內部部門:政策研究室、秘書科、信息宣傳部、機要文件部、政府信息管理部、外事辦公室。
主要職責:辦公室是關區行政工作的職能管理部門，與總署辦公廳實行業務對口管理。主要負責海關業務的綜合調查；協調關區各部門的工作，建立關區內外的聯系；負責起草海關總署工作總結、報告等綜合材料；負責海關總文稿審核、總值班、督促監管、安排海關相關行政會議和政府信息管理；負責海關信息和對外宣傳；負責留言和消息的管理和保密工作；掌管海關總印章；集中管理所有外事和口岸協調工作；處理有關領導交辦的事務；同時承擔部分行政後勤管理職能。行政級別:主任級
內部部門:法律綜合部、貿易控制部。
主要職責:負責海關業務的綜合調研，研究關區海關業務，監督、檢查、指導和收集海關各業務職能部門和直屬單位貫徹執行國家和海關總署的方針、政策、法律法規和各項業務規定的情況；負責關區監管文件的審查、貿易管制措施的實施和知識產權保護的職能管理；承擔關區行政復議、行政民事訴訟、行政賠償、重要經濟合同審查、部分海關業務系統參數數據庫下載維護等工作；參與重大案件的審理，處理稅務糾紛；為關區重大行政行為提供法律咨詢和服務；組織海關政策和工作對策的理論研究，開展重大業務改革研究；負責政務公開，開展海關業務政策、法律法規宣傳教育，對外提供咨詢服務，管理對外公告；完成相關領導和總局政策法規司交辦的其他工作。行政級別:主任級
內部部門:審批組、業務綜合組、數據分析組。
主要職責:按照相關業務職能部門的管理規定和要求，負責組織報關單的電子審單集中審核、專業化集中審核和分類審核，管理和指導本關區各項業務的訂單現場審核和稅收征收工作；負責組織、協調、監督、指導申報管理、文件審核、回執審核、發證管理等相關規章制度的實施，組織研究或制定具體操作規程；負責單證審核作業的渠道管理和維護，組織單證審核作業、現場回執審核和稅收征收的績效分析和評估，提出改進建議和措施；負責單項審核、現場訂單審核、稅款征收過程中疑難問題的集中提交、分發、反饋管理，以及職能部門的監控、聯系事宜，根據職能部門的專業認定決定進行處置；負責單證審核過程中的風險分析，對單證審核過程和報關數據進行監控和分析，並按規定要求提出處置意見；負責票據刪除、修改、欠費減免、非政策性退稅、納稅、擔保等專項事務的管理和咨詢；參與H2000文件審核操作系統的修改、測試、運行維護和應急處理；與文件審核職責和管理相關的其他工作。行政級別:主任級
內部部門:減免稅審批與綜合部、價格與分類管理部、加工貿易管理部。
主要職責:主要負責組織實施關區年度稅收計劃，檢查、監督、考核關區稅收征管工作；負責具體減免的審批，辦理滯納金、監管費減免的審批或申報手續，負責減免貨物的後續管理；在關區內實施進出口貨物價格管理；研究落實加工貿易、保稅區、出口加工區等特殊監管區域開發管理的相關政策；負責關區加工貿易監管的指導和協調工作；承擔關區內設立保稅區、出口加工區申請的綜合管理和批準設立後的受理工作；研究提出加工貿易進出口貨物保稅監管的規章制度並組織實施；研究提出保稅倉庫、保稅工廠和出口監管倉庫進出口貨物海關審批和保稅監管的規章制度並組織實施；研究提出保稅區、出口加工區等特殊監管區域及其保稅貨物的海關監管規章制度並組織實施；負責加工貿易企業材料消耗和損耗標準的審批和管理；參與研究提出加工貿易保證金臺賬管理制度並組織實施；負責加工貿易各項數據平衡的動態監控和綜合統計分析。行政級別:主任級
內部部門:邊貿管理與綜合部、物流監控部、通關標準部。
主要職責:負責組織實施海關監管場所、進出境運輸工具和貨物的實際監控；負責進出口企業的管理；負責保稅倉庫、出口監管倉庫等海關監管場所的審批；與通關改革項目業務和技術方案、通關模式、操作流程相關的調研論證、組織協調、R&D和推廣；監管方式、海關區域代碼審批管理等。；其他與通關管理職能相關的工作。行政級別:主任級
內部部門:分析、評價與綜合部、統計部。
主要職責:負責海關統計制度的實施、貿易統計和海關業務統計；管理和維護統計數據庫和統計數據的質量監督管理；開展統計宏觀風險分析和執法評估，以及海關業務運行動態的檢測預警分析。行政級別:主任級
內部部門:審計壹科、審計二科、企業管理科。
主要職責:負責組織實施本關區進出口貨物的例行檢查、專項檢查、貿易調查和市場調查；組織實施關區企業進出口行為規範和對報關單位、報關員的管理；組織實施對本關區企業分類管理和報關資格的處罰。行政級別:主任級
內部部門:風險管理部、風險分析部和風險處置部。
主要職責:負責指導、協調和推進本關區的風險管理，組織實施本關區的風險分析和監控。行政級別:副局級
內設處室:辦公室、政治部、偵查處、監察處、法務部、信息技術部、緝私處、刑事技術鑒定中心、直屬支隊、瑞麗海關緝私分局、孟定海關緝私分局、河口海關緝私分局、西雙版納海關緝私分局、天寶海關緝私分局、騰沖海關緝私分局、大理海關緝私分局、思茅海關緝私分局、瑞麗緝毒犬基地。
主要職責:根據海關總署緝私局和海口海關對反走私工作的統壹部署和指揮，負責對本關區內的走私犯罪和其他行政違法行為進行偵查、拘留、緝捕和調查，行使刑事和行政執法職能。行政級別:主任級
內部部門:綜合業務部、通信網絡部、軟件部、計算機系統管理部、信息安全管理部。
主要職責:技術司是關區科技工作的職能管理部門，與總署通關管理司(科技司)實行業務對口管理。主要負責通關作業等海關業務所需的技術開發和技術支持；負責關區內信息網絡、計算機、通信、防偽等技術設備的維護和管理。行政級別:主任級
內部部門:財務部、基建預決算審計部、稅務部、資產管理部、綜合稅務部。
主要職責:財務司是關區財務工作和生產通關的職能管理部門，與總署財務裝備司實行業務對口管理。主要負責起草關區財務、基礎設施和生產管理的綜合規劃、年度工作計劃和各項財務管理制度和辦法，並組織實施；負責編制報關區各種資金的預算、結算和會計報表；負責各類資金的申請、分配、調度和管理；負責稅費、罰沒收入、未結算價格變動、保證金、抵押金、風險保證金、保證金的財務管理、驗證和核算，以及稅費的會計統計和各項財務職能的管理。行政級別:主任級
內部部門:幹部部、人事保障和老幹部部部、教育廳。
主要職責:負責制定關區人事工作的細則和管理辦法；監督、檢查和指導關區人事工作；負責海關機構設置、人員編制、幹部分類管理、招聘、考核、任免、交流、回避、辭職、辭退、退休、人事爭議復議和復審、工資福利、職工管理、老幹部管理等工作；負責安全、幹部教育培訓，以及企業報關員的培訓和資格考試。行政級別:主任級
主要職責:政工室(黨辦)是關區政治思想教育和黨務工作的職能管理部門，與總署政工室(黨辦)實行業務對口管理。主要負責貫徹黨的建設和幹部思想政治工作的方針政策；研究制定關區思想政治工作規劃，部署壹定時期關區理論學習、思想教育和精神文明建設工作；組織關區評先爭優，做好先進典型的培育、宣傳和推廣工作；制定關區黨的思想建設、組織建設和作風建設的規劃和計劃；完善並組織實施黨建工作的各項制度；負責指導和協調工會、* *共青團等的群眾工作。充分發揮社團的橋梁作用，開展健康有益的文化活動；負責對關區黨群工作和思想政治工作的監督檢查。行政級別:主任級
主要職責:監察室是負責關區紀檢監察工作的職能管理部門，與駐地監察局實行業務對口管理。主要負責組織實施紀檢監察法律法規，對關區廉政建設進行監督、檢查和指導；依法受理對監察對象的舉報、投訴和調查，並提出處理意見；負責受理對被監察對象違紀行為的投訴、復查和復核。行政級別:主任級
主要職責:督察稽查處是負責關區稽查執法檢查的職能管理部門，與總署督察處實行業務對口管理。主要負責研究制定海關稽查工作計劃，監督指導海關稽查工作；審計海關資金、預算外資金、走私手續費、稅收征管、罰沒收入、基建資金、維修資金、外匯等財政和財務收支；負責離任審計、項目審計以及聯系、組織和協調外部審計的接受；承辦總局監察室交辦的各類專項審計。