(壹)現有的法律約束
1.現實中，集體建設用地使用權的流轉與現行法律規定相沖突。《中華人民共和國土地管理法》第四十三條規定:“任何單位和個人進行建設需要使用土地的，必須依法申請使用國有土地。但是，本集體經濟組織成員使用本集體經濟組織的土地辦企業或者建房。同時，該法第六十三條規定:“集體土地使用權不得出讓、轉讓或者出租用於非農業建設。但符合土地利用總體規劃並依法取得建設用地的企業，因破產、兼並等原因依法轉讓土地使用權的除外。“根據上述規定，集體經濟組織成員可以使用本集體經濟組織的土地開辦企業或者建造房屋，但不得轉讓、出讓或者出租。因此，法律禁止集體建設用地使用權流轉，農村集體建設用地使用權流轉的現實與現行法律的規定明顯沖突。
2.法律雖然規定了集體建設用地使用權流轉的特殊情形，但缺乏相應的規定。如《物權法》第183條規定:“鄉鎮企業建設用地使用權不得單獨抵押。鄉鎮企業的廠房等建築物抵押的，其占用範圍內的建設用地使用權壹並抵押。”由於這部分集體建設用地使用權是允許抵押的，壹旦抵押權實現，集體建設用地使用權就發生了轉移。但對於因實現抵押權而轉讓的建設用地使用權如何處理，以及對受讓人是否有限制等問題並不明確。同時，根據《土地管理法》第六十三條的規定，本案對建設用地使用權的轉讓沒有具體的操作性規定。
(二)產權制度存在的問題
城鄉分割的二元土地制度和農地產權界定不清，極大地制約了農村建設用地的流轉，導致了壹系列違背法律和政策初衷的社會經濟後果。從我國現行的土地法律制度來看，實行的是城市土地國家所有和農村土地集體所有的二元土地制度。長期以來，我國憲法、土地管理法等土地管理法律法規對這兩種土地所有權作出了不同的規定，特別是在兩種土地使用權方面，國家土地使用權和集體土地使用權有很大的區別。根據土地管理法，國有土地使用權可以出售、轉讓、出租、抵押，即法律按照不動產用益物權的模式進行設計和運作；但對於集體建設用地使用權而言，其不能享有用益物權的處分權，權利人只能在出資、入股、聯營等特定情形下轉讓其權利。集體建設用地使用權原則上不得轉讓、出讓、出租、抵押。同時，現行農地制度還存在產權模糊、所有權主體缺位等問題。雖然現行農村土地制度明確規定土地屬於集體所有，即產權集體所有，但集體方向並不明確，誰是農村集體土地所有權的代表也模糊不清。鄉鎮政府、村委會、村民小組和農民個人都享有某壹方面的土地權力，但不是所有權主體。壹些地方為解決土地產權主體不清、權屬來源不清、權屬邊界不清的問題，將村民小組或鄉鎮農民集體所有的土地所有權確定為村農民所有，便於組織管理，造成土地產權關系混亂。
(C)相關利益沖突
當前，農村建設用地流轉中最突出的問題是農民、集體和地方政府圍繞土地增值的利益沖突。隨著農村建設用地的流轉，土地的功能由傳統的“生產”功能向“資產”功能轉變，工業化、城鎮化進程中的土地需求凸顯了農民集體土地產權與農民利益在制度層面的矛盾。
1，地方政府憑借“公權力”獲得了農村建設用地流轉的大部分增值。由於中央政府嚴格的土地控制、審批程序、土地監管和財稅政策約束，地方政府征地成本的增加客觀上促進了集體建設用地的流轉。對於開發商，也就是土地使用者來說，征地的前置審批手續繁瑣耗時，迫使他們直接從集體手中取得土地。集體建設用地使用權流轉可以避免復雜的征地程序，不受“用地指標”的約束，在很大程度上取代了征地制度。地方政府憑借“公權力”直接參與農村建設用地流轉中土地出讓收益的分配。因此，農村建設用地流轉的最大受益者是地方政府。
2.農民在農村建設用地流轉中的收益與其土地權利不對稱。作為土地所有者和土地使用者的雙重身份，農民的權益在農村建設用地流轉中沒有得到充分實現。無論是作為所有者的村農民集體還是規模較小的村民小組農民集體，都缺乏對管理者的有效約束機制。因此，農民作為農民集體的成員，很難保證從集體建設用地使用權流轉中獲得相應的利益。
3.農村集體組織的“管理者”作為利益分享群體，從農村建設用地流轉中獲得了巨大利益。在土地增值的驅動下，管理農村土地的基層組織成為農村集體建設用地使用權流轉的主要推動者和既得利益者。最終，農村土地流轉的利益相關者和集體土地流轉的最終受益者是“鄉鎮村”基層組織。他們既是“集體所有制”的代表，又是聯系地方政府掌握優勢政策的信息優勢方，最終成為農村建設用地流轉的主體。作為集體土地所有權的管理者，他掌握著集體土地所有者享有的大部分增值。