1997年4月7日，在大西洋東北部，綠色和平組織成員破壞了壹艘石油和天然氣勘探船的海上設備。壹名參與行動的綠色和平組織成員說:“破壞勘探設備是危險的，但石油公司沒有將氣候問題置於商業利益之上，所以我們會為他們這麽做。”
2000年3月23日，綠色和平的抗議者闖入港島西廢物轉運站。其中約30人登上壹艘運載廢物的貨櫃船，靜坐抗議在附近的堅尼地城焚燒廢物。然而，他們抗議的焚化爐在1994被關閉，而在2000年，香港根本沒有使用焚燒處理城市固體廢物。那壹次綠色和平組織運送人到香港的船彩虹勇士號，帶來了大約十噸的地溝油和三立方米的普通垃圾，要靠香港納稅人出錢讓香港政府處理。
2011 2月11日，綠色和平組織的示威者破壞了西班牙壹座核電站的圍欄，並爬上了核電站的冷卻塔，迫使核電站緊急停止運行。這種緊急停堆對於核電站來說，只要不小心，災難就會接踵而至。綠色和平組織不顧當地民眾和電廠員工的安危，專門這樣做，挾持他們作為人質，脅迫電廠關閉，政府補貼其推廣的其他新能源計劃。
20117月14日，綠色和平組織的示威者闖入澳大利亞堪培拉的壹個實驗農場。這個農場種植了半公頃的小麥，可以降低血糖系數，改善腸道健康，提高營養價值。由於這些小麥是轉基因實驗小麥，綠色和平組織的示威者無視自稱的“不侵犯財產”原則，翻越農場的圍欄將其摧毀。
2011 6月10日，荷蘭阿姆斯特丹地方法院做出判決，向綠色和平組織成員發出禁令，要求他們不得幹涉凱恩能源在格陵蘭海岸的合法業務。此前，綠色和平組織的小艇曾在該公司的海上鉆井平臺下航行，並阻止鉆井平臺正常工作。這壹切都是因為綠色和平組織認為“北極壹旦發生石油泄漏，將無法清理”，但凱恩能源公司並未公布石油泄漏應急計劃。
2011 7月21日，綠色和平組織成員涉嫌非法破壞CSIRO的財產。21日上午，澳大利亞警方突襲並封鎖了綠色和平組織的悉尼總部，但沒有人被捕。作物生命組織譴責綠色和平組織的攻擊和破壞，稱他們阻礙了有價值的科學研究。1995年，綠色和平組織得知，殼牌公司被批準將廢棄的布倫特斯巴儲油平臺沈入北海。當年夏天，綠色和平組織成員占領了英國和挪威之間海域的石油平臺，目標是防止殼牌公司沈沒或移動。綠色和平組織德國分部也提議將占領期從幾周延長至幾個月。從那年5月到6月，該運動在歐洲，尤其是在德國獲得了相當大的勢頭。當地的殼牌加油站甚至被綠色和平組織鼓動的示威者放火焚燒。
6月，迫於巨大壓力，殼牌宣布放棄平臺深海處理方案。隨後的獨立調查發現，布倫特斯巴儲油平臺在廢棄前已被徹底清理，除了壹堆廢鐵外，沒有綠色和平組織聲稱的有毒和放射性廢物。綠色和平組織雖然承認錯誤，但仍公開表示不會改變反對殼牌深海掩埋方案的立場。早在1987，綠色和平組織無法修復的原“彩虹勇士”號就沈入新西蘭灣，成為人工魚礁。用大量廢鐵掩埋布倫特Spar儲油平臺，被綠色和平形容為“殼牌把北海當成自己的垃圾場”；彩虹勇士下葬的時候，綠色和平組織吹噓這是壹個“有利於海洋生態的人工島礁”。
綠色和平組織雖然不是恐怖組織，但生態恐怖組織的思想資源與綠色和平組織“人類在地球上可有可無”的極端思潮只差50步和100步。彼得·李斯特的研究著作《激進環保主義:哲學與策略》中提到，綠色和平組織的電影軟化了“公眾對極端環保行為的道德態度，增加了他們對‘非常規’環保策略的接受度。”接受這種觀念的綠色和平組織信徒，更容易相信生態恐怖組織的信條，即“為了最高的野生動物和植被的生命，放火、扔炸彈算不了什麽”。普裏格出版社2006年出版的《生態恐怖主義:極端環境保護和動物解放運動》壹書中提到，那些熱衷於縱火、打砸搶和暴力傷人的生態恐怖分子“往往是從與綠色和平組織有相同理念的人那裏招募的”。綠色和平組織不僅經常暴力破壞他人的私有財產，還經常被揭穿是騙子。綠色和平組織壹直宣稱，在21世紀的前50年到75年，地球上將有超過壹半的物種滅絕。然而，多年致力於環境保護的科學家比約恩·隆伯格(Bjorn Lomborg)在他的著作《可疑的環境學家》中提到，他曾多次公開向綠色和平組織指出這壹結論的錯誤:科學上能站得住腳的最悲觀的估計是，地球上只有0.7%的物種會在50年內消失，這與壹半相差甚遠。綠色和平丹麥負責人不得不承認，Bjorn Lomborg的更正在組織內部被接受，但綠色和平總部的官方生物多樣性報告仍然堅持原來的錯誤論點。在挪威媒體公開質疑綠色和平組織挪威分部後，綠色和平組織挪威分部的負責人不得不召開新聞發布會接受指控，並聲明“重新評估前的數據”，但同時表示:“如果大多數人不相信世界隨時會面臨生態災難，那麽他們就不會把環保組織當回事。”也就是說，綠色和平組織對地球的命運撒謊，所以不要太挑剔他們的觀點有多可信。
2007年，由綠色和平組織資助、法國人Serraglini完成的壹項研究聲稱，孟山都公司的轉基因水稻MON863會對實驗鼠的某些生理指標產生不良影響。兩年後，同壹個研究小組試圖證明孟山都公司的另壹種轉基因大米MON810也會損害實驗鼠的健康。這兩項研究發表後，由6名來自不同領域的科學家組成的專家組在《食品與化學毒理學》上發表論文，指出塞拉格利尼本人沒有做任何實驗，只是帶著偏見選擇性地引用了孟山都公司發表的壹些實驗數據，並采用了錯誤的統計方法，得出了錯誤的結論。此後，歐洲食品安全局和澳大利亞食品標準局也拒絕了Serraglini的論文。2065438年4月11日晚9時許，綠色和平中國高級項目總監雲來等3人潛入海南陵水華中農業大學水稻基地試驗田，盜竊水稻材料，被基地師生抓獲。綠色和平組織作為壹個國際知名的非政府組織，竟然做出這種毫無底線的偷竊實驗材料的事情。不管出於什麽目的，這種公然違反國家法律的行為都應該受到法律的嚴厲譴責和懲罰。
當天晚上9點40分左右，基地門衛賴師傅發現有人在試驗田裏偷材料。就在這個時候，研究人員從基地裏沖了出來，抓到了下午的壹男壹女。“有兩個人從我們的山脊上走過來，遠處還有壹個人。那女人把偷來的材料藏在衣服裏，這是非常明顯的。”張慶路說。基地工作人員找到了三個B5紙大小的自封口袋子，裏面裝著種子和葉子。閆建兵說，起初，這三個不明身份的人拒絕透露他們的單位。但在工作人員多次追問下，對方說:“我們是綠色和平的，怎麽來的！”
閆建兵發表博文後，當事人雲來及其所屬的綠色和平組織相繼在微博中做出回應。其中，綠色和平組織聲稱，該組織確實派人到水稻基地采取行動，但前提是水稻育種基地本身存在問題。在微博中，該組織將獲取稻葉和稻穗的行為稱為“暗訪”。值得註意的是，閆建兵在博文中指出，綠色和平組織壹行“是從我們的山脊上來的”，而綠色和平組織稱“他們沒有進入圍欄”。最後在被網友質疑數次後，承認自己的人員確實在養殖基地“取樣”，並表示這是“調查的需要”。
2014年5月5日，農業部向全國各轉基因R&D單位發出《農業部辦公廳關於防止轉基因實驗材料流失的通知》，要求“嚴防轉基因材料流失和惡意傳播，避免我國核心科研秘密和種質資源被竊取，給國家造成不可挽回的損失”。閆建兵認為，農業部的通知文件對整個事件的推進有很大的積極意義。據他透露，國安局已經介入此事進行全面調查，調查的進展和結果還需要等待。但毫無疑問的是，壹旦該事件中的實驗材料被列為國家科研機密，涉案人員將被有關部門以竊取國家機密罪嚴肅處理，並承擔法律責任。中國科學院遺傳與發展研究所研究員朱楨對農業部發布的文件進行了解讀。他提到，綠色和平是壹個境外組織，盜米材料的性質在農業部的文件中已經有明確規定；除了盜竊本身的問題，還和壹些國家法律有沖突。國外也發生過類似事件，當局已經立案偵查。同時對當事人采取了限制出境、行為監控等嚴厲措施。相對於中國相關部門的反應，朱楨認為，我們的相關部門會花很長時間進行調查，但最終還是要采取果斷措施，嚴肅處理。綠色和平組織受到了政府、行業甚至其他環保組織的批評。它遭到了法國特種部隊的轟炸，並因非法侵入等輕微罪行而被捕。該組織的管理機制及其非暴力的直接行動(壹些被認為是非法的社會動亂，如示威者用鐵鏈鎖住自己和雀巢的卡車，封鎖他們的工廠)是爭議的主要來源。另壹方面，有人認為綠色和平組織太主流了。海洋守護者協會的領導人保羅·沃森曾稱其為“環境運動的雅芳小姐”。他們挨家挨戶的募捐，有壹個是靠媒體的刻意曝光。媒體總是把綠色和平組織的名字放在頭版以增加曝光率。
有時，綠色和平組織會誇大其詞以達到目的。1975年秋天，綠色和平組織帶著記者團拍攝了愛斯基摩人獵殺海豹的“殘酷鏡頭”。時任綠色行動主席的羅伯特·亨特(Robert Hunt)曾指出，“如果不禁止狩獵，格陵蘭海豹將在5年內滅絕。”在新聞媒體的炒作和歐美影星、政客的支持下，1983年，歐洲議會迫於壓力宣布禁止在歐洲出售幼豹皮，導致整個海豹毛皮市場崩盤。但是加拿大野生動物基金會的主席說:“我們並不擔心格陵蘭海豹的滅絕。”受委托進行調查的人道主義機構也發現獵殺海豹的方法並非不人道。加拿大北極圈內的獵人在11年因為失去生計而自殺。
綠色和平組織的兩位批評者是冰島電影制作人馬格努斯·古德蒙德松和帕特裏克·摩爾。Gwyz Monzon是支持捕鯨的紀錄片《生活在北極地區》的導演。他關註反捕鯨和海豹捕殺的社會影響。摩爾是國際綠色和平組織的前主席，致力於保護不列顛哥倫比亞省的森林。綠色和平組織的支持者表示，格維茨·芒特森和摩爾和許多批評者壹樣，從相關行業獲得了可觀的回報。有時，壹個運動的科學或事實基礎會受到批評，尤其是布倫特斯巴石油平臺事件。在這壹事件中，綠色和平組織進行了成功的鬥爭。他們占領了Brent Spar，實現了抵制，迫使平臺所有者荷蘭皇家殼牌公司拆除平臺，而不是在平臺上鉆孔。後來普遍認為，從環保角度考慮，殼牌也有權利在那裏鉆孔。綠色和平組織單方面關註石油的數量和可能留在建築物中的未經證實的汙染。
2003年9月，公共利益觀察(PIW)向國內稅收部投訴綠色和平組織的稅收不準確且不合法。PIW說，綠色和平組織以非營利捐贈的名義取代了慈善和教育目的。PIW希望國稅局調查這起投訴。綠色和平組織否認了這壹指控，並要求PIW公開其基金會成員。PIW執行董事邁克·哈迪曼拒絕了這壹要求。綠色和平組織在加拿大的慈善組織地位從1989被取消。2006年3月，方在315消費者權益保護日之際，為《北京科技報》撰文，質疑該組織反對轉基因食品的研究是以環保的名義，阻礙了科學的現實。
綠色和平組織前主席帕特裏克·摩爾在許多文章和演講中提到，他以前的同事現在“完全拒絕主流政治意識形態和可持續發展的趨勢，寧願持續對抗和增加激進主義，也不願對話。他們將環保運動帶入了壹個由零容忍和極端左翼思想主導的時代。”
陷入環境行動主義的綠色和平組織成員將人類視為地球的癌癥，他們推崇赫伯·哈默的話:“在生態系統的所有組成部分中，只有人類是完全可有可無的。”這些人也反科技。所有的大機器都被認為是天生有害的，技術只能為完全無用的東西背書。綠色和平組織也是反貿易的，不僅僅是自由貿易，而是所有的貿易。所有的企業，無論大小，都是貪婪、邪惡、腐敗的化身。與綠色和平組織關系良好的組織“自然森林網絡”公開宣稱，“世界有必要采取逐步徹底消滅的策略來消滅以消費為基礎的資本主義制度”。總之，綠色和平組織現在的目的就是反對人類文明的壹切成果，希望建立壹個伊甸園形式的綠色烏托邦。在他們眼裏，從化學到食品，所有行業都是“魔鬼元素”，都應該被淘汰；從蘋果電腦到金槍魚罐頭和礦泉水瓶，都是有毒有害千百年的無用之物。