖場飼養的活禽不得供應港澳。第七條申請註冊的活禽養殖場必須符合下列條件:
(壹)3萬以上；
(二)符合港澳活禽養殖場動物衛生的基本要求。第八條申請註冊的活禽養殖場應當填寫《供港澳活禽檢驗檢疫註冊申請表》，並提供以下資料:
(壹)企業法人營業執照復印件；
(二)養殖場平面圖和彩色照片(包括養殖場全貌、大門、生產區出入口通道、養殖舍內外、更衣消毒間、飼料庫、獸醫室、病禽隔離間、死禽處理設施、糞便汙水處理設施和出入口隔離檢疫間)；
(三)動物防疫制度、飼養管理制度或全面質量保證(管理)手冊。第九條直轄市海關按照本辦法第七條、第八條的規定，對養殖場提供的材料進行審核、現場評估和抽樣檢驗。合格的，予以登記，並出具《中華人民共和國出入境檢驗檢疫出境動物養殖企業登記證》(以下簡稱登記證)；不合格，不予註冊。第十條登記證書自頒發之日起生效，有效期為5年。有效期屆滿後，繼續生產供港澳活禽的養殖場應當在有效期屆滿前6個月按照本辦法的規定重新申請。第十壹條直轄市海關對港澳註冊活禽養殖場實行年度檢驗制度。
逾期未申請年審，或者年審不合格且逾期未整改的，海關應當註銷其註冊登記，並吊銷其註冊登記證書。第十二條港澳活禽註冊養殖場變更場地、企業所有制和企業法人的，應當及時向直屬海關申請重新註冊或者辦理變更手續。第三章監督管理第十三條註冊養殖場應當有在海關註冊的獸醫負責養殖場活禽防疫和疾病控制管理，填寫《供港澳活禽註冊養殖場管理手冊》(以下簡稱《管理手冊》)，配合海關檢驗檢疫，並接受海關的監督管理。第十四條水禽、其他家禽和豬不得飼養在同壹個註冊種禽場。第十五條開展自養養殖的註冊養殖場，其健康管理水平不能低於本養殖場其他雞群的健康管理水平。
從非自養註冊養殖場引進的雛雞必須來自非疫區，並經過隔離檢疫，方可轉入育雛舍飼養。第十六條登記的養殖場必須保持良好的環境衛生，做好日常防疫和消毒工作，定期對養殖場、網箱等飼養用具進行消毒，定期殺滅老鼠、蚊子和蒼蠅。進出登記場的人員和車輛必須嚴格消毒。第十七條註冊養殖場的免疫程序必須報海關備案，必須嚴格按照規定程序進行免疫，並在管理手冊中填寫免疫信息。
嚴禁使用國家禁止使用的疫苗。第十八條註冊養殖場應當建立疫情報告制度。發生疫情或疑似疫情時，必須及時采取緊急防疫措施，並在12小時內向當地海關報告。第十九條主管海關應當定期對供港澳活禽養殖場進行疫情監測。發現重大疫情時，應當立即采取緊急防疫措施，並在12小時內向海關總署報告。第二十條海關對註冊養殖場實行監督管理制度，定期或者不定期對供港澳活禽註冊養殖場動物衛生防疫制度執行情況、動物健康狀況、飼料和藥物使用情況、獸醫工作情況進行檢查。第二十壹條註冊養殖場不得飼養或者存放國家禁止使用的藥物和動物生長促進劑。
對國家允許使用的藥物和動物生長促進劑，應遵守國家有關藥物使用的規定，特別是停藥期，並在管理手冊中填寫藥物和動物生長促進劑的名稱、種類、使用時間、劑量和給藥方式。
違反本條規定的，海關應當取消其註冊登記，並吊銷其註冊登記證書。