本條例所稱水利工程，是指農田灌溉工程、防洪(潮)排澇工程、供水工程、小水電工程和水利綜合利用工程。第三條縣級以上人民政府應當將水利工程的建設、運行、管理和維護納入本行政區域的國民經濟和社會發展規劃，加大公共財政對水利工程的投入，建立以公共財政投入為主的穩定增長機制，保障水利工程的安全和正常運行。第四條縣級以上人民政府應當采取多種形式，鼓勵和吸引社會資金參與水利建設，引導和組織農民集資投資建設、管理和維護農村小型水利工程，調動農民參與水利建設的積極性。第五條縣級以上人民政府水行政主管部門負責本行政區域內水利工程的監督、管理和指導。
縣級以上人民政府發展改革、工業和信息化、財政、國土資源、環境保護、住房城鄉建設(規劃)、交通運輸、農業、林業、衛生等行政主管部門按照各自職責負責水利工程管理工作。
縣級人民政府應當建立健全鄉鎮水利服務管理機構。第六條水行政主管部門應當加強對水利工程的技術服務，公開服務電話，完善服務措施，提高服務水平。第二章工程建設第七條新建、續建、改建、擴建、加固水利工程，應當符合流域綜合規劃、防洪規劃、生態保護規劃等相關規劃的要求，遵守基本建設程序和工程建設的有關規定。第八條水利建設項目應當實行項目法人責任制、招標投標制、工程監理制、合同管理制、工程質量終身責任制和其他依法應當實行的制度。第九條水利工程管理設施應當與主體工程同時建設；未按批復施工的，不得組織工程竣工驗收。第十條水利建設項目應當按照國家和自治區關於水利工程驗收的規定進行驗收。未經驗收或者驗收不合格的，不得交付使用。第十壹條水利工程法人將水利工程移交給水利工程管理單位時，應當同時移交工程權屬證書和全部檔案。第十二條水利工程管理範圍內的征地、拆遷、移民補償等費用應當納入工程建設預算。第十三條水利建築市場實行信用檔案制度。水行政主管部門應當建立施工、監理、設備供應、招標代理等單位的信用檔案，並進行動態管理。
信用檔案有不良記錄的，在國家和自治區規定的期限內，不得參與本自治區行政區域內水利工程的投標和施工。第三章工程運行管理第十四條水利工程應當遵循統壹管理和分級管理相結合的原則。
同壹鄉鎮受益的水利工程，除縣級以上人民政府水行政主管部門管理的以外，由鄉鎮人民政府管理。
惠及兩個以上行政區域的水利工程，由上壹級人民政府水行政主管部門或者該部門委托的單位管理。第十五條灌溉水利工程的幹渠、支渠由水利工程管理單位負責管理；鬥渠、農渠、毛渠由受益範圍內的村民委員會、村民小組或農民用水合作組織(用水戶協會)管理維護，並按照合同約定申請和協調農業灌溉用水，向用水戶收取水費，向灌區管理單位繳納水費。第十六條按照促進節約用水、減少農民水費支出、保障排灌工程良性運行的原則，自治區實施農業水價綜合改革，農業排灌工程運行管理費用由財政給予適當補助。
公益性水利工程和準公益性水利工程的公益性部分不得從事經營活動。對經營性水利工程，應當按照成本補償、合理收益、節約用水、公平負擔的原則核定供水價格，對農業用水和非農業用水區別對待，分類定價。第十七條水利工程管理單位應當按照有關規定配備相應的專業技術人員。第十八條公益性水利工程和準公益性水利工程的管理、養護、維修和更新改造經費由同級人民政府負責管理的水行政主管部門按照國家有關規定納入財政預算。
經營性水利工程的管理、養護、維修和更新改造資金主要由工程所有者和經營者承擔。第十九條水利工程實行安全運行責任制。
縣級以上人民政府按照水利工程管理權限，對水利工程的安全運行負領導責任。
縣級以上人民政府水行政主管部門按照水利工程管理權限負責水利工程的安全運行。
水利工程管理單位和水利工程所有者、經營者對所管理、經營的水利工程的安全運行負有直接責任。