國家和自治區對項目管理費有規定的，按照國家和自治區的有關規定執行；國家沒有明確規定的，由項目執行單位報財政部門批準後，按照項目財政資金總額1%-3%的比例從專項資金中提取管理費；國家明確規定不得提取管理費的，由財政部門按照項目財政資金總額的壹定比例在本級預算中安排。
前款規定的項目管理費的使用按照國家規定執行；國家沒有規定的，項目管理費僅供項目執行單位使用。第七條專項資金項目管理或使用單位，在管理和使用專項資金過程中，不得有下列行為:
(壹)虛報項目，弄虛作假，騙取專項資金的；
(二)挪用、截留、滯留專項資金的；
(三)專項資金平衡預算；
(四)擅自擴大專項資金範圍和提高支出標準。第八條違反本辦法第七條第壹款第(壹)項規定，虛報項目、騙取或者套取專項資金的，處以違法金額0%至5%的罰款；對政府及其部門主要領導和分管領導給予記過或者記大過的行政處分，並處相當於本人基本工資1個月或者2個月的罰款；對直接負責的主管人員或者其他直接責任人員給予記過或者警告的行政處分，並處相當於2個月或者1個月基本工資的罰款。第九條違反本辦法第七條第壹款第(壹)項規定，虛報項目，騙取專項資金，情節嚴重的，對單位給予通報批評，並處違法金額6%以上0%以下的罰款；對政府及其部門的主要領導和分管領導給予降級或者撤職的行政處分，並處相當於本人2個月或者3個月基本工資的罰款；對直接負責的主管人員或者其他直接責任人員給予記過或者記大過的行政處分，並處相當於2個月或者1個月基本工資的罰款。第十條違反本條例第七條第壹款第(二)、(三)、(四)項規定的，對單位處以違法資金0 %+ 5%的罰款；對政府及其部門主要領導和分管領導給予記過或者記大過的行政處分，並處相當於本人基本工資1個月或者2個月的罰款；對直接負責的主管人員或者其他直接責任人員給予記過或者警告的行政處分，並處相當於2個月或者1個月基本工資的罰款。第十壹條違反本辦法第七條第壹款第(二)、(三)、(四)項，情節嚴重的，對單位處以違法資金6%至00%的罰款；對政府及其部門的主要領導和分管領導給予降級或者撤職的行政處分，並處相當於本人2個月或者3個月基本工資的罰款；對直接負責的主管人員或者其他直接責任人員給予降級或者記大過的行政處分，並處相當於2個月或者1個月基本工資的罰款。第十二條有下列情形之壹的，情節嚴重:
(壹)領導強迫下屬違紀違法的；
(二)經辦人員擅自決定或主動策劃違紀違法行為的；
(三)塗改、偽造或者銷毀會計報表憑證；
(四)阻撓、抗拒檢查或者拒不改正錯誤的；
(五)屢查屢犯的；
(六)經集體討論決定違紀違法的；
(七)其他嚴重情節。
前款規定中，上級領導強令下級實施違紀違法行為，或者經辦人員擅自主動策劃違紀違法行為的，按照過錯責任區別對待；對於被迫或者不知情的，應當減輕或者免除處罰。第十三條對專項資金的違規行為，財政、審計部門應當按照各自的職責權限，分別作出以下處理:
(壹)責令限期歸還被挪用或截留的專項資金；
(二)暫停或停止專項資金撥付；
(三)扣減或者追回被虛報、騙取或者套取的專項資金；
(四)責令調整有關會計賬目。