負責行政機關的日常事務；制定各項制度體系；負責文秘、會務、機要、保密、檔案等機關日常工作；負責局黨委會議、局辦公會議的組織和會議決定的貫徹落實及領導批示的督促檢查；負責起草局機關重要文件；負責黨政信息、信訪、政務公開和機關後勤管理工作。
組織宣傳和勞動保障科
負責局黨委和市級相關部門的組織、人事、宣傳、教育、創建和統戰工作的實施；指導和檢查基層黨組織的思想、組織和作風建設；做好幹部教育、培訓、考核、任免、獎懲和後備幹部培養選拔工作；貫徹黨的統壹戰線政策和宗教民族政策；研究制定商務人才發展規劃；負責機關及直屬事業單位的機構設置、人事管理、教育培訓；指導直屬企業的勞動、就業和保險工作，負責勞動工資統計工作；配合有關部門處理勞動爭議、勞動仲裁和工傷事故；負責局機關離退休幹部的服務和管理，指導所屬單位老幹部和企保中心的工作。
規劃和財務科
研究制定國內外貿易中長期規劃和年度計劃控制目標；負責監測和分析國內外貿易和國際經濟合作的宏觀運行情況；承擔局機關管轄的各項業務經費和專項經費的使用和管理，編制預決算；執行國家出口退稅等促進外貿的財政、稅收和金融政策，辦理出口退稅審核；指導外經貿企業的外匯管理和核銷工作；負責國內外貿易統計，全市各經濟部門的商品流通，與流通加工和餐飲服務有關的金融和統計工作；指導和監督所屬單位會計、統計法規和相關會計制度的執行，協調財政、稅收、審計和財務政策的執行；根據授權負責國有資產的管理和監督；負責商業會計學會的日常工作。
指導所屬企事業單位內部審計，協調處理重要審計事項，開展各類專項審計。
綜合法規司(商務綜合執法辦公室)
研究經濟全球化、區域經濟合作、現代市場體系和現代流通方式的發展趨勢，提出對策和建議；研究擬定國內外商貿流通體制改革的意見和建議；研究國家、省、市有關內外貿和外商投資企業的政策法規，提出貫徹實施的意見和建議；組織起草促進國內外貿易、國際經濟合作和外商投資的各項政策意見；組織起草地方性商務法規草案；承辦相關的行政復議和行政訴訟；提供企業法律咨詢服務，指導企業法律顧問工作，審查企業改革方案並指導實施；配合有關部門開展法制教育和宣傳工作；承擔全市畜禽屠宰、酒類流通管理、成品油、危險化學品、典當拍賣、二手車流通、報廢汽車回收、再生資源回收和商業特許經營管理的執法職責；負責全市12312企業舉報投訴服務。
流通管理科
承擔商貿業服務管理，研究商業營銷模式改革，推進商業業態和流通組織創新；推進流通體制改革和連鎖經營、商業特許經營、物流配送等現代流通方式發展，推廣先進流通技術；負責零售、食品加工、鹽、肉、糖、酒、汽車流通、報廢汽車拆解等特殊商品和特殊行業的監督管理；負責“三綠工程”的管理；負責城鄉商業網點的規劃、管理和重點經營項目；參與商品住宅建設配套住宅樓的規劃和管理；負責市場部的商品質量、計量、價格和品牌管理。監測分析市場運行、商品供求，調查分析商品價格信息，進行預測預警和信息引導；承擔建立和完善生活必需品市場供應應急管理機制的相關工作；負責重要消費品儲備(肉、糖、小包裝食品等)的管理和市場調節。);承擔酒類流通管理的日常工作，市“萬村千鄉市場工程”試點工作領導小組辦公室和市生豬定點屠宰工作領導小組辦公室。
市場訂單科
帶頭協調整頓和規範市場經濟秩序；推進商務領域信用建設，引導商業信用銷售，建立市場誠信服務平臺；參與組織打擊知識產權侵權和商業欺詐行為；負責全市加油站(點)規劃的編制和實施以及成品油市場的監督管理；做好“十萬店無假貨”活動，承擔整頓和規範市場經濟秩序領導小組辦公室、整頓成品油市場領導小組辦公室、創建“三信三優”活動領導小組辦公室的日常工作。
市場體系建設科
組織制定和完善規範市場體系的政策；協調打破市場壟斷、行業壟斷和地區封鎖的相關工作；牽頭組織和規範零售企業的促銷行為；指導大宗產品批發市場和集貿市場的規劃和商業體系建設；推進農村市場和農產品流通體系建設；制定服務業發展規劃，研究制定服務業改革發展政策，承擔服務業行業管理；根據有關規定對拍賣、典當、租賃、展覽和舊貨流通等新型服務業進行指導和監督管理；負責行業中介組織和行業協會的管理、規範運作和發展；組織實施國家、省、市安排的流通領域重大投資項目；指導社區商業發展、流通領域節能降耗，提出促進中小商業企業發展的政策建議；引導再生資源回收利用；負責貿易行業從業人員的培訓和技術水平鑒定。
外國投資外事科
研究制定本市外商投資促進政策，指導本市外商投資工作，分析研究本市外商投資形勢，定期向市政府和省商務廳報送有關動態；貫徹國家、省、市有關外商投資的政策法規，參與制定外商投資發展戰略和中長期規劃；依法審批本市限額內外商投資項目合同、章程和法律特別規定的重大變更，申報設立限額以上外商投資企業，限制投資和涉及配額、許可證管理的；審批外商投資企業進口設備清單；監督檢查外商投資企業執行有關法律、法規和合同章程的情況，協調解決出現的問題；指導和管理全市利用外資和外商投資企業工作；負責對外投資統計。歸口管理全市經濟貿易外事工作；負責全市各類經貿團組、外派勞務和赴港澳團組的審批；負責全市大型外經貿代表團的出訪安排；辦理全市對外貿易和勞務的對外邀請事務；負責接待重要的對外經濟貿易代表團和商務官員；承辦機關及直屬單位的相關外事工作；聯系涉外經濟商務機構相關事宜；組織協調外國企業聯合年檢；承擔市“五外”工作協調領導小組辦公室的日常工作；聯系市經濟技術開發區工作。
外貿發展科
貫徹國家、省、市外貿管理政策，推進外貿促進體系建設，負責進出口孵化促進工作；執行國家進出口商品管理辦法和目錄；承擔重要工業品、原材料和重要農產品進出口總量計劃的組織實施；組織管理進出口商品配額和關稅配額；制定和實施進出口商品配額招標政策；制定促進加工貿易的政策；牽頭制定服務貿易發展規劃；擬訂技術性貿易政策和促進服務出口的規劃和政策並組織實施；負責技術進出口管理、服務貿易促進和服務貿易統計；會同有關方面制定並組織實施促進服務外包發展的規劃和政策，推進服務外包平臺建設；制定推進外貿基地建設的政策措施，推進出口產品國際認證和商標註冊，指導出口品牌建設和管理；協調和管理全市貨物進出口工作；指導和協調加工貿易和境外加工貿易；負責全市各類企業對外貿易經營權的資格審查，組織和指導企業參與各類對外貿易活動；負責進出口貿易中的涉外理賠、索賠裁決和傭金折扣裁決；負責全市進出口商品的管理，申報和監督經批準的公司的經營權；負責全市易制毒化學品的進出口管理。
對外經濟合作科
擬訂我市對外經濟合作和人員出境就業管理的相關政策和規章制度；負責境外就業職業介紹機構的資質認定、審批、監督和檢查；依法管理和監督對外投資、對外承包工程、對外勞務合作、設計咨詢等對外經濟合作業務；組織和指導外派勞務人員的綜合培訓；開展多邊和雙邊對外經濟交流與合作，指導重大對外經濟合作項目的實施；承擔境外勞務人員和境外雇員權益保護的相關工作；審查本市企業在境外投資開辦企業(金融企業除外)和對外經濟合作企業的經營資格；審查實施各類援外項目企業的投標資格，指導援外項目的實施；管理本市接受多邊、雙邊及相關國際民間組織無償援助的項目及相關業務；承辦對外承包工程和勞務合作的統計工作。
機電產品進出口和科學技術科
擬訂並實施機電產品和成套設備進出口的政策措施、中長期發展規劃和年度指導性計劃；負責全市機電出口產品技術改造、研發等項目的申報；承擔機電產品貿易的促進工作；制定進口機電產品招標的有關辦法並組織實施；提出促進技術貿易的鼓勵政策，管理全市技術和高新技術產品的出口和技術引進；組織實施國家高新技術產品進出口管理政策和目錄；承辦高新技術產品貿易促進工作；執行國家進出口管制政策，依法簽發兩用物項和技術進出口許可證；組織多邊和雙邊工業技術合作；協調國內外貿易和國際經濟合作中的科技發展和進步。
進出口公平貿易及保安組
承辦進出口公平貿易相關工作；調查我市出口商品歧視性貿易政策、法律、法規和做法，研究相應對策；建立進出口公平貿易預警機制；指導和協調我市出口商品反傾銷、反補貼和保障措施的應訴及相關工作；承擔產業損害的調查和裁定；建立健全產業損害預警機制，開展產業競爭力調查、產業安全應對和效果評估；指導和協調工業安全反應；承擔與世界貿易組織有關的研究、指導和服務工作；依法對經營者集中行為進行反壟斷審查；指導我市企業應對國外反壟斷訴訟；開展多邊和雙邊競爭政策的國際交流與合作；負責企業事業單位社會治安綜合治理、安全生產和內部治安保衛工作的指導管理、宣傳教育、監督檢查；指導下屬企事業單位的國家安全工作，配合做好保密工作；做好設備管理和特種設備運行安全工作，做好基建、倉儲、運輸的安全和指導服務。
行政審批服務科
負責全球範圍內所有行政審批服務的受理、審核和批準。
信息化科
制定利用電子商務開拓國內外市場的相關政策措施，在國內外貿易和國際經濟合作領域實施國家、省、市有關電子商務的標準和規則；負責進出口預警、市場預測預警和信息發布，組織建設市場運行和商品供求監測信息系統；電子政務和網上投資促進；指導全市商務領域信息網絡、電子商務和電子政務建設，組織信息培訓和交流。