三清山風景區內各單位除各自業務受上級領導外，必須服從管委會對三清山風景區的統壹規劃和管理。第五條三清山管理委員會的職責是:
(壹)宣傳和貫徹風景名勝區保護和管理的法律、法規；
(二)組織實施三清山風景名勝區總體規劃和詳細規劃(以下簡稱詳細規劃)，保護和合理利用風景名勝資源；
(三)制定並組織實施風景名勝區的具體保護和管理制度；
(四)負責組織風景名勝資源的調查、評價和登記；
(五)負責協調風景名勝區保護範圍內的有關單位；
(六)負責管理風景名勝區保護範圍內的基礎設施和其他公共設施，改善遊覽服務條件；
(七)負責風景名勝區保護的其他事項。第六條省人民政府建設行政主管部門負責三清山風景名勝區的監督管理。省人民政府其他有關行政主管部門按照規定的職責分工，負責三清山風景名勝區的相關監督管理工作。第二章規劃第七條國務院批準的總體規劃和在總體規劃基礎上編制的詳細規劃是三清山風景名勝區保護、利用和管理的依據，必須嚴格執行。第八條“詳細規劃”由上饒市人民政府根據“總體規劃”編制，經省人民政府建設行政主管部門審查，報國務院建設行政主管部門批準。第九條詳細規劃應當根據風景名勝區的不同要求和國家有關技術規範進行編制，確定基礎設施、旅遊設施、文化設施等建設項目的選址、布局和規模，明確建設用地範圍和規劃設計條件。
《詳細規劃》的編制應當委托具有乙級以上規劃資質等級的單位進行..第十條《詳細規劃》草案應當征求有關部門、專家和公眾的意見；有關部門、專家和公眾對詳細規劃草案提出重大異議的，上饒市人民政府應當通過召開論證會、聽證會等方式進行論證。
報送詳細規劃的審批材料應當包括社會各方面采納的意見和看法以及未采納的理由。第十壹條上饒市人民政府應當通過政府網站向社會公布經批準的總體規劃和詳細規劃的主要內容，任何單位和個人有權查閱。第十二條經批準的《總體規劃》和《詳細規劃》不得擅自修改。確需修改的，應當按照原審批程序報批。第三章保護第十三條三清山風景名勝區的景觀和自然環境應當嚴格保護，不得破壞或者隨意改變。
三清山管理委員會應當根據風景名勝資源保護的法律、法規，組織落實保護風景名勝區景觀和自然環境的責任。
三清山風景區內的單位、村(居)民和遊客不得破壞風景區內的景物、水體、林草植被、野生動物和各種設施。第十四條三清山管委會應當對風景名勝區內的自然和人文景觀進行調查和鑒定，並建立檔案；對於特殊的地質遺跡、人文景觀等重點保護對象，應當制定相應的保護措施。第十五條三清山管委會應當做好風景名勝區內的地質災害防治、植樹造林、森林防火和森林病蟲害防治等森林資源保護工作。
根據森林資源保護、生態修復和森林防火的需要，三清山管委會可以臨時關閉重要景區，並予以公告。第十六條三清山風景名勝區根據其景觀價值和保護需要，分為特級、壹級、二級和三級保護區。各級保護區在三清山管委會根據總體規劃確定的範圍內立樁劃定。第十七條在三清山風景名勝區三級保護區內，禁止下列行為:
(壹)建設各類開發區；
(二)修建存放易燃、易爆、放射性、有毒、腐蝕性物品的設施；
(三)采石、修墳立碑、河道采砂等破壞景觀、植被和地貌的活動；
(四)濫伐林木、燒荒開荒和獵捕野生動物；
(五)在景物或設施上塗寫、刻畫；
(六)隨意丟棄或者傾倒廢棄物的；
(七)向水體排放未經處理的汙水；
(八)在非指定場所進行野炊或其他非法用火活動。