1)克隆會減少遺傳變異。克隆產生的個體具有相同的遺傳基因和相同的疾病敏感性，壹種疾病可以毀滅克隆產生的整個種群。可想而知，如果壹個國家所有的牛都是同壹個克隆產品，壹個輕微的病毒就可能毀掉整個國家的畜牧業。
2)克隆技術的使用會使人傾向於繁殖現有種群中最有價值的個體，而不是按照自然規律促進整個種群的優勝劣汰。從這個意義上說，克隆技術幹擾了自然進化過程。
3)克隆技術是壹項昂貴的技術，需要大量的資金和生物專業人士的參與，失敗率很高。多莉是277次實驗的唯壹結果。雖然開發了更先進的技術，但成功率只能達到2-3%。
4)轉基因動物增加了疾病傳播的風險。例如，如果生產藥用牛奶的奶牛感染了病毒，該病毒可能通過牛奶感染患者。
5)克隆技術應用於人體，將導致對後代遺傳性狀的人為控制。克隆技術引發的爭議的核心是是否可以允許在發育早期對人類胚胎進行基因操縱。這是很多倫理學家無法接受的。
6)克隆技術還可以用來創造“超人”，或者體格強壯但智力低下的人。而且，如果克隆技術能有效用於人類，男性將失去基因意義。
7)克隆技術對家庭關系的影響也將是巨大的。壹個從父親的DNA克隆出生的孩子，可以算是父親的雙胞胎兄弟，只是出生時間推遲了幾十年。很難想象當壹個人發現自己只是另壹個人的復制品時會是什麽感受。
8)克隆人不是正常人。
無論克隆技術如何發展，克隆人如何產生，他們都是人，本質上是年齡不同的兄弟姐妹，這使得人們很難處理克隆人的倫理關系。
克隆和創造人是“上帝”的職責
克隆不創造生命，只是從現在的生命創造生命。
克隆不是壹個自然的過程。
克隆利用自然發生的生育過程。雖然有人說克隆不是生育的自然形式，但可以說是在人工環境幫助下的生育過程。
11)克隆人沒有頭腦。
克隆人和正常人有壹樣的感情和感受，但是克隆人和克隆人的感受不壹樣。壹個眾所周知的例子是克隆希特勒。他會制造大屠殺嗎？雖然壹個人的性格部分是由基因決定的，是天生的，但是外在環境對壹個人性格的形成起著更大的作用。如果克隆的希特勒生活在現在的美國，那麽整個世界都處於穩定繁榮的狀態。這個希特勒不同於生活在戰後德國，充滿仇恨和廢墟的希特勒。
12)如果克隆壹個植物人和其他無意識的人，克隆的器官可以提供給人類。
壹方面克隆無意識的人是不道德的，另壹方面必須承認克隆無意識的人需要更敏銳的知識和技術。意識不具備可以通過基因隨便拿走的特性，也沒有獨立的DNA來決定意識是否存在。此外，很難證明壹個克隆人沒有自我意識。即使是植物人，我們也不得不承認他內心還是有意識的。
有研究人員從理論上證實，只有部分人體器官可以被克隆，科學家認為克隆的器官與母親有相同的基因，這樣在進行器官移植時排異反應就會少壹些。
好處:
1“克隆”作為壹種新的科技手段，是科學發展到壹定階段的必然產物。標誌著人類科技發展新階段的到來。為人類探索生命奧秘、研究生命發生發展規律提供了重要的技術手段。和人們掌握的其他科技手段壹樣，應該充分肯定。
“克隆”技術在保護珍稀動物和醫藥方面有很大的實用價值。“克隆”技術不僅先進，而且具有壹定的實用價值。
“克隆”是壹種科學技術。既然人類能掌握它，就壹定有辦法控制它，不會讓它危害人類社會。人們可以采取壹些措施，如制定法律或制定壹些法規，來限制這種技術的使用。所以不必談“克隆”色變，視“克隆”為洪水猛獸。