南沙新區的範圍按照《廣州南沙新區發展規劃》的規定確定。第三條南沙新區的戰略定位是建設粵港澳高品質生活圈、新型城鎮化樣板、生產性服務業引領的現代產業新高地、具有世界先進水平的綜合服務樞紐和社會管理服務創新試驗區，建設粵港澳全面合作示範區。第四條南沙新區按照以人為本、高端發展、改革創新的原則建設發展，在經濟體制、文化體制、行政體制、社會體制、生態文明體制等方面先行先試，加快形成制度優勢。第五條市人民政府應當加強對南沙新區開發建設的領導和統籌協調，促進南沙新區科學發展。
市人民政府應當定期向市人大常委會報告南沙新區的建設和發展情況。第六條市人民政府設立的南沙新區管理機構負責南沙新區的規劃、建設、管理和服務，並組織實施本條例。第七條市人民政府應當在重大產業項目布局、基礎設施建設、生態環境保護、公共服務和相關專項資金等方面優先支持南沙新區。第八條市人民政府各行政管理部門應當根據各自職責，推進南沙新區的建設和發展，相關區人民政府應當予以協助。
涉及南沙新區建設開發的事項，需要由市人民政府行政主管部門按照規定報省級以上人民政府行政主管部門審批的，市人民政府行政主管部門應當優先審批；市人民政府行政主管部門應當為南沙新區管理機構的省級以上人民政府行政主管部門審批提供便利和支持。第九條本市制定的地方性法規不適合南沙新區發展的，市人民政府可以提請市人民代表大會或者其常務委員會作出其在南沙新區適用的決定或者修改有關地方性法規。
市人民政府和南沙新區管理機構應當通過制定規範性文件，支持和推動南沙新區試點工作。第二章管理和服務第十條南沙新區管理機構在南沙新區行使市人民政府相應的管理職權，依法履行下列職責:
(壹)根據南沙新區建設發展的需要，制定相關文件；
(二)根據工作職能需要，按照協調、精簡、高效的原則，設置和調整相應的工作機構；
(三)組織南沙新區總體規劃的編制和實施，審批控制性詳細規劃；
(四)編制南沙新區土地利用總體規劃，依法實施南沙新區土地利用管理；
(五)管理發展改革、經濟貿易、科技和信息化、財政、人力資源和社會保障、土地、房管、環境保護、建設、審計、國有資產監管、規劃、統計、工商、教育、衛生、民政、知識產權、旅遊、農林園林、水務等工作。南沙新區；
(六)法律法規規定的其他職責。
南沙新區管理機構根據國務院及其行政主管部門、省人民政府及其行政主管部門的決定，行使委托、下放或者以其他方式移交給南沙新區管理機構的行政權力。
市人民政府應當在本條例施行之日起壹年內，制定南沙新區管理機構行使的市級審批權限和執法權限目錄，明確南沙新區管理機構的其他具體行政職責、公共服務範圍和市人民政府有關行政部門在南沙新區的職責，並向社會公布。南沙新區管理機構行使的市級審批權和執法權原則上不得收回。第十壹條南沙新區管理機構應當依托人民政府實施行政管理和社會治理，探索和實施適合南沙新區綜合發展的治理模式。第十二條南沙新區管理機構辦理行政審批事項實行壹站式受理、集中審批、限時辦結、跟蹤服務等制度。
南沙新區管理機構要進壹步簡化審批流程，縮短審批周期，提高管理效率和服務水平，建立廉潔高效、務實便民的行政運行機制。第十三條南沙新區應當建立南沙新區重大事項決策咨詢機制，設立決策咨詢委員會。決策咨詢委員會的組成、工作程序和工作方法由南沙新區管理機構制定，並向社會公布。
南沙新區城鄉規劃的編制、重點工程項目的確定、大型項目的引進等重大事項，以及其他對南沙新區發展或者生態環境有重大影響的事項，應當在決策咨詢委員會中由相關領域的專家進行論證後再作決定。