本條例所稱水產苗種，是指用於水產養殖、水產生產、科學研究和觀賞的水生動植物的親體、幼體、仔魚、受精卵、孢子及其遺傳育種材料。第三條省、市、縣(含縣級市、區，下同)漁業行政主管部門主管本行政區域內的水產苗種工作，其所屬的水產苗種管理機構具體負責水產苗種管理工作。
工商、質量技術監督、交通運輸、海關、出入境檢驗檢疫等有關部門應當按照各自職責，依法做好水產苗種管理工作。第四條水產苗種管理應當堅持保護與開發並重的原則，維護生物多樣性，積極開發名優水產品種。第五條縣級以上人民政府應當加強水產良種體系建設，根據水產養殖需要制定水產良種發展規劃，鼓勵和支持單位或者個人開展水產良種繁育和技術開發，實現水產苗種生產的標準化和產業化。第六條縣級以上人民政府應當設立專項資金，支持優良水產品的引進、繁育和推廣。第七條縣級以上漁業行政主管部門應當組織科研、教學和生產單位有計劃地培育優良水產新品種；建立優良水產新品種選育示範基地，積極指導優良水產新品種的利用並提供技術咨詢；制定並定期公布本地區適宜推廣的優良水產品目錄。第八條縣級以上漁業行政主管部門應當開展水產苗種病害監測預報，組織水產苗種病害檢疫，制定水產苗種病害防治方案，重大水產苗種病害應當及時向當地人民政府和上壹級漁業行政主管部門報告並通報有關部門，防止水產苗種病害的傳播和蔓延。第九條省漁業行政主管部門應當根據漁業資源狀況，制定漁業資源增殖放流計劃，組織實施向自然水域放流生產種苗。具體放流辦法由省漁業行政主管部門根據國家有關規定制定。
各級財政部門應當安排漁業資源增殖放流所需經費。鼓勵社會資金用於漁業資源增殖放流。第十條省漁業行政主管部門應當有計劃地組織水產苗種場和苗種場的建設。省級水產苗種場、良種場的認定辦法由省漁業行政主管部門制定。第十壹條從省外引進水產新品種和人工雜交培育新個體，必須進行壹個以上養殖周期。原水產品經省水產審定委員會審定，適宜在我省養殖的，經省漁業行政主管部門公告後，方可推廣經營。
通過基因工程技術培育新個體，應當符合國家有關規定。第十二條用於雜交生產商品水產苗種的親本必須是純系群體。可育的水生雜種不得作為親本進行繁殖。
繁殖可育水生雜種個體和通過生物技術改變遺傳性狀的個體及其後代，必須建立嚴格的隔離和防逃措施，禁止放入江河、湖泊、水庫、海域等自然水域。第十三條水產苗種生產實行許可制度。水產苗種生產許可證由縣級以上漁業行政主管部門審批。但是，漁業生產者不包括自育自用的水產苗種。水產苗種生產許可證由省漁業行政主管部門統壹印制。
(壹)省級水產苗種場、苗種場，海水生產規模5000立方米以上的苗種場和淡水生產規模1億的苗種場，由省級漁業行政主管部門審批；
(二)海水苗種生產規模2000立方米以上5000立方米以下的苗種場和淡水苗種生產規模5000萬尾以上6543.8+0億尾以下的苗種場，由市漁業行政主管部門審批；
(三)海水苗種生產規模2000立方米以下的苗種場和淡水苗種生產能力5000萬株以下的苗種場，由縣級漁業行政主管部門審批。第十四條申請水產苗種生產許可證的單位和個人應當具備下列條件:
(壹)生產場地符合規劃要求，水質符合國家漁業水質標準；
(二)用於育種的親本質量符合種質標準；
(三)生產設施符合水產苗種生產技術操作規程的要求；
(四)有相應的水產苗種生產和檢驗技術人員。第十五條水產苗種生產單位和個人應當按照水產苗種生產許可證規定的範圍和種類進行生產。確需改變生產範圍和類型的，應當到原審批機關辦理變更手續。
水產苗種生產許可證的有效期為三年。合同期滿需要續簽的，應當在期滿30日前向原審批機關提出申請，並辦理續簽手續。
禁止偽造、塗改、買賣或者出租水產苗種生產許可證。