從職能配置來看，國土資源部門沒有責任監管征地補償款的分配和使用。
根據《土地管理法》第五條第二款規定，縣級以上地方人民政府土地行政主管部門的設置和職責，由省、自治區、直轄市人民政府按照國務院有關規定確定。《土地管理法實施條例》第二十六條第三款規定，市、縣、鄉人民政府應當加強對安置補助費使用的監督。從《土地管理法》及其實施條例的規定來看，沒有明確規定國土資源部門有權限或責任對農村集體經濟組織依法取得的征地補償費的分配和使用進行監督。從國土資源部、省級國土資源管理部門乃至市縣國土資源管理部門來看，“三定方案”的職能、內設機構和人員編制規定並沒有賦予國土資源部門這方面的監管職責。
征地審批、征地補償費支付、征地補償費分配使用是征地前、征地中、征地後三個方面。征地審批和征地補償費支付的具體工作由國土資源部門承擔，這是法律規定的，但法律法規沒有規定對征地補償費分配和使用的監督由國土資源部門承擔。按照建設法治政府的要求，沒有法律、法規和規章的規定，政府及其主管部門不得實施行政行為，否則就是越權或濫用職權。
從現有規定來看，相關文件存在矛盾。
2004年6月5438+10月，福建省下發文件《福建省人民政府關於加強征地補償管理切實保護被征地農民合法權益的通知》(鄭民[2004]2號)。文件規定:“各市、縣(區)必須認真組織實施民主理財、村務公開、農村審計等農村集體經濟組織的各項制度。由國土資源部門牽頭，會同監察、農業、審計等部門，加強土地補償費和安置補助費發放使用的批後跟蹤，定期檢查征地補償費收支情況，規範征地補償款使用行為，切實解決農民反映強烈的土地權益問題。”文件明確規定，征地補償費分配使用的牽頭單位是國土資源管理部門。
5438年6月至2004年10月，《國務院關於深化改革嚴格土地管理的決定》(國發[2004]28號)出臺，28號文對征地補償安置制度做了非常全面和明確的規定，其中關於監督征地補償費分配和使用的規定也非常具體。根據第十五條的規定，被征收土地的農村集體經濟組織應當向本集體經濟組織成員公布征地補償費的收支和分配情況，接受監督。農業和民政部門要加強對農村集體經濟組織內部征地補償費分配和使用的監督。在《國土資源部關於完善征地補償安置制度的指導意見》的通知中，也明確規定“地方國土資源部門要配合農業、民政等有關部門，對被征地集體經濟組織內部征地補償安置費用的分配和使用進行監督”。
這樣，鄭敏[2004]2號文件和國發[2004]28號文件就有矛盾了。根據國務院和國土資源部的文件，征地補償費分配和使用的監管主體是集體經濟組織成員，政府主管監管的部門主要是農業和民政部門，而不是國土資源部門。國土資源部門在這項工作中的定位是配合農業和民政部門進行監督檢查，而不是牽頭監管。因此，無論從政策效力的角度，還是從發布前後的時間來看，涉及征地補償費分配和使用的監管主體都應按照國發[2004]28號文件辦理，這也有利於被征地農村集體經濟組織和被征地農民及時了解和反映問題，明確提出訴求渠道，便於有關部門及時預防和化解矛盾糾紛。
根據國發[2004]28號文件，農業和民政部門是監督農村集體經濟組織依法取得的征地補償費分配和使用的政府主管部門。就政府部門而言，農業和民政部門有權監督征地補償費的分配和使用。就被征地農民自身而言，他們既是土地被征用的人，又是征地補償費分配和使用的直接監督者和監督主體。不僅《村民委員會組織法》體現了這壹精神，而且《物權法》的相關規定也為保障集體成員行使權力、實施監督提供了法律依據。根據《物權法》第五十條的規定，土地補償費等費用的使用和分配辦法由集體成員決定，明確了土地補償費等費用由集體成員使用；決定分配方式的權利。《物權法》第六十三條第二款規定:“集體經濟組織、村民委員會或者其負責人作出的決定侵犯集體成員合法權益的，被侵害的集體成員可以請求人民法院予以撤銷。“這既賦予了包括被征地農民在內的尋求司法保護的救濟權，也體現了集體成員的監督權。
從實際工作來看，相關部門的職責需要明確。
法律和政策的規定非常明確。為什麽實際工作中征地補償費分配使用的監管職能往往放在國土資源部頭上？究其原因，壹是人們對相關規定不熟悉，新政策不斷出臺，使人們不能充分了解和理解，國土資源部門的壹些同誌也沒有進行詳細的比較和掌握；第二，這是慣例。在人們的印象中，國土資源管理部門自然有責任監管征地補償費的分配和使用，以至於很多失地農民對這方面不滿或者認為存在違法行為時，首先想到的就是向土地主管部門舉報。領導經常會把這類問題的報告批給國土資源部門，國土資源部門早就把這當成了職責的壹部分。第三，相關的監管制度沒有建立或不完善。當然，如果相關的監管制度沒有建立起來，也不能說沒有這個責任。國發[2004]28號文件明確規定，農業、民政部門負責監督征地補償費的分配和使用。由於時間短，工作銜接，農業和民政部門對於具體的監管對象和如何實施監管還沒有建立成熟的規章制度，職責也不是很明確，導致這兩個部門還沒有開展相關的監管活動。
根據現行法律法規和職能配置規定，監督農村集體經濟組織依法取得的征地補償費分配和使用的職責分工。農業部門要結合被征地農民享受的土地補償費比例，按照現行政策和被征地農民意願，引導調整承包耕地；民政部門負責征地補償費使用和分配的日常監管，確保征地補償費分配比例符合法律法規和政策規定，征地補償費使用符合規章制度；農村集體經濟組織或者有關單位和個人侵占、截留、挪用、克扣征地補償費的，紀檢監察機關應當依法查處。構成犯罪的，由司法機關追究責任人的刑事責任。