食用農產品是食品安全的源頭，因此農藥的管理對保證食品安全至關重要。關於農藥管理，新《食品安全法》明確要求嚴格監管農藥使用，加快淘汰劇毒、高毒、高殘留農藥，推進替代產品的研究和應用，鼓勵使用高效、低毒、低殘留農藥，特別強調水果、蔬菜、茶葉、中藥材等國家規定的農作物不得使用劇毒、高毒農藥。，並增加了壹個重刑，即非法使用劇毒、高毒農藥的，由公安機關予以拘留處罰。
據了解，其實早在2000年，《南京市蔬菜農藥使用管理規定》就要求使用高效、低毒、低殘留的農藥。2003年，南京市政府列出了42種高毒高殘留農藥，全部禁止在南京銷售和使用。也就是說，當時南京禁止在蔬菜水果上使用劇毒和高毒農藥。隨後，這份“黑名單”逐漸擴大到46種。據江蘇省農科院介紹，江蘇對農藥管理壹直非常嚴格，江蘇生產的蔬菜水果壹直使用低毒農藥，可以放心食用。
餐飲服務方面，新《食品安全法》要求，餐具、飲具集中消毒服務單位應當對消毒後的餐具、飲具逐批進行檢驗，檢驗合格後方可出廠，並應當附有消毒合格證。消毒後的餐具、飲具應當在獨立包裝上標明本單位的名稱、地址、聯系方式、消毒日期和服務期限。
對於現在異常火熱的網絡購物，新《食品安全法》還規定，網絡食品交易第三方平臺提供者應當對網絡食品經營者進行實名登記，明確其食品安全管理責任；依法應當取得許可的，也應當對許可進行審查。網絡食品交易第三方平臺提供者發現網絡食品經營者有違反本法規定的行為，應當及時制止，並立即向縣級地方人民政府食品藥品監督管理部門報告；發現嚴重違法行為的，應當立即停止提供網絡交易平臺服務。
在特殊食品監管方面，新《食品安全法》要求保健食品的標簽、說明書不得涉及疾病預防、治療功能，內容應當真實，與註冊或者備案的內容壹致，標明適宜人群、不適宜人群、功能性成分或者標誌性成分及其含量，並註明“本品不能代替藥品”。保健食品的功能和成分應當與標簽和說明書壹致。
關於嬰幼兒配方食品，新《食品安全法》明確規定，嬰幼兒配方食品生產企業應當實施從原料進廠到成品出廠的全過程質量控制，對出廠的嬰幼兒配方食品進行逐批檢驗，確保食品安全。
生產嬰幼兒配方食品使用的原料乳、輔料等食品原料和食品添加劑，應當符合法律、行政法規和食品安全國家標準的規定，保證嬰幼兒生長發育所需的營養成分。嬰幼兒配方食品生產企業應當將食品原料、食品添加劑、產品配方和標簽向省、自治區、直轄市人民政府食品藥品監督管理部門備案。
大幅提高行政罰款額度
之所以被稱為“史上最嚴食品安全法”，不僅處罰內容更加廣泛，行政罰款數額也大大提高。比如2009年實施的《食品安全法》規定最高罰款可以是貨值金額的10倍，但是新的《食品安全法》規定最高罰款可以是貨值金額的30倍，處罰幅度大大提高。
針對屢罰屢犯而不改正的問題，新《食品安全法》要求，食品藥品監管部門對壹年內違法三次受到罰款、警告等行政處罰的食品生產經營者，給予責令停產停業直至吊銷許可證的處罰。
此外，新《食品安全法》還加強了民事法律責任的追究:
為保護消費者權益，要求食品生產經營者在接到消費者的賠償請求後，應當實行首責負責制，先行賠付，不得推諉；為完善懲罰性賠償制度，在現行《食品安全法》中10倍價款的懲罰性賠償基礎上，增加了消費者可以要求支付三倍賠償金的懲罰性賠償。
有專家認為，食品安全法的修訂，無論是制度還是體制，與其他法律的銜接，以及具體操作上，都還存在較大問題，特別是審批過多，缺乏有效的事後監管手段；政府監管部門多，內容多，但社會治理內容和手段少；出了問題，處罰多，問責多，科學分析少，持續改進提高質量水平少；控制和幹預的思路很多，預防和防範的內容很少。這次《食品安全法》的修改已經塵埃落定，這意味著有關體制、制度、法律銜接的問題必須留待以後解決。