本規定所稱農業行政處罰機關，是指縣級以上人民政府農業行政主管部門和法律、法規授權的依法行使行政處罰權的農業管理機構。第四條法律、法規授權的農業管理機構應當在法定授權範圍內實施行政處罰，並對該行為的後果承擔法律責任。
農業行政主管部門依法設立的農業行政綜合執法機構具體承擔農業行政處罰工作。
未設立農業綜合行政執法機構的，農業行政主管部門可以依照法律、法規或者規章的規定，委托符合《行政處罰法》第十九條規定的農業行政機構實施行政處罰。第五條農業綜合行政執法機構和受委托的農業行政機關應當以農業行政主管部門的名義實施農業行政處罰。農業行政主管部門應當監督受委托的農業管理機構實施行政處罰，並對該行為的後果承擔法律責任。第六條上級農業行政處罰機關應當加強對下級農業行政處罰機關實施行政處罰的監督檢查。第二章農業行政處罰的管轄第七條農業行政處罰由違法行為發生地的農業行政處罰機關管轄。第八條縣級農業行政處罰機關管轄本行政區域內的行政違法案件。
設區的市、自治州的農業行政處罰機關和省級農業行政處罰機關管轄本行政區域內重大、復雜的行政違法案件。
農業部及其法律法規授權的下屬農業管理機構管轄全國或轄區內重大、復雜的行政違法案件。第九條漁業行政處罰機關對在其管轄範圍內發生的、上級指定的漁業違法案件有管轄權。
漁業行政處罰有下列情形之壹的，適用“誰查獲誰處理”的原則:
(壹)違法行為發生在* * *地區、重疊地區的；
(二)違法行為發生在管轄權不明確或者有爭議的地區；
(三)違法行為發生地與被查獲地不壹致的。第十條兩個以上農業行政處罰機關對當事人的同壹違法行為都有管轄權的，由最先立案的農業行政處罰機關管轄。第十壹條上級農業行政處罰機關在必要時，可以對下級農業行政處罰機關管轄的行政處罰案件進行管轄。
下級農業行政處罰機關認為行政處罰案件重大、復雜或者不適合本地管轄的，可以報請上級農業行政處罰機關管轄。第十二條農業行政處罰機關對管轄權有爭議的，應當協商解決。協商不成的，報請上壹級農業行政處罰機關指定管轄。第十三條農業行政處罰機關發現受理的行政處罰案件不屬於自己管轄的，應當移送有管轄權的行政處罰機關。
被移送的農業行政處罰機關認為移送不當的，應當報請上壹級農業行政處罰機關指定管轄，不得自行移送。第十四條上級農業行政處罰機關應當在收到管轄請求或者指定管轄請求後10日內作出書面決定。第十五條縣級以上地方農業行政處罰機關在辦理跨行政區域案件時，需要其他農業行政處罰機關調查的，可以發送調查函。有關農業行政處罰機關應當予以協助，並及時書面告知調查結果。第十六條農業行政處罰機關辦理案件時，需要其他部門作出吊銷相關許可證、批準文號、營業執照等行政處罰決定的，應當將調查結果告知作出許可決定的部門，並提出建議。第十七條違法行為涉嫌構成犯罪的，農業行政處罰機關應當將案件移送司法機關，依法追究刑事責任，不得以行政處罰代替刑罰。第三章農業行政處罰決定第十八條公民、法人或者其他組織違反農業行政管理秩序，依法應當給予行政處罰的，農業行政處罰機關必須查明事實；違法事實不清的，不得給予行政處罰。第十九條執法人員調查處理農業行政處罰案件時，應當向當事人或者有關人員出示執法證件。有統壹執法服裝或者執法標誌的，應當著裝或者佩戴執法標誌。
農業行政執法證件由農業部統壹制定，省級以上農業行政主管部門法制機構負責執法證件的發放和管理。