縣級以上人民政府有關行政主管部門應當按照各自的職責，協助同級環境保護行政主管部門對水汙染防治實施監督管理。第四條任何單位和個人都有保護水環境的義務，並有權對汙染和破壞水環境的單位和個人進行檢舉和控告。
縣級以上人民政府應當對保護和改善水環境做出顯著成績的單位和個人給予表彰和獎勵。第二章監督管理第五條縣級以上人民政府應當對本行政區域內的水環境質量負責，按照國家批準的重點流域規劃的要求，組織制定本行政區域內的水汙染防治規劃，並采取有效措施，保證水汙染防治規劃和目標的實現。第六條跨設區的市的地表水體環境功能區劃，由省環境保護行政主管部門會同省水利行政主管部門劃分，報省人民政府批準。
設區的市的地表水環境功能區劃，由設區的市人民政府環境保護行政主管部門會同水利行政主管部門劃分，經省環境保護行政主管部門審核後，報省人民政府批準。第七條各級人民政府負責組織實施地表水體功能區劃，確保地表水體水質符合國家和本省規定的標準。第八條省級環境監測機構負責組織跨設區的市出境地表水斷面的水質監測；設區的市級環境監測機構負責跨縣(市、區)的地表水體水質監測；縣(市、區)環境監測機構負責監測本行政區域內的地表水體水質。第九條排放汙染物實行總量控制制度。省環境保護行政主管部門應當會同有關部門根據國家規定的汙染物排放總量指標，編制全省汙染物排放總量控制計劃，報省人民政府批準。第十條直接或者間接向水體排放汙染物的企業事業單位和個體工商戶(以下簡稱排汙單位)，應當按照國家和本省的有關規定，向縣級以上地方人民政府環境保護行政主管部門申報登記其排汙設施和處理設施以及在正常作業條件下排放汙染物的種類、數量和濃度，並提供防治水汙染的有關技術資料。
環境保護行政主管部門應當對申報登記進行嚴格審查。
申報登記的事項有重大變更時，應當在變更之日前十五日報告原申報登記部門。第十壹條縣級以上人民政府環境保護行政主管部門應當會同有關部門，根據批準的汙染物排放總量控制計劃和區域環境質量標準，確定本行政區域內排汙單位的汙染物排放總量控制指標。第十二條排汙單位必須按照國家和本省的有關規定，向縣級以上地方人民政府環境保護行政主管部門申請領取由省環境保護行政主管部門統壹核發的排汙許可證，並按照排汙許可證的規定排放汙染物。第十三條向水體排放汙染物的排汙單位，應當按照國家和本省的規定繳納排汙費；超過國家或者本省規定的汙染物排放標準的，應當按照國家規定繳納超標排汙費。
向跨區的市、縣(市、區)地表水體排放汙染物，導致地表水體汙染物超過總量控制指標的，排汙單位所在地人民政府應當按照本省規定的標準向上壹級人民政府繳納超標排汙費。
排汙費和超標排汙費必須按照國家和本省的規定用於治理汙染，不得挪作他用。第十四條城市汙水應當進行集中處理。
各級人民政府必須把保護城市水源和防治城市水汙染納入城市建設規劃，有計劃地在工業集中的城鎮(鄉)建設汙水集中處理設施。
城市汙水集中處理設施應當按照國家和本省的有關規定提供有償服務。向城市汙水集中處理設施排放汙水並繳納汙水處理費的，不再繳納排汙費。
各級人民政府應當保證汙水集中處理設施的正常運行。第十五條建設項目中的水汙染防治設施必須與主體工程同時設計、同時施工、同時投入使用。水汙染防治設施必須經縣級以上人民政府環境保護行政主管部門驗收合格後，建設項目方可投入生產或者使用。第十六條縣級以上人民政府環境保護行政主管部門審批向水體排放汙染物的建設項目的環境影響報告書(表)時，不得超過本行政區域內的汙染物排放總量控制指標。