但必須看到，隨著現代化、市場化、城鎮化、信息化、全球化、老齡化等多重社會變革的交織，用人單位主體多元化，用工主體多元化，勞動關系日趨彈性化、多樣化、復雜化、動態化、層次化。就業、社會保障、收入分配等涉及勞動者切身利益的問題突出，勞動保障監察、勞動爭議仲裁等體制機制不健全，使我國勞動關系具有突出的特殊性、復雜性和重要性。國有企業改革、經濟結構調整、產業結構優化升級和農村勞動力加速轉移，給勞動關系調整帶來了巨大挑戰。隨著“強資弱勞”格局的逐步形成，勞動者在勞動力市場上處於弱勢就業地位，勞動合同簽訂率不高，勞動者權益易受侵害，勞動保障監察不力，勞動爭議頻發，直接影響社會和諧、穩定與發展。這說明我國勞動關系中存在著許多影響社會和諧的矛盾和問題，亟待研究和解決。影響建立和諧勞動關系的問題有:
(1)協調機制不完善。
雖然企業普遍實行了勞動合同制度，但由於誠信缺失和道德失範，勞動合同格式問題嚴重，部分勞動合同不是在職工平等自願協商壹致的情況下履行的；某種程度上，國企通過集體協商簽訂勞動合同流於形式。集體協商和集體合同制度在非國有企業和農民工中難以推行，不利於完善工資正常增長機制，建立農民增收減負長效機制，完善勞動關系協調機制，發展和諧勞動關系，解決人民群眾最關心、最直接、最現實的利益問題。也是增強社會創造力，走富裕之路，促進經濟社會建設協調發展的障礙。
(2)法律法規不夠健全。
目前工資支付立法層次低，擴大就業不可行，完善最低工資制度，加強對企業工資分配的調控和引導，發揮工資指導線、勞動力市場價格和行業人工成本信息對工資水平的引導作用，完善工資正常增長機制，逐步提高保障標準。對違法拖欠工資的懲處力度不夠，非全日制用工和勞務派遣的立法基本空白，在壹定程度上影響了勞動法的全面實施，制約了加強和提高政府行政能力的領導，團結壹切可以團結的力量，齊心協力促進社會和諧穩定發展。
(3)合同執行不規範。
比如國企改制後簽訂勞動合同短期化現象突出。而且，由於改制過程中缺乏制約和監督機制，企業經常出現拖欠員工工資、養老保險、醫療保險、集資等現象，甚至有的改制企業強迫員工低價買斷工齡。而中小企業則表現為勞動合同簽訂率不高，部分企業在簽訂勞動合同時存在就業歧視和“霸王條款”，尤其是女職工和未成年工的權益沒有得到應有的保護。甚至很多企業經營者迫於就業壓力，強迫員工長時間高強度工作。他們還任意克扣和拖欠工人工資。工作環境惡劣，設施簡陋，工傷事故嚴重，社會保險不繳或拒繳，隨意辭退、開除勞動者，甚至對勞動者進行體罰，侮辱其人格和尊嚴。