國家稅務局系統的組織機構設置為四級，即中華人民共和國國家稅務局、省(自治區、直轄市)國家稅務局、地(市、州、盟)國家稅務局和縣(市、旗)國家稅務局。截至2005年底，全國稅務系統從業人員74.7萬人，其中國稅系統40萬人。
中華人民共和國國家稅務總局對全國稅務系統實行垂直管理，配合省人民政府對省地方稅務局實行雙重領導。
中華人民共和國國家稅務總局13內設機構(正廳級):
(1)綜合辦公室
負責文電、機要、會議、檔案、信訪、保密和安全工作；承辦稅收宣傳、政務公開和新聞發布工作；管理機關的財務和其他行政事務。
(二)政策法規司
起草稅收法律法規草案、部門規章和規範性文件；研究並提出稅制改革的建議；制定稅務業務規章制度；研究和承擔與世貿組織有關的稅務事項；承辦重大稅收案件的審理和行政處罰；承擔本機關相關規範性文件的合法性審核；承辦稅務行政復議和行政訴訟。
(3)商品和服務稅司
組織實施增值稅、消費稅、營業稅、車輛購置稅(海關代征除外)的征收管理，組織實施出口退稅管理。
(4)所得稅部門
組織實施企業所得稅、個人所得稅和法律法規規定的基金(費)的征收管理。
(5)財產和行為稅劃分
組織實施財產和行為稅、教育費附加等稅收業務管理，指導財產和行為稅、教育費附加的征管。
(6)國際稅務部
研究制定國家(地區)間反避稅措施，組織實施反避稅調查；參與國家(地區)間稅收協定和協議的談判，承擔相關協定和協議的草簽和執行；承辦國際機構和國家(地區)間稅務機關的合作交流業務；管理總局機關和全國稅務系統的外事工作。
(7)收入計劃與會計部
編制長期稅收收入規劃，編制年度稅收任務和出口退稅指標；參與起草稅收征管和退稅制度，監督檢查稅收的繳納和退稅情況；承擔稅收分析預測和重點稅源監控管理工作；擬訂稅收籌劃、稅務會計、統計等相關制度；管理稅務數據；組織實施稅收統計。
(8)納稅服務部門
組織實施納稅服務體系建設；制定納稅服務工作規範和操作流程；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；組織實施納稅信用體系建設；指導稅務糾紛的調解；起草註冊稅務師管理政策並監督執行。
(9)征管與科技發展司(大型企業稅務管理司)
起草稅收綜合征管規範性文件；制定稅收征管的長遠規劃和綜合計劃；管理稅務發票和票證；制定並組織實施稅收管理信息化總體規劃和實施方案，承擔稅收管理信息化建設中業務需求整合和流程優化的綜合管理工作；為大型企業提供納稅服務，監控和管理稅源，進行納稅評估，組織反避稅調查和審計；指導海洋石油稅收業務。
(10)檢驗局
起草稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件草案；辦理重大稅務案件的立案和查處事宜，提出處理意見；指導和協調稅務系統的稽查工作。
(11)財務管理司
擬訂全國稅務系統財務和基建管理辦法；管理國稅系統的資金、財務、設備和固定資產；審核和編制國稅系統的財務預決算；處理各種資金的籌集和分配。
(12)監督和內部審計部門
組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查；承擔國稅系統財務、基建、大宗貨物采購和領導幹部經濟責任審計。
(十三)人事部門
擬定全國稅務系統人事制度並組織實施；管理國稅系統人事和機構編制，提出省地方稅務局局長任免意見；組織實施稅務系統思想政治工作和精神文明建設。