小型船舶應當懸掛港口主管部門會同海關規定的旗幟和燈光。第二條小型船舶應當進出設有海關的口岸，上下旅客，裝卸貨物，但根據本辦法第二十八條規定經特許可以從免驗地出口貨物的除外。船舶在進口、出口和停泊港口期間，應當接受海關監管。
小型船舶，除經海關許可者外，應配備倉庫密封設備。第三條小型船舶在往返香港、澳門途中，不得牽引內河運輸船舶或者在未經海關許可的地點停靠。因不可抗力，中途停留在未封關地點的，船長應當將停留的原因、時間和地點書面報告到達地或者途經地海關。第四條來往於內河港口和香港、澳門之間的小型船舶必須停靠監管站，接受海關檢查。第五條口岸(航)主管部門或者有關部門應當將進口小型船舶到達監管站和口岸的時間以及在口岸上下旅客和裝卸貨物的時間、地點提前通知海關。第六條港口小型船舶的停泊地點和上下旅客、裝卸貨物的區域，由海關和港務(航)部門共同規定。第七條小型船舶在海關查驗完畢和海關放行出口前，未經海關許可，不得在水上相互靠近。在船舶上裝卸旅客和貨物時，除運送旅客、貨物和人員的水上車輛外，其他水上車輛不得相互靠近。第八條海關查驗船舶時，船長應當派員到場，需要開啟船舶可能裝載走私貨物的部位的，船長應當立即開啟；發現藏匿走私貨物的專用設備，船長應當根據海關的決定予以拆除。海關檢查船員房間和行李時，應當有船員或者其代表在場。如需打開放置物品的地方或打開行李、包裹，應負責處理。第九條小型船舶應當按照海關規定辦理手續，並在海關監管下裝卸行李、貨物、船用燃料、物料、燃油、物料和國際郵袋。第十條海關履行監管職責時，港務(航)機構應當免費提供必要的辦公場所和水上交通工具。第二章小型船舶的接受第十壹條小型船舶進口後，在海關檢查完畢之前，除檢查人員外，任何人不得擅自上下。第十二條海關接受小型船舶時，船長應當向值班海關關員提交下列文件(不通過監管站的小型船舶只提交(壹)、(三)兩種文件中的壹種):
(壹)小型船舶進口報告兩份；
(二)進口艙單壹式兩份(無貨時免費)；
(3)旅客艙單兩份(不需要旅客)；
(4)航行簽證簿(海關簽證後交還船長)。
海關認為必要時，可以收集或者查驗其他單證。第十三條《小型船舶進(出)口報告》(附表格1)應按所列項目詳細填寫並由船長簽字。第十四條小型船舶在港澳地區裝配機器零部件或者采購船用燃料、物料時，應當按照規定提交相關證書、單據、發票，海關(或者監管站)按照有關規定辦理。第十五條通過監管站進口的小型船舶，船長在到達口岸時，應當向口岸海關提交監管站上交的航行簽證簿和海關印章。第十六條船長和船員存放在船上和進口的外幣由船長集中保管，並由海關核點加封(通過監管站進口的船舶由監管站加封)。出口時裝載海關加封的人民幣儲備資金的小型船舶，由船長提交海關(或監管站)查驗，由海關啟封。
對於不通過監管站出口的小型船舶，在國內沿海航行期間使用人民幣備用金的，船長應向海關(或監管站)書面報告使用原因和數量。第三章貨物的裝卸和裝運第十七條海關驗船並核實船長提交的單證無誤後，口頭批準卸貨。進口貨物除船邊交貨外，船長憑海關簽章的提單交付給貨主，並根據艙單卸入海關認可的倉庫。第十八條出口貨物，船長應當憑海關簽發的提單裝貨。第十九條小型船舶裝卸貨物時，應當根據裝貨清單或者進口艙單區分每批貨物的件數。如發現計算的件數有誤或未按本條規定辦理，船長應根據海關的指示，立即與有關交接單位核對無誤。第二十條小型船舶裝卸貨物時，如發現退關、少卸或未列入艙單的貨物，船長應在進出口艙單上註明情況，海關按有關規定處理。