(1)辦公室
負責文電、機要文件、檔案等機關的日常運行；承辦政府信息、保密、來信來訪、衡陽市人大代表建議和CPPCC委員提案的辦理工作；負責局機關的行政後勤管理；負責內部規章制度建設；指導和監督全市水利行業安全生產工作；承擔局機關系統安全生產監管工作，指導水庫、水電站、大壩等水利工程安全監管工作；協調水旱災害的防治。
(2)規劃科
研究提出衡陽市水利發展規劃和年度投資建議計劃，組織編制重大綜合水利規劃、專業規劃和專項規劃，指導全市水利規劃的編制；負責小型水庫項目建議書、可行性研究報告、初步設計和開工報告的審批，中型病險水庫除險加固工程初步設計報告和開工審批；協調流域發展；負責全市水利綜合統計、水利工程建設、運營管理，以及水利建築市場的監督管理；負責全市水庫、水閘、河道堤防和城市防洪治理工程的建設和管理；指導實施水利工程建設質量工作，組織並參與重大水利安全事故的調查處理。
(3)水行政和水資源司
掛出“衡陽市節約用水辦公室”和“衡陽市水政監察支隊”兩塊牌子，負責全市水資源的統壹管理和保護；負責全市水行政監督和水行政執法；協調跨縣(市)水事糾紛，研究水利工作政策；承辦水利局的行政訴訟、行政復議和法制宣傳教育工作；組織實施取水許可制度、水資源有償使用和水資源論證制度；負責全市城市供水規劃和全市節約用水；組織制定全市和跨縣的水量分配方案；組織水功能區劃分和水資源調度，監測河流、水庫水量水質，審查納汙能力，提出不同水功能區汙染物排放總量控制意見；承擔入河排汙口設置的審批；組織和指導水利設施、水域及其岸線的管理和保護工作。
(4)財務科
指導全市水利行業的財務和會計管理工作；編制水利部門預算；研究提出價格、信貸、金融等水利經濟調節意見；承擔市級水利資金的監督管理；負責提出衡陽市水利固定資產投資規模和方向及財政資金安排的建議，按規定權限審批全市規劃和年度計劃規模內的固定資產投資項目，提出衡陽市水利建設投資安排的建議並組織實施。集中管理本系統的國有資產；負責局機關財務工作，指導和監督下屬單位的財務工作；負責行政事業性收費的統壹管理。
(5)科技教育科
負責衡陽水利科技工作；組織實施衡陽市水利科技發展規劃；組織衡陽水利行業從業人員的教育培訓；承擔水利科學研究和技術推廣應用，歸口管理全市水利科技項目的項目評審，負責科技成果的評審、申報和獎勵；指導和承擔衡陽水利系統專業技術幹部的評聘和繼續培訓工作；承擔衡陽水利電力學會的日常工作。
(6)水土保持部分
負責衡陽市水土保持工作；協調衡陽市水土流失綜合治理工作；研究制定衡陽市水土保持工程措施計劃並組織實施；負責組織水土保持法律法規的實施和監督檢查；研究提出水土保持的政策和措施；指導衡陽市水土流失動態監測；審批開發建設項目的水土保持方案，並監督實施；負責實施水土保持費征收制度。
(7)人事科
負責局機關及下屬單位的組織、人事、勞動工資、老幹部、保險福利工作；負責局機關及下屬單位工人技術等級考核的相關工作；負責與水利行業相關的職業技能鑒定；負責局機關及所屬單位的宣傳教育和幹部培訓工作。
㈧內部審計科
承擔局機關及下屬單位財務收支、財務收支、預算、資金及相關經濟活動的審計工作；承擔局機關內設機構和下屬單位領導人員的經濟責任審計；承擔局機關及下屬單位經濟管理、效益和固定資產項目審計；審查局機關及所屬單位內部控制制度和風險管理的健全性和有效性；承辦法律法規規定和本局或權力機構主要負責人要求的其他審計事項。
(9)信息部分
負責局管轄單位水利信息化建設的規劃和宏觀指導；組織本單位貫徹落實有關信息化建設的方針政策；負責信息化專業技術培訓；負責全市水利門戶網站的運行和維護。
(10)監理辦公室
1，協助局黨委做好黨風廉政建設和反腐敗工作；
2.負責黨風廉政建設、領導幹部廉潔自律、糾正部門和行業不正之風、執法監察等工作。，為全市水利行業的廉政建設提供客觀指導；
3、處理舉報、投訴和申訴，組織查處違紀違法案件；
4、負責廉政法律法規的組織實施和執行情況的監督檢查；
5.指導全市水利行業紀檢監察隊伍建設，開展紀檢監察理論研究；
6.局領導交辦的其他事項。
(11)總工程師辦公室
1，指導全市流域規劃、區域規劃、各類專項規劃的編制，主持各類規劃初審會議；
2、主持水利水電工程可行性研究、初步設計和除險加固的初步審查會議，組織重大技術問題的論證和技術變更審查；
3、指導和協調各科、室、站、辦、院及所屬單位的有關技術工作，參與重點工程的施工檢查、工程驗收和竣工驗收；
4、負責組織施工圖紙的審查；
5、參與防汛抗旱工作，審查防汛預案；指導和協調水利行業專家庫的管理；承辦領導交辦的其他工作。
(十二)工會
1，負責工會日常工作；
2.組織適合不同年齡段的體育活動、健身活動和各種娛樂活動；
3、維護水利職工的合法權益，關心職工疾苦，反映職工的合理要求，為職工排憂解難。