協會的業務活動、黨組織建設、相關人事和外事工作分別由相關業務司局、部直屬機關黨委、人事教育司和外事司負責。
社團的年度登記檢查和違法違紀行為的查處，由民間組織管理部門負責。
受部委托，中華慈善總會主管民間組織管理工作；中國社會福利協會、中國假肢協會、中國殯葬協會主管社會福利和社會事務司；中國救災協會由救災部主管；中國社會工作者協會由辦公廳主管；中國行政區劃地名研究會由地名處主管；中國老年學協會、中國老年學協會、中國老年學基金會由中國老年學協會主管。
主管廳、局(處)不得向社團謀取任何經濟利益。第四條社團必須認真執行黨的政策，遵守國家法律法規，自覺接受民政部和授權廳、局(處)的管理。第五條社團變更法定代表人，由主管業務司局(處)推薦，人事教育司審核，部黨組研究同意，理事會(常務理事會)討論通過，向民間組織管理局申請變更登記。第六條秘書長以上的社團負責人更換的，由人事教育司會同業務主管司、局(處)對擬任負責人進行審核，社團按照章程履行民主程序後，到民間組織管理局辦理相關備案手續。第七條。部委機關的在職公務員不得兼任社會團體的領導職務。因特殊情況確需擔任社團領導職務的，必須按幹部管理權限審批，並按照章程履行民主程序後，由社團管理機構辦理相關手續。第八條在群眾組織常設辦事機構中，應當按照中央組織部、民政部《關於在社會組織中建立黨組織有關問題的通知》(組通字(1998)6號)的規定，建立健全黨組織。第九條社團變更名稱(住所、業務主管部門、註冊資本)，按照章程履行民主程序，經業務主管廳、局(處)審查後，向民間組織管理機構申請變更登記。
協會修改章程，應經業務主管廳、局(處)審查同意後，向民間組織管理局申請批準。第十條社團分支機構、派出機構的設立(變更、撤銷)，應當經理事會(常務理事會)討論通過，並經業務主管廳(局)審查後，向民間組織管理局申請辦理相關登記手續。第十壹條社團開展外交活動和申請因公出國，由主管業務司、局(處)審查，外事司審批。第十二條協會開展重大業務活動，如舉辦大型研討會、展覽會等。，應經主管業務司、局(辦)審批。第十三條社團經費的主要來源:
(壹)會費；
(二)協會發展基金的利息；
(三)開展咨詢、培訓、研究等有償服務活動；
(四)按照約定設立或者管理與目的業務相關的實體取得的收入；
(5)政府部門的資助；
(6)社會捐贈。第十四條社團接受和使用捐贈、資助，必須符合章程規定的宗旨和業務範圍，遵守國家有關規定，並經民間組織管理機構指定的會計師事務所審計。經部批準設立的協會發展基金，不得以任何理由動用本金。第十五條協會應根據國家財政部門的有關規定，建立健全財務管理制度，聘請合格的財會人員從事財務工作，定期公布財務收支情況，並接受部和有關部門的財務審計監督。第十六條成立與社團宗旨和業務相關的單位，由主管業務司、局(處)審查同意，報部領導批準，按有關規定向工商行政管理部門登記，並向民間組織管理局備案。協會要加強管理，切實對其設立的和部委托的實體負責。各協會不得接受相關社會團體的掛靠。第十七條協會於每年3月對上壹年度的工作和財務情況進行自查，按規定提交年檢報告並接受會計師事務所的財務審計。上述材料經業務主管司、局(處)簽署相關意見後，報民間組織管理局審批。第十八條社團申請註銷登記，應當在業務主管廳、局(處)的指導下成立清算組織，完成清算工作，並提交法定代表人簽署的註銷登記申請書、業務主管廳、局(處)的審查意見、同意註銷登記的部務辦公會議紀要和清算報告。民間組織管理局註銷登記後，發給登記文件，收繳協會的登記證、印章和財務憑證。
本辦法未涉及的事項，按照《社會團體登記管理條例》和國家有關規定執行。