承擔制定和監督執行機關的議事規則和工作制度，承擔機關的綜合、文秘、檔案、會議、信息、監察、信訪、安全、保密、財務和政務公開工作。
人事處
制定自治區林業人才培養計劃並組織實施；負責承辦機關和直屬單位的人事、勞資、機構編制、專業技術資格評審工作；承擔和指導全區林業隊伍建設。
黨委
履行黨章賦予的職責，完成黨章規定的基層組織的基本任務；負責辦事處職工的思想政治工作，開展社會主義精神文明建設活動；協調黨組民主生活會，組織領導幹部中心組學習；負責機關及直屬單位的黨群工作。承擔全區林業行業思想政治工作研究會的日常工作。
紀檢組、監察室
負責林業系統紀檢監察工作，協助黨組整頓黨風，重點檢查監督處級以上黨員幹部執行黨的路線方針政策情況；查處領導幹部違紀案件，提出處理意見；負責巡視、監督、宣傳工作，協助黨組管理本系統紀檢監察組織和幹部，領導(指導)紀檢監察工作；受理投訴和申訴，完成區紀委、監察部門和部門黨組、行政領導交辦的工作。
內蒙古自治區紀委駐林業廳紀檢組副組長、監察室主任韓寶峰，
退休人員辦公室
壹是擬定機關系統老幹部工作計劃、活動安排、預算，並組織實施。
二、負責離退休人員的組織管理，協助管理部門做好生活管理工作。
三、組織和指導本部門老幹部的工作，配合和協調本單位與管理部門的業務關系。
四、完成部門領導交辦的任務。
五、接受街道主管部門的業務指導。
規劃和統計司
研究提出自治區林業發展戰略、中長期發展規劃和年度計劃，並組織實施；管理自治區級林業資金，監督全區林業資金的管理和使用；組織和指導全區林業及其生態建設生態補償制度的建立和實施；管理林業重點建設項目，編制並組織實施部門預算；監督國有林業資產和機關及直屬單位資產；指導全區林業會計、審計、統計和對外經濟工作。
財務審計局
根據國家有關財務規定，管理自治區林業資金，對基礎會計工作進行規範化管理；負責全區財務(直屬單位預算、自治區專項資金預算、國家林業局財務司管理的事項)和財務項目管理(貸款、評估、價格、質量核算)；負責日本合作貸款援助項目的管理和天然林保護工程區的社會協調；負責財政年度決算的申報和審批；監管國有林業資產和部門及直屬單位資產；負責林業行業會議會計和林業稅費的管理和監督；負責全區林業項目審計、直屬單位財務收支審計和對外經濟工作。自治區林業基金站負責籌建。
治沙造林辦公室
組織、協調、指導和監督全區造林工作，制定標準和規定，並監督實施；組織和協調國際防沙治沙公約在全地區的實施；指導培育各類公益林、商品林和特種用途林，承擔植樹造林、封山(沙)造林、植樹種草等水土流失防治工作；組織和指導林木種苗和森林病蟲害的預防、檢疫、預測預報工作；指導全區國有林場(苗圃)、防沙治沙站和森林公園的建設和管理；組織實施與氣候變化相關的林業工作；承擔自治區綠化委員會的具體工作。
森林資源林政管理處
組織和指導全區森林資源管理工作，組織全區森林、陸生野生動物和濕地資源的調查、動態監測和評價，監督檢查造林和封山(沙)育林驗收；制定森林資源可持續經營的政策、措施和技術規程，編制並監督實施森林采伐限額，指導和監督林權證的采伐和運輸；承擔林權相關管理工作，承擔依法應由自治區人民政府批準的征占用林地事項的初審和國有森林資源資產產權變動審核；管理和監督自治區各地森林資源監督機構和林業調查規劃單位的業務和規範化建設，指導基層林業機構的建設和管理；組織指導天然林保護工程，負責自治區陸生野生動物資源的保護、合理開發利用和瀕危物種進出口管理；指導全區森林、陸生野生動物和濕地自然保護區的建設和管理；組織和協調有關國際公約的實施。
森林警察
1，貫徹執行國家和自治區的有關法律法規和森林公安工作的方針政策。
2、負責森林公安隊伍建設、警用裝備、警用檔案、警銜管理。
3.組織指導全區森林和野生動物資源保護工作，維護轄區社會秩序，協調監督，查處破壞森林和野生動物資源的重特大案件。
4.負責全區森林公安法制工作，指導和辦理全區森林公安行政復議、訴訟和國家賠償，代理行政訴訟案件。
5、負責全區森林公安的裝備管理。
6.指導和管理全區森林公安網絡建設，負責組織全區森林公安業務應用軟件的推廣和技術培訓。
7.承辦國家林業局森林公安局、自治區林業廳和公安廳交辦的其他工作。
防火指揮部辦公室
承擔自治區防火指揮部的日常工作；承擔消防宣傳教育、火災監測、火災風險預測、火災調度統計和火災信息發布；組織協調武裝森林警察部隊、航空護林站、撲火隊開展撲火預防工作，指導和監督火災案件的調查處理；協調和指導邊境地區以外的消防工作；管理消防材料；協調解決地區之間、部門之間有關森林草原防火的重大問題。
科學技術部
組織和指導全區林業科學研究和技術推廣工作，組織和指導林業科技體制、林業創新體系和林業技術推廣體系的改革；承擔林業標準化、林業技術監督、林產品質量監督和植物新品種保護管理的相關工作；指導基層林業科技機構的建設和管理；負責組織、指導和申報林業科研項目；負責林業學會的工作。
宣傳辦公室
負責全區林業宣傳工作，起草全區林業宣傳工作計劃並組織實施，撰寫林業宣傳重要稿件並收集、篩選各類林業稿件，組織全區林業系統大型會議的宣傳報道，負責中國綠色時報記者站的日常工作。
林業對外合作辦公室
負責編制全區林業生態建設利用外資中長期規劃，制定項目管理辦法，並組織實施；負責利用外資項目的申報和實施，並對利用外資進行監督管理。
1.組織外資項目的審查和篩選，負責備選項目庫的建立；
2.負責外資項目的申報及項目實施過程中的協調、管理、監督和檢查；
3.研究制定項目實施檢查技術和政策方面的管理規定，協調解決項目實施過程中的重大問題；
4、負責組織和審核項目資金提款報賬工作；
5.監督項目配套資金的落實，組織項目招標采購；
6、負責項目管理人員的業務技能培訓；
7、負責外資項目的匯總、統計分析和檔案管理；
8.配合審計部門對項目進行年度審計；
9、負責接待和洽談林業外商投資項目的有關代表團。
信息辦公室
擬定全區林業信息化和林業電子政務建設的規劃和實施方案並組織實施；負責自治區林業信息網絡骨幹平臺的建設、運行和維護；負責全區林業信息開發利用、業務培訓和信息服務。
林業產業司
編制全區林業產業化發展規劃和產業政策並監督實施，制定林業資源優化配置政策；指導全區林業產業結構調整，負責林木、林產品加工、林產化學品和森林資源綜合利用的行業管理；指導山區(沙區)綜合開發和境外森林資源開發。
農村林業改革和發展辦公室
組織指導全區林業改革和農村牧區林業改革發展，指導和監督集體林權制度改革方針政策的貫徹實施；制定農村牧區林業發展和維護農牧民林業經營合法權益的政策措施，並指導實施；指導農村牧區林地承包經營、流轉和林權管理工作，指導協調全區林業行政執法和執法監督工作，協調監督重大林業行政案件查處工作；制定並組織實施林業法制宣傳教育規劃和年度計劃。
大興安嶺森林公安局
壹、貫徹國家和自治區關於森林公安工作的方針政策，根據國家有關法律法規和林業工作方針政策，擬定大興安嶺國有林區森林公安工作方案，並組織實施。
二、負責大興安嶺森林公安隊伍建設和警種規劃，管理警種檔案和警銜。
三、負責大興安嶺國有林區森林和野生動物資源的保護，協調監督，查處破壞森林和野生動物資源的案件。
四、負責組織處理轄區內的刑事案件和治安案件；負責轄區反恐、反邪教、禁毒工作和特殊行業管理，維護轄區社會穩定和治安秩序。
五、負責指導、監督和檢查本轄區的公安消防工作，組織消防隊的教育訓練和隊伍建設，指揮和動員專業和業余消防隊參加火災撲救。
六、負責指導和監督森林公安機關的法律監督工作，指導和辦理轄區內森林公安的行政復議、訴訟和國家賠償，代理行政訴訟案件。
七、負責大興安嶺森林公安裝備建設和管理。
八、負責查處本地區的經濟犯罪。
九、承辦上級機關交辦的其他工作。
內蒙古自治區森林公安局大青山自然保護分局
貫徹執行國家和自治區的有關法律法規和森林公安工作的方針政策；負責轄區內森林和野生動物資源的保護；辦理和查處破壞森林和野生動物資源的行政和刑事案件；承辦自治區林業廳、自治區森林公安局和大青山自然保護區管理局交辦的其他工作。
內蒙古自治區森林公安局磴口沙漠林業分局
貫徹執行國家和自治區的有關法律法規和森林公安工作的方針政策；負責轄區內森林和野生動物資源的保護，查處破壞森林和野生動物資源的案件；協助有關單位做好治安保衛工作。