縣級以上人民政府水行政主管部門負責江河湖泊管理和保護的具體工作；生態環境、自然資源、住房和城鄉建設、發展改革、農業農村、財政等主管部門應當根據職責做好河湖管理和保護工作。第六條各級人民政府應當加強河湖管理和保護的宣傳教育，引導全社會樹立愛水、惜水、護水的意識和保護生態環境的理念，自覺遵守河湖管理和保護的法律法規。
鼓勵公民、法人和其他組織參與河湖保護，鼓勵誌願服務河湖保護。第七條自治區實行長河長湖制度。建立自治區、設區市、縣鄉四級河長制組織體系。
各級河長組織領導本行政區域內內河湖泊的水資源保護、水岸線管理、水汙染防治、水環境治理和水生態修復工作。
各級工作機構協調落實同級河長確定的工作項目和任務；生態環境、住房和城鄉建設、自然資源、發展改革、水利、農業農村、財政等長河長湖系統成員單位應當按照職責分工，協同推進長河長湖系統工作。第八條長河長湖名單應當向社會公布，設立長河長湖公示牌，標明長河長湖的名稱、職務、責任、河長湖概況、管理目標、監督電話等內容，接受社會監督。
河湖長度等相關信息發生變化的，應當及時更新。第九條自治區建立河湖長會、信息共享和工作督導制度，協調解決河湖管理和保護中的重大問題，定期通報河湖管理和保護情況。第十條自治區建立河湖管理和保護名錄制度。河湖管理保護名錄是實施河湖管理保護的基本依據。
江河湖泊管理保護名錄由自治區人民政府水行政主管部門編制，經自治區人民政府批準後公布實施。第十壹條自治區實行水資源開發利用控制、用水效率控制、水功能區限制汙染控制制度，加強水資源的管理和保護。第十二條河湖所在地人民政府水行政主管部門應當按照管理權限，對河湖取水、用水、排水實施全過程管理，控制取水總量，維護河湖生態用水和合理水位。第十三條自治區實行河湖統壹岸線管理制度。
自治區人民政府應當根據有關法律法規和國家有關規定、標準，劃定河湖管理範圍並予以公布，明確河湖岸線等水生態空間的控制規定，嚴格控制開發利用。第十四條自治區對湖泊岸線實行分區管理。
設區的市、縣(市、區)人民政府應當根據土地利用總體規劃和自治區有關規定，合理劃分湖泊保護區、保留區、控制利用區和可開發利用區，明確分區管理和保護要求，嚴格控制開發利用強度。第十五條縣級以上人民政府應當統籌水體和岸線汙染治理，嚴格控制入河、入湖排汙口的設置。嚴格控制工礦企業、城市生活、畜禽養殖、水產養殖和農業面源汙染，改善水環境質量。第十六條縣級以上人民政府應當根據河湖生態環境功能需要，開展河湖生態修復和保護，退耕還林還草、退田還湖還濕、退漁還湖，恢復河湖自然連通。第十七條自治區建立河湖生態評估制度。
自治區人民政府水行政主管部門應當會同有關主管部門，根據國家有關規定制定江河湖泊生態評估辦法，報自治區人民政府批準後實施。
河湖生態評估結果應當作為河湖生態修復和保護的依據。第十八條自治區實行河流跨行政區域交接制度。
自治區人民政府應當合理設置河流斷面水質、水量等指標，完善跨行政區域的河流斷面監測設施，建立斷面水質、水量超標預警機制和超標排放補償機制。第十九條縣級以上人民政府應當建立健全部門聯合執法機制，組織公安、水利、生態環境、住房和城鄉建設、自然資源、農業農村等主管部門對河湖管理和保護進行綜合執法。第二十條各級人民政府應當建立河湖日常監督管理制度，對河湖實行動態監管。
江河湖泊跨行政區域的，應當劃定日常監督管理檢查的界限，確保江河湖泊相鄰水域的管理和保護相互銜接。