廣州港務局港口管理部門具體負責專用碼頭的行業監督管理，對專用碼頭的業務工作進行指導，並提供貨運管理、業務費率、裝卸技術、人員培訓等咨詢服務。，並有權對專用碼頭的裝卸、倉儲、安全生產、貨運管理和運營情況進行檢查和監督。
公安、邊防、港口、海關、工商、稅務、檢疫、海事安全監督、水利、城市規劃等部門應按各自職責協助做好專用港口碼頭的管理工作。第四條廣州港區域範圍:根據國家劃定的口岸邊界和原廣州港、黃埔港的實際經營管理範圍。第二章專用碼頭管理第五條專用碼頭分為三類:
(壹)從事本單位生產所需原材料和產品裝卸，無費用結算的非經營性碼頭；
(2)完成本單位生產任務後對外提供服務的半商業碼頭；
(三)為社會提供服務的商業碼頭。第六條。所有非營業性專用碼頭均應在港口行政管理部門登記註冊並接受管理。碼頭屬半經營性和經營性專用的，應當經其上級主管部門同意後，向港口行政管理部門提出申請，經審查同意後，發給碼頭經營許可證，憑許可證到工商行政管理部門辦理登記手續。
專用碼頭擴建或變更時，應按規定辦理變更手續；物業所有權或經營權發生變更的，應通過法定程序辦理變更登記手續後，報香港政府部門備案。第七條外國投資者共同投資、合作或者經營專用碼頭的，應當報香港行政管理部門審批，並將有關材料報香港行政管理部門備案。第八條專用碼頭的貨運經營活動必須遵守國家法律、法規、規章和有關裝卸、運輸、倉儲、安全等操作規程，並接受有關部門的監督管理。
凡從事特種貨物或危險貨物裝卸、儲存的，應向有關部門辦理許可手續。第九條未經批準對外開放的專用碼頭不得從事外貿船舶裝卸業務。需要對外開放的，應當經港口行政管理部門審查簽署意見，並報港務局審批。獲準開業的專用碼頭應當每天向港口行政管理部門報告在港外貿船舶動態。第十條經營性專用碼頭應當優先承擔廣州市人民政府下達的疏港任務。第十壹條專用碼頭應當按期向港口行政管理部門報送《企業(單位)專用碼頭經營情況月報表》。第三章收費票據管理第十二條在商業、半商業專用碼頭辦理貨物驗收、托運手續時，應當使用國家統壹規定的加蓋廣州港務局專用章的水路貨物運單和票據，無此類貨物運單和票據不得進行裝卸作業。第十三條商業和半商業專用碼頭的結算費用，按照國家規定的費率標準收取。其他主管部門的費率標準如有波動，應先征求港口行政管理部門的意見，並報物價部門批準後執行。第十四條商業和半商業專用碼頭必須按照國家有關規定向客戶收取貨物港口費和港口建設費。第十五條營業、半營業專用碼頭費用結算，必須使用經稅務機關批準印制的《廣州港專用碼頭統壹發票》。第十六條商業、半商業和非商業專用碼頭應當按照規定向港口行政管理部門繳納管理費，具體收費標準按照有關規定執行。第四章處罰第十七條違反本辦法的專用碼頭，由廣州港務局或有關主管部門按下列規定進行處罰:
(壹)違反本辦法第六條規定，未取得《碼頭經營許可證》的，沒收非法所得，照章繳納各項稅費，並可處以500元至2000元罰款。
(二)違反本辦法第十三條規定，不按規定標準收費的，按國家和地方政府價格管理的有關規定處理；屢犯者，處以停業整頓，直至吊銷碼頭經營許可證。
(三)違反本辦法第十四條、第十六條規定，未按期繳納港口貨物費、港口建設費和專用碼頭管理費的，每逾期壹天，加收千分之壹的滯納金；逾期十五天仍不繳納的，除責令追回外，並處以應繳納金額壹倍的罰款，直至吊銷碼頭經營許可證。
(四)違反本辦法第十五條規定，不使用《廣州港碼頭統壹發票》的，按國家稅法的有關規定處理。
(五)違反本辦法第十二條規定，不使用《水路貨物運單》和《運單》的，除責令限期改正外，處以100元至500元罰款；屢犯者將被處以500元至1000元的罰款，直至吊銷碼頭經營許可證。