省和三亞市人民政府有關部門應當按照職責分工做好科技城的建設和發展工作。
三亞市崖州區人民政府及其相關部門負責行使科技城的社會管理職能，具體範圍由三亞市人民政府規定。第六條三亞市人民政府依法設立科技城管理機構。管理機構是在科技城履行相應行政管理和公共服務職責的法人機構，具體負責科技城的綜合協調、開發建設、運營管理、招商引資、產業發展、制度創新、招商引資、企業服務等工作，並根據授權或委托行使相應的行政審批權和行政處罰權。第七條科技城管理機構按照精簡高效的原則，在按照有關規定確定的工資總額範圍內，實行企業化、市場化的用人機制和薪酬制度，自主決定機構設置、崗位設置、人員聘用、薪酬標準等。，但按照有關規定任命的除外。
科技城管理機構的負責人、高級管理人員和其他工作人員可從境外選聘。第八條科技城管理機構可以依法設立或者引進開發經營企業，委托企業負責科技城土地開發、基礎設施、產業投資、招商引資和公共服務設施的建設和運營，參與科技城管理服務的組織實施。
根據三亞市人民政府授權，科技城管理機構對所出資企業履行出資人職責，依法享有資產收益、參與重大決策、選擇管理者等出資人權利。第九條省、三亞市人民政府及其有關部門應當將相關管理權限委托或者委托科技城管理機構依法行使。
不宜下放或委托行使管理權限的，省和三亞市人民政府及其有關部門可以按照規定在科技城設立機構。
省和三亞市人民政府有關部門、科技城管理機構、駐市機構應當明確在科技城的管理權限，依法編制權力清單、責任清單，經批準後向社會公布。第十條科技城管理機構建立科技城行業治理機制，建設科技城行業治理、社會參與和咨詢討論的公共平臺。第十壹條三亞市應當在科技城建立廉政監督機制，依法對科技城的開發建設、經營管理活動進行廉政監督。第三章開發建設第十二條三亞市人民政府可以在省人民政府規劃部門的指導下，依照法定程序對科技城總體規劃進行部分調整，並報省人民政府備案。
科技城管理機構負責根據科技城總體規劃組織編制科技城控制性詳細規劃和產業發展規劃，經批準後實施。
科技城周邊地區的相關規劃應當與科技城控制性詳細規劃和產業發展規劃相銜接。第十三條科技城開發建設應當嚴格遵守資源利用上限、環境質量底線和生態保護紅線，嚴格落實生態環境保護制度，加強生態修復和環境改善，嚴格出入境環境安全準入管理，堅持綠色發展。
科技城的開發建設應當保護自然景觀格局和歷史文化資源，體現自然、傳統和現代相融合的城市特色。第十四條科技城應當加強路網、電網、光網、氣網、水網等基礎設施和生產生活配套服務的統籌規劃和同步建設，推進產城融合、港城融合、城鄉融合、農旅融合。
三亞市人民政府應當統籌科技城及周邊地區基礎設施、公共服務設施和其他配套設施的建設和管理，促進區域壹體化布局和協調發展。第十五條三亞市人民政府可以授權科技城管理機構負責科技城範圍內土地的監督、管理和開發，但征地除外。
科技城管理機構可以根據授權進行土地儲備，可以通過租賃、臨時使用等方式利用科技城範圍內未供應的政府儲備土地，但不得影響土地的正常供應。