1.根據審計署授權，代表政府對農業部歸口管理的經濟實體公司、北京直屬企事業單位、境外機構和企業、審計署指定的京外單位進行審計；
二、配合農業部的行業管理，組織和指導全國農業系統的行業審計工作；
三、組織和指導全國農業系統內部審計工作；
4.辦理審計署和農業部領導交辦的事項。第四條省(自治區、直轄市)、地(地級市)、縣(縣級市)的農業、農墾、水產、畜牧、農機、鄉鎮企業和大中型企業事業單位等部門，根據管理需要，按照《中華人民共和國審計條例》第五條的規定，設置內部審計機構或者審計人員，但審計機關已設立派出機構的除外。
農業系統各級內部審計機構和人員對本部門、本單位的主要領導負責並報告工作。在業務上接受同級審計機關和上級審計機關的指導。第五條內部審計人員。
壹是農業系統各級內部審計機構應保持合理的人員結構，其數量和質量應滿足審計工作的需要。所有具備條件的部門和單位都要配備壹定數量的審計人員、會計師、經濟師、工程師和具有高級職稱的專業人員；
二、各級內部審計機構的負責人，按照幹部管理權限的規定執行。任免前，應事先征求上級業務主管單位的意見；
三、按照國家規定，評定內部審計人員的專業技術資格，聘任內部審計人員；
四、內部審計人員，應努力學習馬列主義、毛澤東思想，堅持四項基本原則，認真執行黨和國家的方針政策，全心全意為人民服務。積極學習業務及相關專業知識；
五、內部審計人員應依法審計，忠於職守，堅持原則，客觀公正，廉潔奉公，保守秘密，不得濫用職權，徇私舞弊，玩忽職守；
六、內部審計人員依法獨立行使職權，受國家法律保護，任何單位和個人不得打擊報復。第六條農業系統內部審計的依據:
壹、國家法律、法規和政策；
二、在法定職權範圍內制定的與國家法律、法規不相抵觸的地方性法規；
3.農業部和省、自治區、直轄市及計劃單列市農業部門在法定權限範圍內制定的不違反國家和地方政府規定的規章。第七條農業系統內部審計機構的主要任務和工作重點:
壹、依照國家法律、法規和政策，對本部門及所屬單位的財務收支及其經濟效益進行審計監督。組織和指導本系統的行業審計；
二、負責組織領導實施本系統和直屬單位的內部審計工作，接受本單位領導交辦和同級審計機關、上級審計機關委托的審計事項；
第三，部門審計具有政府審計和內部審計的雙重性。組織和指導本系統的行業審計是部門審計工作的優勢。農業系統內部審計要重點審計各類涉農資金，包括各級撥給農業的資金和地方配套資金是否按時足額到位，是否有截留、擠占和挪用，資金使用的經濟效益和社會效益；
四、農業系統企事業單位的內部審計，以財務收支審計為基礎，以經濟效益審計為重點，開展多種形式的審計活動；
五、農業系統各級內部審計機構，要加強自身建設，制定適合本部門、本單位審計工作的制度、辦法和實施細則；
六、負責本系統、本單位審計幹部的培訓和考核。第八條內部審計監督的範圍:
壹、財務計劃或預算的執行和決算；
2.與財務收支有關的經濟活動及其經濟效益；
三是內部控制制度健全有效；
四、資金和財產的使用和管理；
五、專項資金的提取和使用；
六、執行國家財經法規；
七、承包、租賃業務相關審計事項；
八、與國內外興辦合資、合作企業和合作項目，資金、財產的使用和管理及其效益；
九、內部審計機構，根據本單位的規定，可以對有關經濟活動實行審批制度。