本條例所稱新型農村合作醫療，是指由政府組織引導，農村居民自願參加，以個人繳費、集體扶持和政府補助等方式籌集資金，實行門診統籌和住院統籌相結合的農村居民基本醫療保障制度。第三條新型農村合作醫療遵循公開公正、公平享受、便民利民、保障基本的原則，堅持民主管理、依法管理。第四條縣級以上地方人民政府應當將新型農村合作醫療納入當地國民經濟和社會發展規劃，加強對新型農村合作醫療的領導，建立健全新型農村合作醫療協調機制，多渠道籌集新型農村合作醫療資金。
實行新型農村合作醫療基金統籌的市、縣(市、區)人民政府(以下簡稱統籌地區人民政府)應當成立由相關部門和參合人員代表組成的新型農村合作醫療管理委員會，負責統籌地區新型農村合作醫療的組織協調工作。第五條縣級以上地方人民政府衛生行政部門(以下簡稱衛生行政部門)主管本行政區域內的新型農村合作醫療工作。
縣級以上地方人民政府有關部門應當按照各自職責做好新型農村合作醫療工作。第六條鄉鎮人民政府和街道辦事處具體承擔新型農村合作醫療的組織、籌資和宣傳工作。村民委員會、居民委員會應當協助鄉鎮人民政府和街道辦事處做好新型農村合作醫療工作。第七條在統籌地區設立的新型農村合作醫療經辦機構(以下簡稱經辦機構)，負責新型農村合作醫療的日常運行、業務管理和基金核算等具體業務工作。第八條縣級以上地方人民政府應當通過提高籌資和保障待遇水平，探索資源整合，推進基本醫療保障城鄉統籌。第九條縣級以上地方人民政府及其有關部門應當對在新型農村合作醫療制度中做出突出貢獻的單位和個人給予表彰。第二章參合人員第十條農村居民(含農村中小學生)在其戶籍所在地的統籌地區參加新農合。
因就學等原因遷出當地，現回到原居住地，未參加或停止參加其他基本醫療保險的農村居民，可在原戶籍所在地統籌地區參加新型農村合作醫療。
城鎮居民和居住在鄉鎮的其他人員應當按照縣級以上地方人民政府的規定參加新型農村合作醫療或者其他基本醫療保險。第十壹條在新型農村合作醫療中，上壹個繳費期與下壹個繳費期之間出生的嬰兒和退役士兵可參加當年新型農村合作醫療。
停止參加其他基本醫療保險的農村居民，憑相應醫療保險經辦機構出具的證明，可參加當年的新型農村合作醫療。
父母自出生之日起十五個工作日內申請參加新型農村合作醫療的，自出生之日起發生的醫療費用納入新型農村合作醫療基金補償範圍。第十二條已按規定參加其他基本醫療保險的人員不參加新型農村合作醫療，其他家庭成員仍可按規定參加新型農村合作醫療；已參加新型農村合作醫療，需要參加其他基本醫療保險的，應當在下壹年度退出新型農村合作醫療。第十三條新型農村合作醫療參合人員按照規定繳費後，經辦機構應當將其登記為參合人員，免費發給新型農村合作醫療證。參合人員憑新型農村合作醫療證等有效證件就醫，享受相應的醫療待遇。第十四條參與者享有下列權利:
(壹)按照規定享受醫療費用補償；
(二)查詢和核對自己的支付和補償情況；
(三)了解新型農村合作醫療基金的籌集和使用情況；
(四)參與新型農村合作醫療的監督管理；
(五)法律法規規定的其他權利。第十五條參與者應當履行下列義務:
(壹)以戶為單位按時足額支付個人費用；
(二)遵守新型農村合作醫療制度的政策法規；
(三)就醫時如實提供相關個人資料和信息，獲得醫療費用補償的；
(四)法律法規規定的其他義務。第三章基金籌集和管理第十六條新型農村合作醫療基金由縣(市、區)統籌管理。鼓勵有條件的設區的市統籌市轄區。
統籌地區人民政府應當建立新型農村合作醫療基金財政專戶，對新型農村合作醫療基金進行統壹管理和核算。