本辦法所稱水路運輸，包括航道和港口的規劃、建設和管理，港口經營，船舶檢驗，水路運輸和服務，水上應急管理，水上交通安全及相關活動。第三條縣級以上人民政府應當將水路交通建設納入國民經濟和社會發展規劃，鼓勵、支持和引導水路交通發展，並將水路交通監督管理經費納入本級財政預算予以保障。第四條縣級以上人民政府交通運輸主管部門負責本行政區域內的水路交通管理工作，其所屬的水路交通管理機構具體負責水路交通管理工作。
縣級以上人民政府農業、水利、旅遊、體育等有關行政主管部門應當按照各自職責，做好水路運輸管理工作。第二章航道和港口管理第五條縣級以上人民政府交通運輸主管部門應當會同同級發展改革部門，根據上壹級水路交通發展規劃、流域綜合規劃和當地國民經濟和社會發展規劃，制定當地水路交通發展規劃，報同級人民政府批準後實施。第六條航道和港口建設應當按照批準的水路交通發展規劃進行，並符合基本建設程序、防洪安全和環境保護的要求。第七條航道建設主要由政府投資。省交通運輸行政主管部門負責本省航道的建設和管理，可以授權省交通運輸行政主管部門管理。
鼓勵企業或個人投資港口建設和經營管理，誰投資誰受益。
以改善水路交通條件為目的，利用社會資金建設的航道和船閘可以有償使用，收費標準由省交通運輸行政主管部門會同省價格行政主管部門、財政行政主管部門審核，報省人民政府批準。第八條在通航河流上修建臨河、跨河、阻河的工程和其他設施，建設單位應當事先報有關水路交通管理機構和河道管理機構審批，並按照規定辦理有關審批手續。水路交通管理機構應當參與工程項目或者設施的設計審查和竣工驗收。
按照前款規定修建的建設工程和其他設施，施工前，建設單位必須制定保證航道暢通和航行安全的通航方案，並負責實施方案所需的費用。第九條渡口的設立、遷移或者撤銷，應當報當地縣級人民政府審批。審批前，應當征求當地水路交通管理機構、水行政主管部門和河道主管機關的意見。
渡口所在地的縣級人民政府和交通運輸行政主管部門應當根據《中華人民共和國內河交通安全管理條例》的規定，加強對渡口的管理，負責渡口和渡船安全的監督檢查。第十條水路交通管理機構應當加強對航道及其設施的監控和維護。任何單位和個人不得阻撓和幹擾水路交通管理機構依法實施的測量、疏浚、拋泥、吹填、清障、航道維護、助航設施安裝等施工作業，確保航道暢通。第十壹條在內河通航水域或者岸線進行下列可能影響航行安全的作業或者活動，應當報經水路交通管理機構批準後方可作業或者活動:
(壹)勘探、開采和爆破；
(二)建造、安裝、維修、拆除水下構築物或者設施；
(三)架設橋梁和索道；
(四)鋪設、檢修和拆除水下電纜或管道；
(五)安裝系泊浮標、浮筒、系船柱等設施；
(六)航道建設、航道、碼頭前沿水域疏浚；
(七)舉辦大型群眾性活動和體育競賽。
前款所列經營或者活動，依照法律、行政法規的規定需要經其他有關部門審批的，還應當依法辦理相關審批手續。第十二條禁止在航道和港口水域從事下列活動:
(1)育種和種植；
(二)可能危及港口安全的采礦、爆破；
(三)傾倒泥土、砂石和廢棄物；
(四)超標排放有毒有害物質。因工程建設確需在港口水域進行挖掘、爆破活動的，應當采取相應的安全防護措施，並經縣級以上水路交通管理機構批準。第三章船舶管理第十三條船舶所有人或者經營人應當依照《中華人民共和國船舶登記條例》和《中華人民共和國船舶和海上設施檢驗條例》申請船舶登記和船舶檢驗。
船舶建造檢驗和船舶年度技術檢驗由船舶檢驗機構實施。船舶檢驗機構應當對修船企業資質和建造維修圖紙進行審查，並對建造維修過程進行檢查。檢驗合格後，船舶檢驗機構應按規定簽發船舶檢驗證書。
軍用、公安、體育、漁業船舶的登記和檢驗，按照國家有關規定執行。
無船舶檢驗證書的船舶不得使用。