梅花山優越的森林生態環境為野生動物的生長繁殖創造了得天獨厚的條件，成為野生動物的避難所和天然動物園。哺乳動物100多種，鳥類300多種，兩棲動物30多種，爬行動物60多種，山澗魚類36種，浮遊動物近100種。只有華南虎、金錢豹、雲豹、羚羊、黑鹿、黃腹錦雞、白肌錦雞和蟒蛇是國家壹級保護動物。龍巖市委、市政府高度重視梅花山旅遊綜合開發，建立了梅花山旅遊綜合經濟區。1998年6月，華南虎救助中心在中國龍巖梅花山成立，華南虎園在上杭縣步雲馬坊茶盤洞成立。虎園裏還有“蛇園”和“猴國”。
梅花山自然保護區地理位置獨特，野生動物資源豐富。為保護梅花山珍貴的森林生態系統和奇特的自然景觀，1985年5月，福建省人民政府批準建立閩西梅花山自然保護區。1988 9月經國務院批準，梅花山自然保護區升級為國家級森林和野生動物自然保護區；1992年2月，在原林業部與世界自然基金會聯合舉辦的“中國自然保護優先領域研討會”上，該自然保護區被確定為“現存華南虎數量最多、活動最頻繁”的世界級自然保護區。1992 11 10月，在中國生物多樣性保護行動計劃第二次研討會上，自然保護區被列入《中華人民共和國生物多樣性保護行動計劃》和《中國優先保護生態系統名錄》中“物種豐富，特有物種豐富，是東亞植物區系華中、華南和華東的交匯點”。1993加入中國人與生物圈保護區網絡；1998根據國家林業局《關於進壹步加強國家級自然保護區管理工作的通知》精神，經龍巖市委批準，福建梅花山國家級自然保護區管理處更名為“福建梅花山國家級自然保護區管理局”。
梅花山自然保護區的地理位置和地貌特征極其獨特。保護區的地貌特征主要是中山地貌，中間高，四周低，西高東低。山地面積占96.3%，丘陵和盆地占少數。海拔1，000米的山峰超過46座，最高峰石門山海拔1，81米..地質地層主要是侵入花崗巖；氣候特征為中亞熱帶向南亞熱帶過渡地帶，年平均氣溫13-18℃，無霜期280天。年降水量2000mm，降水周期長，降水量大，是福建省暴雨中心之壹。由於地質斷裂構造和流水深切的影響，在最高峰石門山和將軍山周圍形成放射狀水系。是福建省閩江、汀江、九龍江的主要發源地之壹，被譽為“三江之水”、“八閩母山”。
梅花山氣候宜人，四季常青。由於獨特的地質、地貌、植被、氣候等地理因素，形成了多層次、多類型的自然旅遊資源。梅花山廣袤的森林，就是這個秘密王國的寶藏。據調查，維管植物***172科，676屬，1490種，30個亞變種。其中，40余種屬於稀有、珍貴、瀕危樹種。如:柏樹、觀賞木、傘花、穗、鐵杉、巴戟天、肉桂等。據初步調查，梅花山共有哺乳動物62種，鳥類166種，爬行動物69種，兩棲動物29種。其中列有華南虎、雲豹、金錢豹、黑熊等國家重點保護野生動物42種。梅花山動植物資源豐富，被稱為“天然基因庫”，是研究動植物分類、森林生態和植物群落的理想基地，吸引了眾多生物學家、地理學家和海外探險家。“森林浴”是當今世界新興的旅遊項目。這裏充滿了神奇而原始的森林景觀，能使遊客置身於大自然綠色的懷抱中，呼吸森林中富含負氧離子的新鮮空氣，促進新陳代謝，陶冶情操，達到身心鍛煉和治療的效果。
梅花山青山疊翠，山峰陡峭，自然景觀獨特。如綿延數公裏的黃連夢達崖，高山瀑布有興隆瀑布、龔升瀑布、鐵山羅底西寨瀑布等。有秋山的鷹石、何炅的姊妹石、馬坊的倉房石、鐵山羅底的三層石、米洞等大源村的奇石，還有馬頭山寺、南滿王墓、醴陵步雲書院等人文景觀。閩西民歌:“梅花十八洞，洞十八洞，洞十八洞，洞十八金椅”。金椅子指的是地下礦產資源。目前已發現和開發的有鐵、錳、鉛、鋅、鎢、煤、磁鐵礦、水晶石等。由於梅花山自然保護區獨特的地理位置和地貌特征，區內自然資源呈現出明顯的生物多樣性和自然景觀多樣性。據科學考察和森林資源調查，保護區內共有維管植物184科，734屬，1628種(含變種和亞種)，其中蕨類植物107種，被子植物1499種，裸子植物22種。陸棲脊椎動物362種，占全國總數的1/7，其中哺乳動物66種，鳥類198種，爬行動物69種，兩棲動物29種，魚類65種，昆蟲2000多種。這些野生動植物物種中有許多是古老、稀有和瀕危的。據統計，國家重點保護植物18種，其中國家壹級保護植物杜仲、南方紅豆杉、蒓菜3種，國家二級保護植物15種，省級保護珍稀瀕危植物53種。重點保護動物45種，其中華南虎、豹、梅花鹿、蟒蛇8種，黑熊、獼猴、金貓37種。梅花山物種豐富，資源豐富，被中外專家譽為“重返沙漠地帶的綠寶石”和“動植物資源基因庫”。
1991年，世界野生動物基金會(WWF)和林業部的專家對福建、廣東、湖南、江西四省的華南虎進行了野外種群調查，並得出結論:“華南虎這壹中國特有的虎種，不僅在梅花山生存繁衍，而且仍然頻繁活動。梅花山自然保護區是現存野生華南虎數量最多、活動最頻繁的地區。”稱贊梅花山是“華南虎的故鄉”，“華南虎最理想的棲息地”。因此，華南虎被國際自然保護聯盟和自然資源保護聯盟列為世界上最瀕危的物種。65438-0998，梅花山自然保護區在龍巖市委、市人民政府的大力支持下，在全國率先啟動拯救華南虎項目，先後從蘇州、桂林調運6只華南虎，開展華南虎野生繁育工作。同時，投資14萬余元，在保護區外緣上杭縣步雲鄉馬坊村建設了占地近7000畝的“中華虎園”。三年來，老虎研究所的工作人員精心實施繁育技術，使5號公虎和4號母虎成功交配，2001和2002年自然繁育出6只幼崽，存活5只。華南虎數量的不斷增加表明華南虎在高海拔地區的袁野式散養取得了突破。
依托華南虎野生繁育基地，梅花山的華虎園還建立了食草動物(偶蹄類動物)的放牧區。公園裏有30多只梅花鹿、麂、小馬，還有很多獼猴、孔雀、天鵝等珍稀動物。梅花山自然保護區生態公益林保護工程、華南虎棲息地保護工程的立項和“中華虎園”的建設，不僅讓梅花山這塊“回歸荒漠地帶的綠寶石”大放異彩。梅花山奇特的景觀和豐富的珍稀資源也成為師生和科研人員的最佳科研基地，是中外遊客遊玩的理想去處。