(1)辦公室
制定機關年度工作計劃、相關工作制度和長遠發展規劃；起草和審核重要文稿；負責文電、機要、會議、檔案、督查、信訪、保密、密碼等工作；承辦稅務宣傳、新聞發布、政務公開和政府信息公開工作；承擔網站的運行和維護；組織稅收科研、學術交流和科研成果的鑒定、評選、推廣和獎勵；管理機關的財務工作；負責局機關目標管理考核和監督；組織實施綜合行政管理信息系統；辦理NPC代表和CPPCC委員建議的有關事項；協助領導綜合協調相關工作。
(2)政策法規科
承辦重大稅務案件的審理；辦理行政復議、賠償案件和行政訴訟案件；組織對稅收法律法規、部門規章和規範性文件實施情況的監督檢查，承擔稅收執法質量評估；配合財政、審計等部門對稅務部門的稅收政策進行監督和審計。負責流轉稅、所得稅等稅種的稅務管理業務；管理增值稅專用發票；負責金稅工程的管理、推廣應用、認證和稅務備案、數據采集和審計管理。
(3)收益會計部分
編制年度稅收計劃和免稅及轉庫計劃；監督檢查納稅和退稅情況；開展稅收分析預測、稅收能力測算、重點稅源監控和企業稅收數據調查；承擔稅務會計、統計核算、稅收票證管理等相關工作；承擔稅收數據的綜合管理和應用；負責管理延期納稅，壞賬稅和死亡稅的註銷。
(4)納稅服務科
組織、協調、指導機關各部門、各稅種、各環節的納稅服務工作；組織實施納稅服務工作規範和操作規程；組織實施保護納稅人權益的規章制度和規範性文件；組織協調實施納稅輔導、咨詢服務、稅收法律救濟等工作，受理納稅人投訴；指導稅務糾紛的調解；承擔12366熱線、網站納稅服務專欄、短信系統的運行管理；負責稅務代理工作的監督、管理、指導和協調。
(5)收款管理科
組織實施綜合稅收征管法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體操作辦法；承擔稅收征管質量評估、風險管理和因素分析；代辦稅務登記、納稅申報、普通發票管理、稅收征管軟件應用、稅控裝置推廣應用、納稅信用評價、代扣代繳稅款；組織實施個體和集貿市場稅收征管、稅收管理員制度。
(6)人事教育科
組織實施幹部人事管理制度；承辦機構設置、幹部任免、人事調配、勞動工資、人事檔案、公務員管理、專業技術職務管理等人事工作；監督檢查幹部人事規章制度的執行情況；管理機關的外事工作；組織實施精神文明建設、稅收文化建設和基層建設；制定並組織實施人才培養、學歷教育工作規劃和年度計劃，開展培養質量考核和評估；執行上級檢查的相關工作；承擔離退休幹部的服務和管理工作。
(7)監理辦公室
組織實施紀律檢查和行政監察制度，制定具體實施辦法；組織協調本系統黨風廉政建設和反腐敗工作；受理對國家工作人員違法違紀行為的舉報、投訴和有關申訴；查處國家工作人員違法違紀案件和其他重大案件；開展執法監督和整改工作；牽頭維護ISO9000體系文件和質量檢驗文件；組織全局“兩級質檢”工作。
(8)稅源管理壹科
負責流轉稅、所得稅等稅種的納稅評估、日常審計和日常管理檢查；負責轄區內增值稅壹般納稅人和所得稅重點企業的具體納稅評估和上級部署的重點評估企業的納稅評估；牽頭組織開展行業、區域或重點稅源的專項納稅評估；推廣應用評估軟件，及時報送納稅評估案例及相關材料。
(9)稅源管理二科(辦稅服務廳)
負責所轄納稅人的監控、管理和服務，具體負責所轄納稅人稅務登記和納稅申報的調查核實、稅源預測分析、重點稅源管理的跟蹤監控、納稅宣傳、納稅輔導、納稅調查、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催辦、數據采集分析、壹般違法行為處理。
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購售、稅法(宣傳)公告、金稅發售、開具、發票代開、納稅申報審核、咨詢輔導、受理納稅人涉稅項目審批申請等。
稅源管理二科庫房參照稅務分局設置；下屬辦稅服務廳對外服務名稱統壹為“杭州市余杭區國家稅務局辦稅服務廳”。
(十)稅源管理第三節
負責國家進出口稅收政策和管理措施的執行和日常監督檢查，負責出口貨物退(免)稅的審核確認，負責出口貨物退(免)稅信息管理系統的推廣、應用和維護，編制出口退(免)稅計劃。
(十壹)稅源管理四部
承擔大型企業和重點稅源企業的納稅服務指導；負責指導大型企業和重點稅源企業的稅源管理、納稅評估和日常檢查；牽頭指導匯總(合並)納稅企業的日常稅務檢查。貫徹國家涉外稅收法律法規，配合有關部門組織實施反避稅檢查，負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務稽查、外籍居民稅收監管、信息交流、國際稅收管理合作等工作。；負責指導所轄外商投資企業和外國企業的稅源管理，組織實施特別納稅調整。
此外，根據規定，設立機關黨委辦公室(以下簡稱“機關黨辦”)。
負責機關和派出機構的黨群工作；承擔機關的思想政治工作；承擔入黨積極分子和黨員發展的教育、培訓和考察工作。檢驗局
組織實施稅務檢查法律法規、部門規章和規範性文件，制定具體實施辦法；組織協調稅收違法案件的調查、審理和執行；受理稅收違法案件的舉報；協調公安、檢察、審判機關辦理稅務檢查；承擔金稅工程發票調查工作；牽頭組織稅收專項檢查。
根據《浙江省國家稅務局規範審計機構設置和職責分工方案》(浙國稅發〔2008〕77號)，稽查局設5個內設機構，級別為副科級，分別為:綜合科、綜合選案科、稽查科、案件審理科、案件執行科。
1，綜合部
負責檢驗局的綜合文件；負責稅務檢查數據的統計、分析和上報；負責檢驗業務培訓；負責文件處理、後勤保障、物業管理、衛生管理、車輛管理、安全保衛、臨時人員、離退休幹部管理等。；負責組織實施“兩級質量檢查”；承辦領導交辦的其他工作。
2.綜合案例選擇部分
負責涉稅報表的管理；根據群眾舉報、相關部門轉辦、上級交辦、信息交流等信息確定督查對象；根據上級和本級稅務檢查工作計劃，采用人機結合的方式選擇和確定檢查對象。
3、檢驗部門
根據稽查工作計劃，負責直接查處涉稅違法案件；負責查處稅收違法案件；負責調查函件的承辦和管理；負責計算機調查；負責查處稅收違法案件；承辦領導交辦的其他工作。
4.案件審理科
負責稅收違法案件的審理和稅務行政處罰案件的審理；負責對移送本局案件審查委員會的涉稅違法案件進行初步審查；承辦領導交辦的其他工作。
5.案件執行組
負責檢查案件的執行；負責與公安、檢察、審判機關協調稅務稽查司法工作；承辦領導交辦的其他工作。杭州市余杭區國稅局按行政區劃設置了塘棲稅務分局、余杭稅務分局、瓶窯稅務分局三個稅務分局，均為正廳級。
稅務分局負責對所轄納稅人進行監控、管理和提供服務，具體負責對所轄納稅人的稅務登記和納稅申報進行調查核實、稅源預測分析、重點稅源管理跟蹤監控、納稅宣傳、納稅輔導、稅務調查、納稅服務、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催繳、數據采集分析、壹般違法行為處理等工作。
負責納稅人在稅務機關辦理的相關涉稅事項，包括稅務登記、納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購銷、稅法(宣傳)公告、發票開具、納稅申報審核、咨詢輔導、受理納稅人涉稅項目審批申請等。
稅務分局內設綜合股、辦稅服務股、稅源管理壹股、稅源管理二股、稅源管理三股、稅源管理四股等六個股室。
1，綜合單位
負責所轄分支機構的戶籍管理和稅務登記、變更、暫停(恢復)、註銷、異常戶等管理工作；負責增值稅壹般納稅人資格及其管理類別的相應管理；負責福利企業的年檢；負責流轉稅、所得稅等稅種的審批；根據上級要求，負責金稅工程的策劃和推廣；負責按權限審核和上報發票領用資格；負責分局涉稅業務的政策指導、監督檢查；負責與業務主管部門的日常工作聯系和稅收政策的發布；負責對分局質量工作的指導、分析、監督和檢查；負責思想政治工作、紀檢監察、作風建設、教育培訓、信息調研、公文處理、後勤保障、出納、物業管理、衛生管理、車輛管理、安全保衛、臨時人員、離退休幹部管理等工作。；負責組織實施稅務執法質量評估和分局“兩級質檢”工作；承辦領導交辦的其他工作。
2.納稅服務單位(納稅服務部門)
負責納稅人在稅務機關辦理的各類涉稅事宜，包括納稅申報、稅款征收、稅款繳納、欠稅公告、發票購銷、發票開具、稅法宣傳、金稅發售、納稅申報審核、咨詢受理各類稅務文書申請；受理稅務行政許可事項的申請；處理壹般侵權行為；開具出庫業務稅收管理憑證、銷售退(折)貨憑證等單據；負責稅務憑證的管理；承辦領導交辦的其他工作。
分支機構所屬辦稅服務廳對外服務名稱統壹為“杭州市余杭區國家稅務局XX分局辦稅服務廳”。
3、稅源管理
根據上級安排和分局要求，負責對所轄納稅人流轉稅、所得稅等稅種實施納稅評估、日常稽核和日常管理檢查；負責轄區內增值稅壹般納稅人和所得稅重點企業的具體納稅評估和上級部署的重點評估企業的納稅評估；及時提交納稅評估案例及相關材料。
4、稅源管理股2
負責分局所轄企業(大型企業、重點稅源企業、涉外企業除外)的監控、管理和服務，具體負責調查核實所轄納稅人的稅務登記和納稅申報情況，預測分析稅源，跟蹤監控稅源管理、納稅宣傳、納稅輔導、稅務調查、納稅服務、納稅評估、日常檢查、戶籍管理、政策送達、稅源調查、定額核定、催繳和數據收集。
5、稅源管理三股
負責分局所轄個體工商戶的監控、管理和服務，具體負責稅務登記、建賬、定額管理、納稅宣傳、納稅輔導、數據采集分析、壹般違章處理等工作。
6.稅源管理的四個環節
承擔分局所轄大型企業和重點稅源企業的納稅服務工作；承擔匯總(合並)納稅企業和重點稅源企業納稅評估和日常稅務檢查的相關工作。貫徹國家涉外稅收法律法規，根據上級要求，配合有關部門組織實施反避稅檢查，具體負責稅收協定執行、反避稅實施、涉外稅務稽查、外籍居民稅收監管、信息交流、國際稅收管理合作等工作。；負責所轄外商投資企業和外國企業的稅源管理，負責特別納稅調整的具體實施。杭州市余杭區國家稅務局設立了兩個正科級機構。
(1)信息中心
落實稅收管理信息化建設規劃和實施方案，落實信息系統管理制度和技術標準；承擔政府機關信息化建設的技術支持和保障工作；承擔稅收管理信息系統的運行和維護；組織信息安全管理和實施；負責辦公室電腦設備的維修、維護和調配管理。
(2)政府機關服務中心
承擔代理後勤事務的管理、保障和服務，制定代理事務的具體工作制度並組織實施；負責辦公用品的采購、儲存、分發和維護；負責本局的房產管理、安全保衛、醫療保健等工作；負責局機關的設備管理。