開發區分為喀什主園區(含生產建設兵團師)和伊爾格石灘口岸園區，面積50平方公裏，其中喀什40平方公裏(含生產建設兵團6平方公裏)，伊爾格石灘口岸10平方公裏。第四條開發區的規劃、建設、開發和管理堅持政策引導、市場運作、重點突破、分步實施、內引外通、產業帶動、生態優先、統籌協調、創新機制、壹體化發展的原則，按照封閉管理、開放運作、自主開發、壹站式服務的機制運行。第五條開發區應當為企業和個人創造良好的投資、研究、開發、經營環境和就業條件，依法保護其合法權益。第二章管理機構和職責第六條自治區人民政府在開發區設立喀什經濟開發區管理委員會(以下簡稱開發區管委會)，作為其派出機構，行使自治區級管理權，負責開發區的統壹規劃，直接管理喀什主園區。
開發區管委會可以直接向自治區人民政府及其有關部門行文，其職能部門負責自治區權限內的審批、核準、備案等事項，需要國家審批的事項，由自治區有關部門按程序報批。
克孜勒蘇柯爾克孜自治州人民政府負責伊爾格石灘口岸公園的建設和管理，享有與開發區管委會同等的管理權。
開發區喀什主園區兵團師自行建設管理，其管委會享有與開發區管委會同等的管理權力。第七條開發區伊爾格什坦口岸園區和喀什主園區兵團實行分區管理，業務上受開發區管委會指導，按要求向其報送項目申報、基本經濟數據統計等正式文件、表格和資料。第八條開發區管理委員會履行下列職責:
(壹)貫徹執行國家法律、法規和自治區地方性法規；
(二)行使國家和自治區賦予的經濟管理審批權，實施體制創新、政策創新和管理制度創新；
(三)編制並組織實施開發區總體發展規劃和專項發展規劃，依法進行環境影響評價；
(四)負責招商引資，按規定權限審批、審核、申報各類招商引資項目；
(五)負責開發區基礎設施和公共設施建設的規劃和建設管理；
(六)負責開發區的財政預決算、國有資產管理、投融資；
(七)負責開發區項目申報、基本經濟數據統計；
(八)根據規定權限負責開發區的各類進出口行政事務；
(九)承擔與當地政府、部門和相關單位的溝通協調責任，履行開發區相應的社會管理和社會服務職能；
(十)負責定期組織召開開發區園區工作協調會，討論研究開發建設、產業發展、招商引資等與開發區整體發展有關的問題；
(十壹)行使自治區人民政府賦予的其他職權。第九條開發區管委會指導和協調有關部門在開發區的派出機構和分支機構的工作，按照精簡、高效、機制靈活的原則，設立必要的職能機構，並可根據需要自主決定人員的聘用和工資標準。第十條自治區發展改革、經濟和信息化、商務、國土資源、環境保護、工商行政管理、質量監督、地稅、國稅、海關、檢驗檢疫、邊防、金融監管、公安、道路運輸、路政海事、消防等主管部門可以在開發區設立機構或者派出監督員，辦理業務，實施監督管理。第十壹條開發區財政部門在業務上接受自治區財政主管部門的指導，對企業和個人的稅收分成和減免稅、退稅的確定，按照國家和自治區的有關規定執行。第十二條開發區管委會規劃、國土建設、環境保護主管部門根據委托，對開發區內違反土地、規劃、房地產、建設、環境保護法律法規的行為進行處罰。第十三條設立喀什綜合保稅區。綜合保稅區管理委員會受開發區管理委員會管理，其業務受海關監督和指導。其職能及相關稅收和外匯政策按照國家有關規定執行。第十四條開發區可以開展創新機制的先行先試，探索建立試錯豁免機制。第三章開發建設第十五條開發區管委會應當根據國家和自治區批準的規劃和目標，組織實施開發建設。