本條例所稱基本農田保護區，是指各級人民政府劃定的對基本農田進行特殊保護的區域。第三條基本農田保護應當堅持全面規劃、合理利用、用養結合、嚴格管理的原則。第四條各級人民政府應當將基本農田保護納入國民經濟和社會發展規劃，作為同級人民政府目標管理和政府領導任期責任制的重要內容，逐級簽訂基本農田保護責任書，由上壹級人民政府監督實施。第五條縣級以上人民政府土地行政主管部門、農業行政主管部門按照職責分工，負責本行政區域內的基本農田保護管理工作。第六條任何單位和個人都有保護基本農田的義務，並有權檢舉和控告侵占、破壞基本農田等違反本條例的行為。第二章保護區的劃定第七條基本農田保護區的劃定應當根據當地自然和社會經濟條件，合理布局，相對集中，以土地利用總體規劃為依據，並與城市規劃、鎮規劃相協調。第八條基本農田保護區主要包括下列耕地:
(壹)經縣級以上人民政府批準的糧油煙草生產基地和名、特、優、稀、新農產品生產基地；
(二)蔬菜生產基地；
(三)高產穩產耕地，水利和水土保持設施良好的耕地，已經治理、改造和正在改造的中低產田；
(四)農業科研、教學和農業技術推廣部門的實驗場所；
(5)良種繁育基地。
城市規劃區內的耕地應當納入基本農田保護區，但近期城市建設和發展規劃用地除外。第九條縣級以上人民政府土地行政主管部門應當會同同級農業行政主管部門和其他有關部門，根據上壹級人民政府的基本農田保護區規劃和耕地保護指標，編制本行政區域內的基本農田保護區規劃，經同級人民政府審核，報上壹級人民政府批準後實施。審批機關應當將批準文件抄送省人民政府土地行政主管部門備案。
經批準的基本農田保護區規劃不得擅自變更，確需調整的，必須經原審批機關批準。第十條基本農田保護區規劃經批準後，由縣級人民政府土地行政主管部門會同同級農業行政主管部門和鄉(鎮)人民政府進行區劃和劃定工作。第十壹條劃定的基本農田保護區，由縣級人民政府設立保護標誌，予以公告；檔案由縣級人民政府土地行政主管部門建立，並抄送同級農業行政主管部門。第十二條劃定基本農田保護區所需資金由土地行政主管部門提出，經同級財政部門審核，報同級人民政府批準。第三章保護和管理第十三條基本農田保護區內的耕地禁止下列行為:
(壹)建房、建廠、建窯、建墳、采礦、采石、挖沙、取土、挖魚塘、種植多年生果樹；
(二)未經國務院或省人民政府批準，將基本農田用於開發區建設的；
(三)排放汙染物、堆放固體廢棄物；
(四)其他破壞基本農田的行為。第十四條基本農田保護區內已經建成的磚窯等非農業建設設施，按照規劃要求，限期搬遷或者拆除，恢復耕種。第十五條使用基本農田進行農業生產的單位和個人，必須保護農田水利設施，改善灌溉條件，防止水土流失，不斷改良耕地，提高耕地質量。第十六條基本農田保護區壹經劃定，任何單位和個人不得擅自變更。
城市規劃和鄉村建設規劃應當嚴格控制占用基本農田。
交通、能源、水利等重點建設項目確需占用基本農田保護區耕地的，建設單位必須持國家批準建設項目的有關文件，先向縣級以上人民政府土地行政主管部門提出申請，經同級農業行政主管部門簽署意見。省級人民政府土地行政主管部門核發《占用基本農田許可證》後，可以按《中華人民共和國土地和土地管理法》和國務院《基本農田保護條例》執行。第十七條用地單位或者個人除按照《中華人民共和國土地管理法》和有關法律法規繳納稅費外，還應當負責開墾與耕地數量、質量相當的耕地，並按照下列標準繳納耕地開墾費:
(壹)征用壹級基本農田的，應繳納耕地開墾費總額的兩倍；
(二)征用二級基本農田的，應繳納征地費總額壹倍的耕地開墾費。
因非農業建設需要，臨時使用基本農田造成嚴重破壞的，按年產值征收土地復墾費。
國家興辦的交通、能源、水利、國防、軍工等大中型建設項目，經省人民政府批準，可以免征土地復墾費。